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标题: 请教势能面扫描中坐标设置问题 [打印本页]

作者
Author: Zhangzhihe 时间: 2020-11-18 14:27
标题: 请教势能面扫描中坐标设置问题
本帖最后由 Zhangzhihe 于 2020-11-18 15:17 编辑

最近在学习sob老师这篇势能面扫描的文章（http://sobereva.com/474 ）时，看到老师的例子是用 Li13 在垂直方向接近苯平面的中心，而对应的调节苯平面分子坐标和相关间距的方法在文章（http://sobereva.com/178）中有见到。
但是如果我想做 Li13从某一个方向进攻苯环上的原子。例如图中的进攻 C4 的话，我该如何设置相应的坐标呢，
简单来说，如果我想做Li13从不是垂直的方向进攻C4，相应的要对苯的坐标结构怎么调整呢？个人猜想：把进攻方向当作z轴，被进攻原子作为（0，0，0），然后进行扫描。
如果猜想是对的话，哪有该如何把苯分子的坐标进行合理的调整呢？新手愚笨，请各位老师见谅

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-18 14:42
这个取决于你是否要求C-Li的方向严格垂直于苯环平面，还是说不一定需要严格垂直？

作者
Author: Zhangzhihe 时间: 2020-11-18 14:47

wzkchem5 发表于 2020-11-18 14:42
这个取决于你是否要求C-Li的方向严格垂直于苯环平面，还是说不一定需要严格垂直？

谢谢老师的回答，
是这样的，sob老师文章里的是Li垂直进攻苯环中心

我就猜想如果是从其他角度去进攻
比如说是Li13从我图像中的红色箭头方向进攻C4（不是垂直的），
相应的坐标该怎么设置呢

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-11-18 15:11
你的这个问题主要是运动矢量是什么，可以用我这个工具http://bbs.keinsci.com/thread-18902-1-1.html实现自定义矢量得到轨迹转gaussian输入即可。当然是刚性的。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2020-11-18 15:58

Zhangzhihe 发表于 2020-11-18 14:47
谢谢老师的回答，
是这样的，sob老师文章里的是Li垂直进攻苯环中心

扫描C-Li键长就行了
事实上sob老师这个扫描z坐标反倒是比较少用、也稍微麻烦一点的应用场景，大部分实际计算情况下都可以用扫描键长键角二面角来解决

作者
Author: FETEYA 时间: 2020-11-18 22:20
任意一条直线都可以表示为两个平面的交线.
若是想限制一个原子在一条直线上,可以在用G16中的GIC功能,同时限制这个在两个平面内.
在此基础上做扫描的话,只需要再选择一个恰当的扫描坐标就行了

作者
Author: Zhangzhihe 时间: 2020-11-19 20:07
本帖最后由 Zhangzhihe 于 2020-11-19 20:14 编辑

wzkchem5 发表于 2020-11-18 15:58
扫描C-Li键长就行了
事实上sob老师这个扫描z坐标反倒是比较少用、也稍微麻烦一点的应用场景，大部分实际 ...

谢谢老师，找到需要的教程博文了
认真学习

作者
Author: Zhangzhihe 时间: 2020-11-19 20:08

liuyuje714 发表于 2020-11-18 15:11
你的这个问题主要是运动矢量是什么，可以用我这个工具http://bbs.keinsci.com/thread-18902-1-1.html实现自 ...

谢谢您的回答，有仔细看您编写的程序，学习之余一定多学学您的软件。

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