计算化学公社

标题: 做μVTST时，无势垒路径如何做irc [打印本页]

作者
Author: 季蓝色 时间: 2020-8-19 20:10
标题: 做μVTST时，无势垒路径如何做irc
各位老师好，以下是我的问题
对于无势垒路径，要计算速率。老师说要做微正则变分过渡态理论(μVTST)计算，但是变分过渡态理论不是建立在找到过渡态构型且做了irc，从而提取对应的几何坐标等信息。可是对于无势垒路径，没有找到过渡态，那应如何做？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-19 20:14
看具体情况，有时候可以用柔性扫描代替

作者
Author: 季蓝色 时间: 2020-8-19 20:52
本帖最后由季蓝色于 2020-8-19 20:55 编辑

老师好，您看下，这是输入文件，但是总是运行不成功，请您指教

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-8-19 23:06

季蓝色发表于 2020-8-19 20:52
老师好，您看下，这是输入文件，但是总是运行不成功，请您指教

得给输出文件才好知道问题所在，某些问题不一定是完全由你的输入文件导致的，也和你的环境配置有关

作者
Author: 季蓝色 时间: 2020-8-20 10:47
本帖最后由季蓝色于 2020-8-20 10:53 编辑

您好，这是我的输出文件，出现这样的提醒后，运行就终止了，请问有什么解决办法么？是重新投入运行么？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-20 23:13

季蓝色发表于 2020-8-20 10:47
您好，这是我的输出文件，出现这样的提醒后，运行就终止了，请问有什么解决办法么？是重新投入运行么？

跟warning没有直接关系
如果这就是最后的输出信息，大概率是内存或硬盘不够之类的原因

再次强调，用MP2费力不讨好，这里也明确说了
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

作者
Author: 季蓝色 时间: 2020-8-26 20:58
本帖最后由季蓝色于 2020-8-26 21:13 编辑

请问，我想计算速率的物质没有找到过渡态，是直接从一种长链碳从某一键断开变成了两个自由基，观看老师提供的教程时，（2.4 刚性扫描实例3：扫描氟化氢键长获得解离曲线 5.6 柔性扫描实例4：把环丁烷拉成丁烷双自由基）这两个例子是否可以应用？是否可以使用老师提供的教程（http://sobereva.com/474，5.6 柔性扫描实例4：把环丁烷拉成丁烷双自由基）呢？
在使用5.6例子时，扫描结果出现了如图中的状况，是说CC断了之后，断的一个碳又连到别的双键上，造成了这种情况，如何解决？

感谢各位老师的回答

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-28 04:33

季蓝色发表于 2020-8-26 20:58
请问，我想计算速率的物质没有找到过渡态，是直接从一种长链碳从某一键断开变成了两个自由基，观看老师提供 ...

必要时候可以设置限制（见《在Gaussian中做限制性优化的方法》http://sobereva.com/404），避免出现连到别的双键上这类问题

作者
Author: 季蓝色 时间: 2020-8-29 10:06
本帖最后由季蓝色于 2020-8-29 10:08 编辑

谢谢老师
需要找无势垒的过渡态进行速率计算，使用柔性扫描，扫描后需要找频率
在使用5.6例子后，扫描断开连接双键（碳1与氮连接的双键）的碳1与另一个碳2的链，保存某一键长所对应的几何结构，此时碳1所连为双键，但输入文件如下时，变成碳氮三键，和我实际的产物（两个自由基）并不一致，如何解决？

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