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标题: 季铵盐阳离子最低能量结构的确定 [打印本页]

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Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-8-15 09:17
标题: 季铵盐阳离子最低能量结构的确定
本帖最后由 X2y0x1y4x 于 2020-8-15 09:20 编辑

目前想算一个季铵盐离子液体，用的方法和基组分别是DFT、B3LYP/6-31+G**，但是因为阳离子肯定有很多的构象，我该怎么找到能量最低的构象了？目前用了两个结构计算了两次，两次能量（G）分别是-839.336785hartree和-839.342678hartree，两次的能量相差不超过0.01hartree。能量的确与初试结构很有关系，但是对于这种构象比较多的结构，有的说法是尽量找到一个最优的结构，后面还会用该方法计算与氢氧根的结合能、以及氢氧根摆放位置与能量的关系，如果有好的解释方法以及好的建议可以提出来呀

作者
Author: ggdh 时间: 2020-8-15 09:32
随便弄个好看的对称的舒展的构象就行。
然后氢氧根和羟基的H作用就好。

作者
Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-8-15 09:36

ggdh 发表于 2020-8-15 09:32
随便弄个好看的舒展的构象就行。
然后氢氧根和羟基的H作用就好。

会不会说是因为我的结构不是最优，但是与最优的结构能量会有较大的差别呀？关于这个相互作用的话，这个摆放的位置怎么确定，我看有的文献会先固定氢和氧的距离为2i，然后算能量

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-15 09:39
看这些了解什么叫构象搜索、怎么做构象搜索
molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）

用B3LYP/6-31+G**计算体现出完全没有基本常识。仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

由于烃链之间的色散吸引作用，最优构象下不可能是直的。B3LYP由于不能表现色散作用，倒是极可能优化出来烃链都是直的错误的构象。

求助帖必须在标题体现出求助要素，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html，我已把你的标题改了，以后注意

作者
Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-8-15 09:42

sobereva 发表于 2020-8-15 09:39
看这些了解什么叫构象搜索、怎么做构象搜索
molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
...

谢谢sob老师

作者
Author: ggdh 时间: 2020-8-15 09:48

X2y0x1y4x 发表于 2020-8-15 09:36
会不会说是因为我的结构不是最优，但是与最优的结构能量会有较大的差别呀？关于这个相互作用的话，这个摆 ...

真空中单分子和构象和聚集态中的构象差别很大。所以建议你以美观为主。
把O摆到H的2A以内，然后不要固定，直接优化。

作者
Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-8-15 09:50

ggdh 发表于 2020-8-15 09:48
真空中单分子和构象和聚集态中的构象差别很大。所以建议你以美观为主。
把O摆到H的2A以内，然后不要固定 ...

好的谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-8-15 18:22

X2y0x1y4x 发表于 2020-8-15 09:50
好的谢谢

你这个体系还是建议认真做个构象搜索，尤其是加了氢氧根之后，非共价相互作用相当强，构象找错了误差会很大。
另外，你想研究的是液态的现象吗？如果是的话，不如在周期性边界条件下用分子力场跑个分子动力学，那估计都比单挑出2个离子算个DFT靠谱。

作者
Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-8-15 20:36

wzkchem5 发表于 2020-8-15 18:22
你这个体系还是建议认真做个构象搜索，尤其是加了氢氧根之后，非共价相互作用相当强，构象找错了误差会很 ...

好的，我会试试的

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