计算化学公社
标题: 使用Gaussian时的几个实用脚本和命令 [打印本页]
作者Author: sobereva 时间: 2014-11-5 06:55
标题: 使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
Several useful scripts and commands of using Gaussian
First release: 2014-Nov-5 Last update: 2022-Jun-6
本文提供几个平时Gaussian计算时常用的简单小脚本和命令，对于实际研究很有用处，也希望读者能举一反三。另外也非常建议读者看看《详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法》（http://sobereva.com/612），里面对脚本编写有深入浅出的介绍和不少例子，仔细看过后就能轻松理解下文介绍的各种脚本并随意改编。
1 依次执行多个指令
比如要依次执行g09 < 1.gjf > 1.out、g09 < 2.gjf > 2.out、g09 < 3.gjf > 3.out，可以只输入一条命令，每条命令间用分号隔开：
g09 < 1.gjf > 1.out;g09 < 2.gjf > 2.out;g09 < 3.gjf > 3.out
也可以写一个文本文件比如t.sh，里面写上
g09 < 1.gjf > 1.out
g09 < 2.gjf > 2.out
g09 < 3.gjf > 3.out
然后用chmod +x *给它加上可执行权限，再输入./t.sh运行即可（后同）。
如果不让指令依次执行，而是同时执行，把每行命令后面都加上&即可。
2 一次性执行当前目录下所有Gaussian输入文件
把以下内容存到比如runall.sh里，然后执行之即可。会把每个.gjf文件用g09执行，生成同文件名但后缀为.out的输出文件。脚本会提示正在运行哪个文件、总共有多少要算的、当前算的是第几个，每个运行完之后还会输出用时多少。- #!/bin/bash
- icc=0
- nfile=`ls ./*.gjf|wc -l`
- for inf in *.gjf
- do
- ((icc++))
- echo Running ${inf} ... \($icc of $nfile\)
- time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}
- echo ${inf} has finished
- echo
- done
PS：如果是windows环境，需要写DOS批处理脚本，实现方式见《从高斯windows下的批量执行谈DOS批处理文件》（http://sobereva.com/6）
3 一次性把当前目录下所有chk文件转换为fchk文件
把以下内容存到比如chk2fch.sh里，然后执行之即可。会依次调用formchk把当前目录下每个chk转换为同文件名的.fchk文件。
- #!/bin/bash
- for inf in *.chk
- do
- formchk ${inf}
- done
4 一次性执行当前文件夹下所有子目录里的Gaussian输入文件
此脚本会依次进入当前目录下的每个下一级目录，并把其中的.gjf都依次执行，产生的.out文件的文件名和所在位置都和输入文件相同。把以下内容存到比如folder_runall.sh里，然后执行它之即可。
- #!/bin/bash
- shopt -s nullglob
- for i in `ls -F |grep /`
- do
- cd $i
- for inf in *.gjf
- do
- echo Running ${inf} ...
- time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}
- echo ${inf} has finished
- echo
- done
- cd ..
- done
上面的脚本只能进入下一级的目录，而再下一级的目录（或者更深的目录）里的.gjf文件，以及当前目录下的.gjf文件都不会执行。如果想把这些.gjf也都执行，应当把以下内容存到比如allfolder_runall.sh里，然后执行它。为清楚起见，每次进入新的目录时屏幕上都会提示。
- #!/bin/bash
- shopt -s nullglob
- for i in `ls -R |grep :|tr : " "`
- do
- echo
- cd $i
- echo "****** Entered" $i folder;echo
- for inf in *.gjf
- do
- echo Running ${inf} ...
