计算化学公社

标题: 酯交换反应过渡态的搜寻 [打印本页]

作者
Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-9-9 12:19
标题: 酯交换反应过渡态的搜寻
我的做的是关于季铵盐离子液体催化碳酸二甲酯与甘油酯交换反应机理的探究，在寻找第二步的过渡态（甲氧基夺取水分子的质子）总是出现结构不收敛，加了关键词opt=gdiis和int=ultrafine，还是出现结构不收敛，我看文献和我结构相同的过渡态搜寻，感觉我的分子摆的感觉没有问题，我上传了我的gif文件，麻烦大家帮忙看看。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-9-9 13:02
（1）建议总是用#p而非#，否则输出内容不够多，一些信息跟踪不了；
（2）这是常见有机体系，现在都已经2020年了，B3LYP还不加D3，看sob老师博文《坚持使用B3LYP算有机体系的人的下场》http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html
（3）geom=conn和底下那堆连接关系可以删了，完全没用。

作者
Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-9-9 15:10

zjxitcc 发表于 2020-9-9 13:02
（1）建议总是用#p而非#，否则输出内容不够多，一些信息跟踪不了；
（2）这是常见有机体系，现在都已经202 ...

好的，会注意的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-10 03:33
用B3LYP-D3(BJ)/6-31G**重新算
另外，初始结构看起来很不理想，好多个键都严重偏离平衡键长，都看不懂这个TS初猜怎么摆成这样的。
注意观看优化趋势，没往期望的TS结构上走说明初始结构还得调

作者
Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-9-10 09:52

sobereva 发表于 2020-9-10 03:33
用B3LYP-D3(BJ)/6-31G**重新算
另外，初始结构看起来很不理想，好多个键都严重偏离平衡键长，都看不懂这个 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: X2y0x1y4x 时间: 2020-9-10 13:20

X2y0x1y4x 发表于 2020-9-10 09:52
好的，谢谢sob老师

sob老师，这个结构我自己摸索了好久，能不能麻烦您说说我这个结构哪里有明显的错误勒？TS所搜过渡态要把涉及断裂的键长拉长30%,左右，然后我把羰基C原子与甲氧基O原子距离设的1.8，同时氢氧根和甲氧基我想的是会与我的离子液体阳离子结构形成氢键，但是一直无法收敛，有的时候甲氧基直接与羰基C相连，形成正四面体构型，感觉会往中间体结构上面跑。我现在把方法换成m062x/6-31G**。

作者
Author: 星斗如盘 时间: 2020-9-30 15:09

zjxitcc 发表于 2020-9-9 13:02
（1）建议总是用#p而非#，否则输出内容不够多，一些信息跟踪不了；
（2）这是常见有机体系，现在都已经202 ...

如果使用大基组重新计算能量，优化也最好使用b3lyp-D3吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-9-30 15:22

星斗如盘发表于 2020-9-30 15:09
如果使用大基组重新计算能量，优化也最好使用b3lyp-D3吗？

可以这么做。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-9-30 15:23

星斗如盘发表于 2020-9-30 15:09
如果使用大基组重新计算能量，优化也最好使用b3lyp-D3吗？

对，因为不加D3的B3LYP可能连定性的几何结构都会算错，比如严重高估非共价复合物的单体间距离

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