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标题: 绝热电子亲合能算法求助 [打印本页]

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Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-16 20:34
标题: 绝热电子亲合能算法求助
Sob老师好，绝热电子亲合能的定义中是对中性和自由基阴离子几何结构分别优化，优化后的中性分子和阴离子的能量差。小的搞不清DFT计算中所指的能量差是指输出文件中的单点能吗？但看有些文献中还考虑了零点振动能，但定义中也没提及到零点振动能呀，那还需要考虑零点振动能吗？或者在什么情况下要考虑零点能呢？恳请老师赐教，感谢老师。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-9-16 21:06
自由能差啊，当然要加上热力学校正量

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-16 21:19

喵星大佬发表于 2020-9-16 21:06
自由能差啊，当然要加上热力学校正量

感谢老师自由能差指的不是输出文件中的单点能吗加上热力学校正指的是输出文件中的哪部分呢恳请老师赐教

作者
Author: chemhou 时间: 2020-9-16 22:41
本帖最后由 chemhou 于 2020-9-16 22:42 编辑

chanyeolhgh 发表于 2020-9-16 21:19
感谢老师自由能差指的不是输出文件中的单点能吗加上热力学校正指的是输出文件中的哪部分呢恳请老师赐 ...

电子亲和能与自由能没有关系；直接用电子能量计算，0-0跃迁当然要考虑零点能校正。
看定义：https://en.wikipedia.org/wiki/Electron_affinity。
并且一般也没有“绝热电子亲和能”这个叫法，直接就叫“电子亲和能”。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-9-16 22:42

chanyeolhgh 发表于 2020-9-16 21:19
感谢老师自由能差指的不是输出文件中的单点能吗加上热力学校正指的是输出文件中的哪部分呢恳请老师赐 ...

单点能的差就是单点能的差，自由能的差就是加上热力学校正以后再求差
建议自己搞清楚热力学校正是什么意思

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Author: sobereva 时间: 2020-9-17 12:40
对中性和阴离子状态分别计算U(0)然后求差

0K下的内能U(0)，即电子能量加上ZPE，怎么计算看
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

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Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-17 15:00

chemhou 发表于 2020-9-16 22:41
电子亲和能与自由能没有关系；直接用电子能量计算，0-0跃迁当然要考虑零点能校正。
看定义：https://en. ...

感谢老师那我在热力学组合方法中读取的电子能量应该是CBS-QB3(0K)后面的数值吗
(, 下载次数 Times of downloads: 46)

那我用普通的DFT（b3lyp)进行计算的话也应该读取零点校正后的电子能量吗还是直接读取电子能量（HF后面的数值呢）恳请老师赐教感谢老师

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-17 15:22

sobereva 发表于 2020-9-17 12:40
对中性和阴离子状态分别计算U(0)然后求差

0K下的内能U(0)，即电子能量加上ZPE，怎么计算看

感谢Sob老师如果在热力学组合方法中（CBS-QB3)中我直接读取CBS-QB3(0K)的数据就是电子能量加上ZPE 那如果我用普通的DFT方法（b3lyp) 同样想要得到电子能量和ZPE的能量之和但是看Sob老师的文章中写道给出的都是电子能量并不包含ZPE 我该怎么做呢？感谢Sob老师耐心指导恳请Sob老师赐教

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-9-17 15:28

chanyeolhgh 发表于 2020-9-17 15:22
感谢Sob老师如果在热力学组合方法中（CBS-QB3)中我直接读取CBS-QB3(0K)的数据就是电子能量加上ZPE 那 ...

做结构优化+振动分析，然后把输出文件扔到Shermo里面那读取热力学校正量，再用高精度的方法双杂化/post-HF计算电子能量，加进去。前后的结构都这么做完了求差

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Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-17 16:04

喵星大佬发表于 2020-9-17 15:28
做结构优化+振动分析，然后把输出文件扔到Shermo里面那读取热力学校正量，再用高精度的方法双杂化/post-H ...

感谢老师也就是说结构优化+振动分析计算出来的ZPE 就是后续双杂化泛函/后HF计算所需要的ZPE 我理解的对吗老师？感谢老师的耐心指导

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Author: 喵星大佬 时间: 2020-9-17 16:08

chanyeolhgh 发表于 2020-9-17 16:04
感谢老师也就是说结构优化+振动分析计算出来的ZPE 就是后续双杂化泛函/后HF计算所需要的ZPE 我理解的对 ...

后续的双杂化/后HF计算是为了算准电子能量，只需要算个单点，没有什么ZEP啥的，振动分析和结构优化在低级别下，比如B3LYP/6-31G*下计算，考虑频率校正因子之后已经足够了

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-17 16:22

喵星大佬发表于 2020-9-17 16:08
后续的双杂化/后HF计算是为了算准电子能量，只需要算个单点，没有什么ZEP啥的，振动分析和结构优化在低级 ...

感谢老师结构优化 +频率分析是在您说的级别下计算的我现在还没有用过Shermo程序按您上述的步骤进行计算但现在想搞清楚优化+频率分析后的ZPE 就是我后续高级别水平下计算电子能量后计算总的内能（电子能量+ZPE）所用到的那个ZPE吗就是所说的这两个ZPE的值都是同一个（就是优化+频率分析得到的）吗恳请老师赐教

作者
Author: chemhou 时间: 2020-9-17 18:35
看Sob在此贴中的贴图及相关的讨论：http://bbs.keinsci.com/thread-1423-1-1.html
其中前面已经提过，一般不用AEA这个叫法，而直接称EA; VEA是只存在于理论中的，实验上不存在这个东西。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-19 09:06

chanyeolhgh 发表于 2020-9-17 16:22
感谢老师结构优化 +频率分析是在您说的级别下计算的我现在还没有用过Shermo程序按您上述的步骤进行计算 ...

使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

这里都有现成的例子，起码先一个字一个字仔细阅读一遍

作者
Author: chanyeolhgh 时间: 2020-9-23 10:28

sobereva 发表于 2020-9-19 09:06
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.kein ...

感谢老师仔细看过后在使用shermo计算的时候总是在输入完文件后出不来计算结果而是跳转出输出文件的信息关于代码的知识小的实在不太懂这种情况该怎样处理呢 (, 下载次数 Times of downloads: 42) 恳请老师赐教

作者
Author: sobereva 时间: 2020-9-24 12:00

chanyeolhgh 发表于 2020-9-23 10:28
感谢老师仔细看过后在使用shermo计算的时候总是在输入完文件后出不来计算结果而是跳转出输出文件的 ...

怀疑你的软件环境有问题，换个机子再试

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