- time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}
- echo ${inf} has finished;echo
- done
- cd - > /dev/null
- done
5 字符替换
下面这个方法可以批量修改计算的级别和任务类型。
例如将当前目录下包括任意级子目录下的.gjf中的M062X替换为B3LYP，执行：sed -i "s/M062X/B3LYP/g" `grep M062X -rl *|grep .gjf`
如果要替换的字符有*、/这样的符号，需要前面加上\避免被sed转义。比如6-31G**需要写成6-31G\*\*，M062X/cc-pVTZ需要写成M062X\/cc-pVTZ。另外，如果有括号或空格出现，那么grep后面应该用双引号括住。
例如把MP2/6-311+G(2d,p)都替换成M062X/6-31G*：sed -i "s/MP2\/6-311+G(2d,p)/M062X\/6-31G\*/g" `grep "MP2/6-311+G(2d,p)" -rl *|grep .gjf`
例如把opt freq都替换成NMR关键词：sed -i "s/opt freq/NMR/g" `grep "opt freq" -rl *|grep .gjf`
如果只想替换当前目录下的.gjf，则把-rl改成-l即可。如果想处理所有文件而不仅限于.gjf，则把|grep .gjf部分删掉即可。
6 批量删除文件
用下面的命令可以删除当前目录和任意级子目录下的所有.out文件
find ./ -name "*.out"|xargs rm -f
7 显示几何优化收敛情况
这个很简单。比如C4H8.out是几何优化输出文件，执行
grep Converged C4H8.out -A4
就会把当前的优化收敛情况输出出来。
如果执行
grep Converged C4H8.out -c
就会输出匹配的次数，也就是相当于显示优化到了第几步了。
也可以执行grep -E "out of|Converged" C4H8.out -A4。这样步数和收敛情况都会输出。
8 做Counterpoise任务时只用一半的BSSE校正能
笔者在《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》（http://sobereva.com/46）专门谈过BSSE校正问题。在J. Chem. Theory Comput., 10, 49 (2014)文中，作者建议对于<= aug-cc-pVTZ档次基组的计算时如果用Counterpoise方式考虑BSSE，应当只用一半BSSE校正能。但是直接用Gaussian的Counterpoise关键词只会产生不考虑和考虑完整的BSSE校正能的情况。如果把以下脚本放到当前目录，而且当前目录里有一批使用了Counterpoise关键词的.log输出文件，程序就会计算出只使用了一半BSSE校正能的结果。
- for filename in `ls -v *.log`
- do
- echo $filename":"
- Edimer=`grep "Counterpoise corrected energy =" $filename | awk -F = '{print $2}'`
- EBSSE=`grep "BSSE energy =" $filename | awk -F = '{print $2}'`
- Esum=`grep "sum of fragments =" $filename | awk -F = '{print $2}'`
- echo "($Edimer-$EBSSE*0.5-$Esum)*627.51" |bc | awk '{printf "%6.2f", $0}'
- echo " kcal/mol"
- done
结果显示在屏幕上，如下所示
1.log:
-3.03 kcal/mol
2.log:
-31.46 kcal/mol
3.log:
-20.91 kcal/mol
...略
9 将当前目录下所有Gaussian输出文件(out)转换为输入文件(gjf)
参见下文，需要利用Multiwfn程序。
一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本
http://sobereva.com/530（http://bbs.keinsci.com/thread-16161-1-1.html）
10 显示当前目录下所有out文件最后一次SCF Done的能量
比如当前目录下有一大批分子做几何优化的输出信息，我们想把最后一次含有SCF Done的行连同输出文件名显示出来，由此得到每个体系最终结构下的电子能量，可以用以下脚本
- #!/bin/bash
- for inf in *.out
- do
- tac $inf | grep -m 1 "SCF Done" | tr '\n' ' '
- echo $inf
- done
输出信息示例：
SCF Done: E(RB3LYP) = -619.115825500 A.U. after 1 cycles C16H16.out
SCF Done: E(RB3LYP) = -696.562886104 A.U. after 1 cycles C18H18.out
SCF Done: E(RB3LYP) = -773.962700591 A.U. after 1 cycles C20H20.out
...略
作者Author: lip 时间: 2014-11-5 08:39
学习了，值得推荐！
作者Author: aqhuangry 时间: 2014-11-5 08:41
很使用。谢谢！:)
作者Author: chiweijie 时间: 2014-11-5 09:01
方便了很多
作者Author: 516518 时间: 2014-11-5 10:01
楼主不是一般的牛
作者Author: ter20 时间: 2014-11-5 11:49
如果能评100分，我一定评120分
作者Author: habigale 时间: 2015-3-18 14:15
例如将当前目录下包括任意级子目录下的.gjf中的M062X替换为B3LYP，执行：sed -i "s/M062X/B3LYP/g" `grep M062X -rl *|grep .gjf`
我在linux下执行：sed -i "s/pbe1pbe/B3LYP/g" `grep pbe1pbe -rl *|grep .gjf`时，出现如下错误：sed: no input file。可是我的当前目录下有13个gjf文件呢！
作者Author: jiameiye 时间: 2015-3-18 15:11
脚本1可以都简化成 g09 1.gjf &; g09 2.gjf &; g09 3.gjf & 和
g09 1.gjf
g09 2.gjf
g09 3.gjf
吗? 到用时候试一下
作者Author: sobereva 时间: 2015-3-18 17:59
也可以，这样的话输出文件名会和输入文件名相同，并且后缀是log（对于Linux版来说）
作者Author: jiameiye 时间: 2015-3-18 19:07
谢谢。
作者Author: jliang 时间: 2015-3-21 16:20
谢谢分享!
