计算化学公社
标题: 调用高斯16w的freqchk查看另一个校正因子下的热力学数据需要很大的内存吗？ [打印本页]
作者Author: wanlichuan 时间: 2020-11-22 13:43
标题: 调用高斯16w的freqchk查看另一个校正因子下的热力学数据需要很大的内存吗？
本帖最后由 wanlichuan 于 2020-11-22 13:45 编辑
最近用g16w自带的freqchk工具查看另一个校正因子下的热力学数据，竟然报错了：
Out-of-memory error inroutine FreqChk-EDrv (IEnd= 402655820684MxCore= 8000000000)
Use %mem=384003MW to provide the minimumamount of memory required to complete this step.
以上是用自己笔记本上的g16w下的freqchk算的，8G内存都写上了，还是不够，错误信息提示要用402G内存吗？怎么会这么大呢？
chk文件是用linux系统下的g09得到的，确实有点大，但也不至于需要这么大的内存来做freqchk计算吧？以前用g09w下的freqchk计算时没需要这么大的内存。
后来又尝试用g09w下的freqchk再次计算这个chk文件，还是出现同样的问题。
不知道问题出在哪儿。请高手指教。谢谢。
作者Author: thanhtam 时间: 2020-11-22 13:54
本帖最后由 thanhtam 于 2020-11-22 13:56 编辑
1MW=8MB，所以你需要的是3TB内存
用linux g09的freqchk来算，不要混用。实在不行可以用shermo来算
作者Author: wanlichuan 时间: 2020-11-22 14:13
谢谢回复。
我是看的上面这个数“IEnd= 402655820684”。看来达到这个内存也还不够，因为下一句说需要“384003MW”。
看来是因为得到chk文件的程序和freqchk程序不配套导致的。
我试试社长的shermo程序吧。
作者Author: zjxitcc 时间: 2020-11-22 15:45
chk文件是二进制文件，不能跨平台操作。你linux下算的chk文件，只能用linux下的freqchk来对其操作，不能用Win下的freqchk。即使你用了shermo，输入chk文件，它也是调用formchk先把chk文件转化成fchk文件，你这时候还是会遇到不能跨平台的问题。
另，chk文件区分高斯版本，即使是在linux下，也不要拿g09算的chk文件去给g16的freqchk操作。
如果你不想区分版本、区分平台，可以在linux下用高斯自带的formchk小程序从chk文件生成fchk文件（一样要注意高斯版本，不可混用）。
如果你严格遵循了上述几点，出现报错的话，再贴到这里来大家看。
作者Author: wanlichuan 时间: 2020-11-22 17:50
谢谢zjxitcc老师的详细讲解，明白了。
现在正在学习社长的shermo程序，刚才用了一下，这个程序可以直接读入out文件或log文件，不需要chk或fchk文件啊，好像不存在区分版本和平台的问题吧？
看shermo说明书上针对“input files”的说明是这样的“Gaussian: Output file of "freq" or "opt freq" task. Gaussian 09 and 16 are formally supported.”好像也没提到可以读入chk或fchk文件。
我试了试，找了不同版本、不同平台下得到的chk/fchk文件，全部报错了。
作者Author: zjxitcc 时间: 2020-11-22 19:22
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-11-22 19:32 编辑
我没说你不能用log/out文件。只是说你非要用chk文件，那就存在跨平台问题。另外，我已经说的挺详细了，你无需测试“不同版本、不同平台下得到的chk文件”。Shermo目前是不支持chk/fch文件，Multiwfn支持chk/fch，但若给定chk文件，也是先调用formchk产生fch文件。
作者Author: wanlichuan 时间: 2020-11-22 20:57
明白。谢谢。
作者Author: sobereva 时间: 2020-11-23 04:45
这种事用Shermo 10秒钟就搞定了，just设置settings.ini里的sclZPE、双击启动、拖入out文件、回车
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）
不支持chk/fchk，因为本身也没必要，对大体系用户存很大的chk/fch文件也不方便
我的另一个程序hess2freq倒是基于fch的
基于fch中的Hessian矩阵计算振动频率的简单程序Hess2freq
http://sobereva.com/328（http://bbs.keinsci.com/thread-3368-1-1.html）
作者Author: wanlichuan 时间: 2020-11-23 18:09
的确如此，用这个程序可以节省很多时间，不必再一个一个算热力学校正量了。比脚本还方便。多谢社长。
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