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标题: 求助高斯过渡态结果文件里的的振动配分函数为什么跟Kisthelp算出来的不同？ [打印本页]
作者
Author: 萌萌坏坏    时间: 2020-8-12 21:29
标题: 求助高斯过渡态结果文件里的的振动配分函数为什么跟Kisthelp算出来的不同？
本帖最后由 萌萌坏坏 于 2020-8-12 21:31 编辑

老师您好，我想算 CH3·从萘上夺氢的反应速率。

（一）、 在用《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》里面的双分子气相计算的时候，过渡态CH3--H--C10H7的振动配分函数Qvib从Gaussian里面看到应该是 0.221225E+04（Q v=0的数据)，可是KISthelp确是 2.79E+03。这样在算Qtst=Qtran×Qrot×Qelec×Qvib的时候就会误差，后面我还算了蒽和苯的夺氢反应速率，跟表格里基于自由能算的反应速率差了1个数量级，请问是我Qvib取错了吗？ 是这个值吗？
(二）、高斯结果文件Vib（v=0)后面的1，2，3。。。14是什么意思？我去看了高斯help文件，好像只介绍了v=0和Bot的区别，是每个原子的贡献？（不好意思，新手上路希望老师海涵）


        KISthelp结果：
                                                                                                                                                tran                                vib                             rot                               elec                      tolt
Q(reactant1)2.32E061.10E002.53E022.0001.30E09
Q(reactant2)5.76E079.66E004.69E051.0002.61E14
Q(TS 1st order Saddle Point)6.81E072.79E038.83E052.0003.36E17


高斯结果：


Q            Log10(Q)             Ln(Q)
Total Bot       0.111534D-62        -62.952594       -144.953705
Total V=0       0.263155D+18         17.420212         40.111520
Total V=0       0.263155D+18         17.420212         40.111520
Vib (Bot)       0.937622D-77        -77.027972       -177.363461
Vib (Bot)    1  0.140174D+02          1.146668          2.640301
Vib (Bot)    2  0.338258D+01          0.529249          1.218640
Vib (Bot)    3  0.274649D+01          0.438778          1.010324
Vib (Bot)    4  0.112883D+01          0.052628          0.121180
Vib (Bot)    5  0.100386D+01          0.001674          0.003854
Vib (Bot)    6  0.561200D+00         -0.250882         -0.577678
Vib (Bot)    7  0.492492D+00         -0.307601         -0.708276
Vib (Bot)    8  0.462712D+00         -0.334689         -0.770651
Vib (Bot)    9  0.377957D+00         -0.422558         -0.972975
Vib (Bot)   10  0.347250D+00         -0.459357         -1.057710
Vib (Bot)   11  0.313782D+00         -0.503372         -1.159057
Vib (Bot)   12  0.308622D+00         -0.510574         -1.175639
Vib (Bot)   13  0.296794D+00         -0.527544         -1.214716
Vib (Bot)   14  0.268786D+00         -0.570593         -1.313838

Vib (V=0)       0.221225D+04          3.344834          7.701764
Vib (V=0)    1  0.145263D+02          1.162156          2.675964
Vib (V=0)    2  0.391934D+01          0.593213          1.365923
Vib (V=0)    3  0.329163D+01          0.517411          1.191383
Vib (V=0)    4  0.173461D+01          0.239201          0.550781
Vib (V=0)    5  0.162149D+01          0.209914          0.483345
Vib (V=0)    6  0.125163D+01          0.097475          0.224445
Vib (V=0)    7  0.120182D+01          0.079839          0.183836
Vib (V=0)    8  0.118125D+01          0.072342          0.166574
Vib (V=0)    9  0.112678D+01          0.051839          0.119363
Vib (V=0)   10  0.110876D+01          0.044836          0.103238
Vib (V=0)   11  0.109030D+01          0.037548          0.086457
Vib (V=0)   12  0.108758D+01          0.036460          0.083953
Vib (V=0)   13  0.108145D+01          0.034007          0.078305
Vib (V=0)   14  0.106767D+01          0.028436          0.065476
Electronic      0.200000D+01          0.301030          0.693147
Translational   0.672746D+08          7.827851         18.024294
Rotational      0.884091D+06          5.946497         13.692315