作者Author: ruanyang 时间: 2015-5-9 13:24
很适合初学者的脚本
作者Author: lastzealot 时间: 2015-5-9 15:59
大神给力 又学到了
作者Author: 数据挖掘 时间: 2015-5-30 16:26
1 依次执行多个指令
并行 ls *gjf|xargs -I @ echo "nohup g09 @ &" >list;sh list
串行 ls *gjf|xargs -I @ echo -e "nohup g09 @ &\nwait\n" >list;sh list
作者Author: 数据挖掘 时间: 2015-5-30 16:28
3 一次性把当前目录下所有chk文件转换为fchk文件
ls *.chk|xargs -I @ echo "formchk @" >list;sh list
作者Author: chrischen1128 时间: 2015-5-30 20:21
大神，请收下我的膝盖
作者Author: ChemiAndy 时间: 2015-6-1 16:41
可能是因为你的13个gjf文件中都没有pbe1pbe这个关键词，或者大小写不匹配。所以··中的grep命令返回了空的文件列表，导致sed提示无输入文件。
作者Author: habigale 时间: 2015-7-15 23:09
有没有提取计算结果中freq计算结果的脚本，例如将zero-point correction，Thermal correction to Energy， Thermal Correction to enthalpy，Thermal correction to Gibbis Free Energy的相应的值输出到文件中的方法。谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2015-7-16 02:06
用grep命令加上重定向符号>就行了。
作者Author: hlmkh 时间: 2015-7-21 17:14
tanks for sharing
作者Author: brothers 时间: 2015-10-20 20:36
本帖最后由 brothers 于 2015-10-20 21:25 编辑
批处理的shell脚本，如何避免SSH连接hangup导致任务中断呢？
作者Author: sobereva 时间: 2015-10-20 21:42
nohup ./runall.sh &
然后exit登出，就没问题了
或者用setsid代替nohup，这样连接断了应该也没关系
作者Author: brothers 时间: 2015-10-20 22:05
谢谢老师，明天试试。
我今天用的是sh filename.sh来运行的，加上nohup没用，不知道是不是没加&的原因
前述脚本可以很方便地组合一下，依次运行所有子文件夹中的gjf，然后将chk文件转化为fchk。老师有时间可以更新一下~
作者Author: lsbp010 时间: 2015-11-12 09:40
学习学习
作者Author: milkxx 时间: 2015-11-12 20:48
如果不想有额外的list文件的话 ls *.chk|xargs -I @ echo "formchk @" >list;sh list；rm list
作者Author: hxd_yi 时间: 2016-1-8 15:53
本帖最后由 hxd_yi 于 2016-1-10 13:46 编辑
这个脚本可以用以显示计算结果，包括最小的频率，homo，lomo，电子能量，热力学校正数值。提醒：执行方式为：./a.sh b.com，后面参数可以更换成其他需要抓取数据的文件。
#!/bin/bash
for inf in $@; do
if ! [ -f $inf ]; then
continue
fi
echo ' '$inf':'
echo ' -----------------------------'
if [ -z "$(head -n 1 $inf | grep 'Entering Gaussian System,')" ]; then
echo " This File Is Not a Gaussian Log File."
echo ''
continue
fi
if [ -z "`tail -n 1 $inf| grep 'Normal termination of Gaussian 09'`" ]; then
echo ' This Job Do Not Normally terminate.'
