计算化学公社

标题: 求助用antechamber给含有Si元素的小分子计算bcc电荷遇到问题 [打印本页]

作者
Author: 大脸曼 时间: 2020-9-5 15:07
标题: 求助用antechamber给含有Si元素的小分子计算bcc电荷遇到问题
请教各位老师，Amber18中的antechamber计算含有Si元素的小分子bcc电荷在Check Unusual Elements出现如下错误，该如何解决？
Welcome to antechamber 19.0: molecular input file processor.
acdoctor mode is on: check and diagnose problems in the input file.
-- Check Format for pdb File --
Status: pass
-- Check Unusual Elements --
Warning: Unusual element (Si) for atom (ID: 1, Name: Si1).
/share/apps/amber18/bin/to_be_dispatched/antechamber: Fatal Error!
GAFF does not have sufficient parameters for molecules having unusual
   elements (those other than H,C,N,O,S,P and halogens).
   To ensure antechamber works properly, one may need to designate
   bond types for bonds involved with unusual elements.
   To do so, simply freeze the bond types by appending "F" or "f"
   to the corresponding bond types in ac or mol2 files
   and rerun antechamber without unusual element checking via:
   antechamber -dr no

感恩~

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-5 21:39
antechamber没法处理带硅的体系。本身GAFF力场也不支持硅。当前问题和电荷没有任何直接关系

如果目的仅仅是得到含硅体系的适合动力学模拟用的电荷的话，用Multiwfn算RESP电荷即可，所有元素都可以用，比AM1-BCC也更好
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

作者
Author: 大脸曼 时间: 2020-9-7 15:01

sobereva 发表于 2020-9-5 21:39
antechamber没法处理带硅的体系。本身GAFF力场也不支持硅。当前问题和电荷没有任何直接关系

如果目的仅 ...

好的好的，谢谢sob老师

作者
Author: lin-li 时间: 2025-5-22 10:52

sobereva 发表于 2020-9-5 21:39
antechamber没法处理带硅的体系。本身GAFF力场也不支持硅。当前问题和电荷没有任何直接关系

如果目的仅 ...

请问社长，gaff不支持si，那该如何为含硅的小分子定义合适的力场参数呢？使用文献中的参数吗？还有一个问题，我和贴主一样，在antechamber不支持的情况下，使用gaussview将优化后的log转为mol2,该mol2中的原子类型是大写的，也就是用的amber力场的原子类型，之后我使用parmchk2生成frcmod，也是使用的parm10.dat中的参数，按道理小分子应该使用gaff或者gaff2吧？请问mol2中的原子类型怎么改为使用gaff的原子类型呢？可能问题有些简单，希望获得解答，不胜感激。

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-5-22 22:19

lin-li 发表于 2025-5-22 10:52
请问社长，gaff不支持si，那该如何为含硅的小分子定义合适的力场参数呢？使用文献中的参数吗？还有一个问 ...

sobtop

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-23 06:23

lin-li 发表于 2025-5-22 10:52
请问社长，gaff不支持si，那该如何为含硅的小分子定义合适的力场参数呢？使用文献中的参数吗？还有一个问 ...

利用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）可以很容易地产生含有任意元素的拓扑文件，无论GAFF是否支持，例如下文例子里的Fe就不被GAFF支持
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)