作者
Author: sobereva    时间: 2020-8-13 07:51
看看是否频率校正因子有区别，以及kisthelp解析出来的振动频率是否和输出文件里的一致

最好的做法是通过Shermo来算配分函数或者自由能。把Shermo算出来的自由能直接代入到我的excel表格里直接就出来反应速率常数了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

有了灵活强大的Shermo，Gaussian直接输出的热力学信息可以完全弃了。输出的所有信息，以及计算原理，在Shermo手册里都有特别详细的解释。
作者
Author: 萌萌坏坏    时间: 2020-8-14 14:38
好的谢谢老师！！
小小吐槽一下，我用过shermo,这个程序使用起来对于我这样要算好几百个反应的人来说，实在太容易出错了，因为要把每个反应物和产物的SCF还有温度粘到settings里面-----保存好---关闭----再打开shermo。只能改一个物质的温度，直接改整个反应过程的温度还要一个一个保存实在是。。。。。。。不如我直接取Gauss的结果。。这个程序真的很友好，但是。。。。我还是用Excel吧。
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2020-8-14 16:22
萌萌坏坏 发表于 2020-8-14 14:38
好的谢谢老师！！
小小吐槽一下，我用过shermo,这个程序使用起来对于我这样要算好几百个反应的人来说，实 ...

算好几百个反应就厉害了。。。。。我算一个反应算了好几百个结构。。。。好几百个反应不敢想
作者
Author: thanhtam    时间: 2020-8-14 16:35
萌萌坏坏 发表于 2020-8-14 14:38
好的谢谢老师！！
小小吐槽一下，我用过shermo,这个程序使用起来对于我这样要算好几百个反应的人来说，实 ...

linux版本支持简单一点的调用方式。

算几百个当然得写批处理程序了
作者
Author: 萌萌坏坏    时间: 2020-8-14 16:39
thanhtam 发表于 2020-8-14 16:35
linux版本支持简单一点的调用方式。

算几百个当然得写批处理程序了

我看到老师说“可以通过双击图标执行，也可以通过纯命令行方式运行，因此可以非常容易地嵌入到批处理脚本中，从而一次性计算一大批体系”。
对没学过编程的人来说，我太难了，等我学完脚本编程批处理程序，我估计也就差不多算完了
作者
Author: thanhtam    时间: 2020-8-14 16:48
萌萌坏坏 发表于 2020-8-14 16:39
我看到老师说“可以通过双击图标执行，也可以通过纯命令行方式运行，因此可以非常容易地嵌入到批处理脚本 ...

这脚本估计不超过十行……
作者
Author: 萌萌坏坏    时间: 2020-8-14 16:58
thanhtam 发表于 2020-8-14 16:48
这脚本估计不超过十行……

您好，请问您会写批处理的脚本吗？我需要把scf能量改好放到setting里面，然后把shermo里面的ΔG和配分函数的数据导出来到excel里面。可以大概教教我吗？麻烦您了！
作者
Author: sobereva    时间: 2020-8-17 08:59
萌萌坏坏 发表于 2020-8-14 16:58
您好，请问您会写批处理的脚本吗？我需要把scf能量改好放到setting里面，然后把shermo里面的ΔG和配分函 ...

http://linux.vbird.org/linux_basic/0340bashshell-scripts.php
作者
Author: sobereva    时间: 2020-8-17 09:00
萌萌坏坏 发表于 2020-8-14 14:38
好的谢谢老师！！
小小吐槽一下，我用过shermo,这个程序使用起来对于我这样要算好几百个反应的人来说，实 ...

自己不会写搞计算化学的人理应都会的shell脚本的编写还赖程序？
Shermo已经没法更友好了
明明Shermo都提供了命令行模式直接用 -E [能量] 参数指定能量值来便于自己写脚本调用，干嘛自己一个一个手动往settings.ini里复制？
用shell脚本把提取的数据整理成csv格式，直接excel就能打开，Shermo的设计简直令大批体系热力学数据的计算简化到没法更容易。

shell编程，用我上面的链接，能力正常的人半天怎么也都学得差不多了。而且一劳永逸，让以后处理类似问题的时间节约一个数量级以上。





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