echo ''
tail $inf
echo ''
continue
fi
nf=`grep 'imaginary frequencies (negative Signs)' $inf | awk '{print $2}'`
if [ -z $nf ]; then
nf=0
fi
# echo $nf
if [ $nf -gt 1 ]; then
echo ' grep '$nf' imaginary frequencies'
echo -n -e ' Max imaginary frequency is:\t'
grep 'Frequencies --' $inf | head -n 1 | awk '{print $3}'
elif [ $nf -gt 0 ]; then
echo ' grep '$nf' imaginary frequency'
echo -n -e " Max imaginary frequency is:\t"
grep 'Frequencies --' $inf | head -n 1 | awk '{print $3}'
fi
if [ $nf -eq 0 ]; then
# echo ' no imaginary frequency'
echo -ne " Min Frequency is:\t"
grep 'Frequencies --' $inf | head -n 1 | awk '{print $3}'
fi
echo -ne "\n"
# str=`grep -e "Freq
# grep -e "^ Alpha occ. eigenvalues" $inf | tail -n 1 | awk '{print "HOMO of Alpha:\t" $NF}'
# grep -e "^ Alpha virt. eigenvalues" $inf | head -n 1 | awk '{print "LUMO of Alpha:\t" $5}'
grep " SCF Done" $inf | tail -n 1 | awk '{print " SCF Energy:\t" $5}'
a=`grep -n 'Zero-point correction' $inf | cut -d ':' -f 1`
b=`expr $a + 7`
if [ -n "$a" ]; then
sed -n -e "$a,$b"p $inf
else
echo 'No Energy corrections Greppd!'
fi
str=`grep -e "Alpha occ. eigenvalues" $inf | tail -n 1`
if [ ! -z "$str" ]; then
echo "$str" | awk '{print " HOMO of Alpha:\t" $NF}'
fi
str=`grep -e "Alpha virt. eigenvalues" $inf | head -n 1`
if [ ! -z "$str" ]; then
echo "$str" | awk '{print " LUMO of Alpha:\t" $5}'
fi
str=`grep -e "Beta occ. eigenvalues" $inf | tail -n 1`
if [ ! -z "$str" ]; then
echo "$str" | awk '{print " HOMO of Beta:\t" $NF}'
fi
str=`grep -e "Beta virt. eigenvalues" $inf | head -n 1`
if [ ! -z "$str" ]; then
echo "$str" | awk '{print " LUMO of Beta:\t" $5}'
fi
echo ''
done
和下一个不同的是，下一个脚本抓取的结果输出为表格格式（用\t分隔数据），结果可以直接复制到excel中。
作者Author: hxd_yi 时间: 2016-1-8 15:57
本帖最后由 hxd_yi 于 2016-1-8 16:04 编辑
这个脚本可以帮你，使用方法：脚本保存为gt.sh，然后执行./gt.sh *.out，就可以把out文件中结果提取出来了，也可以换成其他文件。
#!/bin/bash
echo -e "filename\tnumber of imaginary frequencies\tmin freq\tElectronic energy\t\
Zero-point correction\t\
Thermal correction to Energy\t\
Thermal correction to Enthalpy\t\
Thermal correction to Gibbs Free Energy"
for inf in $@; do
if ! [ -f $inf ] ; then
continue
fi
if [ -z "$(head -n 1 $inf | grep 'Entering Gaussian System,')" ]; then
continue
fi
echo -ne $inf'\t'
tf=`tail -n 1 $inf| grep 'Normal termination of Gaussian 09'`
if [ -z "$tf" ]; then
echo 'Error'
continue
fi
nf=`grep 'imaginary frequencies (negative Signs)' $inf | awk '{print $2}'`
if [ -z $nf ]; then
nf=0
fi
echo -ne $nf'\t'
grep 'Frequencies --' $inf | head -n 1 | awk '{printf("%s\t",$3);}'
grep "SCF Done" $inf | tail -n 1 | awk '{printf("%s\t",$5);}'
# a=`grep -n 'Zero-point correction' $inf | cut -d ':' -f 1`
# b=`expr $a + 7`
# sed -n -e "$a,$b"p $inf
grep 'Zero-point correction' $inf | awk '{printf("%s\t",$3);}'
grep 'Thermal correction to Energy' $inf | awk '{printf("%s\t",$NF);}'
grep 'Thermal correction to Enthalpy' $inf | awk '{printf("%s\t",$NF);}'
grep 'Thermal correction to Gibbs Free Energy' $inf | awk '{printf("%s",$NF);}'
echo -e ""
###############################################################
# str=`grep -e "Alpha occ. eigenvalues" $inf | tail -n 1`
# if [ ! -z "$str" ]; then
# echo "$str" | awk '{print " HOMO of Alpha:\t" $NF}'
# fi
#
# str=`grep -e "Alpha virt. eigenvalues" $inf | head -n 1`
# if [ ! -z "$str" ]; then
# echo "$str" | awk '{print " LUMO of Alpha:\t" $5}'
# fi
#
# str=`grep -e "Beta occ. eigenvalues" $inf | tail -n 1`
# if [ ! -z "$str" ]; then
# echo "$str" | awk '{print " HOMO of Beta:\t" $NF}'
# fi
#
# str=`grep -e "Beta virt. eigenvalues" $inf | head -n 1`
# if [ ! -z "$str" ]; then
# echo "$str" | awk '{print " LUMO of Beta:\t" $5}'
# fi
##############################################################
done
作者Author: mol 时间: 2016-1-27 15:25
期待sob老师写个《使用GMX时的几个实用脚本和命令》
譬如：计算PMF时依次执行多个计算
- #!/bin/bash
- for i in 0 1 2 3 4
- do
- grompp -f md_umbrella.mdp -c conf$i.pdb -p out.top -n index.ndx -o umbrella$i.tpr
- mdrun -np 10 -s umbrella$i.tpr -deffnm umbrella$i -pf pullf-umbrella$i.xvg -px pullx-umbrella$i.xvg </dev/null
- done
作者Author: linuxprobe 时间: 2016-5-4 15:22
真爱粉~~简直不要太厉害
作者Author: 一直在路上 时间: 2018-1-18 09:16
试了一下，两个都没有输出为表格格式，都是在屏幕上直接显示啊？
作者Author: happyknighthawk 时间: 2018-6-29 23:02
非常感谢，先用着，回头一定好好自己学！
作者Author: chemholic 时间: 2018-8-5 19:56
脚本非常好用，用*.out通配符可以一次提取多个文件！！效率大大提高了！！！
但是有个小bug，对于单原子的计算结果，由于不含振动频率，提取出的结果有问题提，不知道该如何改进下呢？
作者Author: abin 时间: 2018-8-6 12:55
用find结合-exec
作者Author: wfmf1994 时间: 2018-9-25 08:48
老师，您好，您那个批量运行的脚本生成文件只有out文件，如果还想要fchk文件应该加上什么?
作者Author: sobereva 时间: 2018-9-26 21:34
运行文中第三个脚本，把所得chk批量转换，当然前提是每个gjf文件里都设了%chk
作者Author: wfmf1994 时间: 2018-9-28 18:42
谢谢老师
我以为可以通过某个命令直接输出fchk.
作者Author: sobereva 时间: 2018-9-28 19:17
formcheck关键词可以输出，但是是输出到scratch目录下，而且名字没法自己设
作者Author: wfmf1994 时间: 2018-10-17 10:48
老师，我们的服务器如果运行 g09<> .out 运行不了是不是说明安装有点问题？
对于转换fchk的脚本我加上图2的那个路径成功了，但批量提交的加上图2的路径运行完会有inp文件，且out文件提示l1不可执行。
如果出现这种问题如何用脚本批量提交？
作者Author: highlight 时间: 2018-10-17 11:08
显然是你没有指定好环境变量，建议先学习一下 http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
然后在 /home/你的用户名/.bashrc 最后追加：
export g09root=/home/gaussian
export GAUSS_SCRDIR=/tmp
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
作者Author: wfmf1994 时间: 2018-10-17 14:36
原来如此，已经弄好了，谢谢
作者Author: egghead 时间: 2018-10-30 14:30
老师，看您显示几何优化结果的命令，并学习linux系统里grep命令，我试着写了两条命令，请您看看对不对。
1、找输出文件结果中能量值
grep zero-point C4H8.out -A3
2、看几何优化收敛过程中能量变化情况
grep -E “out of|SCF Done” C4H8.out
2中我试的结果是先显示E(RB3LYP) =。。。。后显示Step number 。。。 out of a maximum of 。。。，这样对吗?不是我看报告，能量看错地方了吧
作者Author: sobereva 时间: 2018-10-30 21:38
2里没必要有out of，直接提取SCF done就完了（假设你用的是HF或普通泛函计算）
作者Author: egghead 时间: 2018-10-31 07:55
谢谢老师
作者Author: 17度的冰 时间: 2018-12-24 21:11
老师，在G16里运行批处理脚本，都需要更改哪些设置呢？好像不是将G09直接改为G16就可以的。
作者Author: sobereva 时间: 2018-12-25 01:00
直接改就可以
作者Author: 17度的冰 时间: 2018-12-25 16:18
谢谢老师，也谢谢您在群里的回复，果然用dos2unix把脚本转换一下就能用了~
作者Author: Frank 时间: 2019-1-20 14:25
请问老师有没有替换Gaussian输入文件坐标信息的脚本？将输入文件中的坐标信息替换为另外一个xyz文件中的坐标信息。
作者Author: 柒月小鱼 时间: 2019-2-13 21:55
好物 学习了
作者Author: sobereva 时间: 2019-3-1 01:44
加入了第8个脚本，对于经常用counterpoise关键词的人有用
作者Author: neocc 时间: 2019-3-23 00:54
执行.sh脚本，异常/bin/sh^M: bad interpreter: No such file or directory
琢磨了好半天才发现，这是不同系统编码格式引起的：在windows系统中编辑的.sh文件可能有不可见字符，所以在Linux系统下执行会报以上异常信息
推荐这个链接
bad interpreter:No such file or directory的原因 - 游学四方的博客 - CSDN博客
https://blog.csdn.net/blackbattery/article/details/79395224
作者Author: sobereva 时间: 2019-3-23 03:36
一看有^M，有经验的人立刻就会知道是换行符问题导致的
ultraedit、dos2unix都可以转换
作者Author: neocc 时间: 2019-3-23 09:30
谢谢sob大大的回复，我是linux小菜鸡，看到这个异常就抓耳挠腮
，检索了论坛发现也没有这方面异常的解决方案，给您留言也是希望给跟我一样的菜鸡一些提示，能少走弯路
作者Author: Novice 时间: 2020-3-31 00:05
本帖最后由 Novice 于 2020-3-31 00:54 编辑
谢谢社长的分享，最近有个小困惑，就是我有好几千个小任务要去做xtb优化，我自己参考您这篇博文和 http://bbs.keinsci.com/thread-16125-1-1.html 做了个批量串行任务的脚本
- #!/bin/bash
- for i in *.xyz
- do
- mkdir ${i//.xyz/} #创建优化临时文件夹
- cp ./${i} ./${i//.xyz/}/ #复制原文件到临时文件夹
- cd ./${i//.xyz/}/ #切换工作目录到临时文件夹
- xtb ${i} --opt > ${i//xyz/out} #xtb优化任务
- mv xtbopt.xyz ../xtbopt/${i} #优化结果改名并转移到结果文件夹
- mv ${i//.xyz/out} ../xtbopt/ #优化结果输出信息转移到结果文件夹
- echo Your refined ${i} was prepared!
- cd .. #切换工作回主目录
- rm -rf ./${i//.xyz/} #删除临时文件夹
- echo
- done
可是现在任务太多了，一个个串行运行下来需要太久了，我想用并行的方法去运行，虽然看到了14楼的方法，以及网上查到了一些方法和“GNU parallel" ， 由于本人Linux菜鸟，看的很糊涂，都没有成功
麻烦社长或者哪位大神给一个可以并行方式完成以上操作的脚本。
注：1. 我的机器CPU有52核，所以希望xtb以单核方式运行，同时并行50个任务，一个任务结束后能自动提交下一个任务。
2. 由于这个小工作站主要是我自己在用，所以没有安装PBS，如果没有很容易解决的办法，我再考虑尝试安装PBS。
作者Author: snljty 时间: 2020-3-31 00:24
crest似乎能满足这个需求
作者Author: Novice 时间: 2020-3-31 00:30
本帖最后由 Novice 于 2020-3-31 00:40 编辑
能说具体点吗
抓到一个夜猫子
-----------
你说的是 -mdopt <FILE> 这个选项吧？这个选项要求所有分子得再一个文件里
作者Author: zjxitcc 时间: 2020-3-31 00:32
最low的办法：你写个脚本，功能是把这个脚本复制50份（每份只跑1个任务，或串行跑多个任务），然后写个脚本交这50个脚本不就行了？
作者Author: Novice 时间: 2020-3-31 00:42
本帖最后由 Novice 于 2020-3-31 00:57 编辑
说实话您说的这个操作我都无法实现（比如怎么让50个脚本不重复计算、如何同时提交50个脚本）
我能想到的就是手动创建50个文件夹，然后将任务手动分配到各个文件夹，再手动提交50个脚本感觉还是不是特别友好，所以出来问问
作者Author: zjxitcc 时间: 2020-3-31 01:01
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-3-31 01:06 编辑
举例：
run.sh内容：提交多个脚本。
- ./run1.sh &
- ./run2.sh &
- ...
这里加了后台符号&，会一下子提交runN.sh（N为数字1-50）所有脚本。
runN.sh内容：提交一个任务，或串行提交多个任务，例如
- g09 1_1.gjf
- g09 1_2.gjf
- ...
这里没加后台符号&，只能是一行一行运行。
你把文件名起的与数字有关就行了。总不至于问我./run1.sh, ./run2.sh是不是要手写50行吧
作者Author: Novice 时间: 2020-3-31 01:12
多谢指教遗憾的是我这些文件名字不是有序的，所以现在同时提交多个脚本倒是没问题了，可是创建runN.sh太难了
作者Author: snljty 时间: 2020-3-31 09:14
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
可以看下卢老师这个贴的最后一节。
把多个结构合并成一个xyz写脚本应该是很简单的，想办法生成一个索引文件，到时候就分得清哪个是哪个了
作者Author: liuyuje714 时间: 2020-3-31 09:30
这个不难。我有个思路，虽然我不做量化，但是可以实现你的想法，自己修改一下即可。查看博文https://liuyujie714.com/61.html 最后部分。任务太多，直接用&挂后台很危险。
作者Author: zhoutao2011 时间: 2020-4-4 12:34
sob老师，1 依次执行多个指令：是前一个gjf计算完毕后自动开始计算下一个gjf直到命令中所有的gjf文件都计算完是吗？也就是如果我有16核的话每个任务都按照16核计算？谢谢
作者Author: sobereva 时间: 2020-4-6 20:31
是
作者Author: quora 时间: 2020-6-20 17:17
提取单点能的脚本有吗
作者Author: sobereva 时间: 2020-6-21 02:37
自己用grep提取就完了
作者Author: lyy2020 时间: 2020-7-13 20:24
长知识了，好文
作者Author: sunww 时间: 2020-12-5 19:21
这个真心实用 谢谢分享
作者Author: dengzf 时间: 2020-12-11 11:06
sob老师，有没有 可以把优化的结构文件.log或者.out里面的所有的坐标都保存下来来的脚本呢？
作者Author: sobereva 时间: 2020-12-13 04:30
学点awk的知识，以及linux下的grep等命令的使用，自然就懂了
作者Author: sobereva 时间: 2022-6-6 18:56
新加入一个脚本“10 显示当前目录下所有out文件最后一次SCF Done的能量”
作者Author: Prof.Huang 时间: 2025-7-13 22:11
各位大佬，使用第二个脚本一次性执行当前目录下所有Gaussian输入文件，编译器是Intel OneAPI 2025.2 ,执行后显示icc++not found, 把脚本中的icc和icc++改成icx，后，又显示 error: no input files Bad substitution,这是要改icc编译器么
作者Author: wal 时间: 2025-7-13 22:55
这个跟编译器没啥关系吧。。那个icc纯粹是一个计数器
作者Author: sobereva 时间: 2025-7-14 02:46
学点shell脚本编写常识，避免胡思乱想
参考
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）
作者Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-7-14 10:28
像icc这样的字符串一看就容易和可执行程序/命令冲突，用在shell脚本里当变量名属实是自找麻烦。
所有写shell脚本的都应该认真研读Bash Pitfalls避免踩坑，并且写完后拿ShellCheck检查语法问题。
考虑到bash的兼容性问题，像((var++))这种语法特性不要也罢。
作者Author: sobereva 时间: 2025-7-15 04:18
对于个人的单一微型脚本的编写，不需要太有洁癖
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