计算化学公社

标题: 按照Gaussian自带的freqchk工具欲求不同校正因子下的H+的热力学数据所遇到的问题 [打印本页]

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Author: wwangyt@tju.edu 时间: 2021-1-7 15:40
标题: 按照Gaussian自带的freqchk工具欲求不同校正因子下的H+的热力学数据所遇到的问题
本帖最后由 wwangyt@tju.edu 于 2021-1-7 15:41 编辑

请教老师一个问题，不甚感激~本人想查看氢离子（H+）在ZPE 校正因子0.9813，B3LYP/6-31g(d)水平下，温度为393K,压力为10atm下的热力学常数。但是遇到了如下附件中的问题，说是没有力常数（No force constants found in file）。而在做计算之前，本人阅读了 sob老师的经验贴--谈谈谐振频率校正因子，已经过一次频率计算并且保存了H+的chk文件，想查看0.9813校正因子下的热力学数据。并严格按照Gaussian自带的freqchk工具，启动后依次输入N，393, 10，0.9813，回车，回车但还是出现附件的情况。但是采用上述方法对于铑离子（B3LYP/LanL2TZ），一氧化碳分子(B3LYP/6-31g(d))计算就成功查看到热力学常数。不知道该如何解决呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: snljty 时间: 2021-1-7 16:26
质子的热力学数据不是这么算的。必须考虑量子效应，要用Fermi-Dirac分布来推导。文献JPCA，118，11090(2014)有现成的数据，可以直接拿来用。

作者
Author: wwangyt@tju.edu 时间: 2021-1-7 17:26
非常感谢老师的回复，但是我想求的是H质子在393K，10atm下的吉布斯自由能，而此文献中给出的是标准压力1atm 不同温度下的G，应该怎么转化呢？老师

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-1-7 18:11

wwangyt@tju.edu 发表于 2021-1-7 17:26
非常感谢老师的回复，但是我想求的是H质子在393K，10atm下的吉布斯自由能，而此文献中给出的是标准压力1atm ...

压力只对平动熵有贡献，搜一下平动熵的公式，把压力那项单独拆出来重新算一下就行了

作者
Author: wwangyt@tju.edu 时间: 2021-1-7 20:43
老师，您好，很感谢您能回复我的疑惑。但是，我还是不太明白压力只对平动熵有贡献，那就是说压力对它的吉布斯自由能没影响，是吗？那相同温度下，10atm和1atm下氢质子的吉布斯自由能是相同的吗？还有，文献JPCA，118，11090(2014)中没有给出393K下H质子的吉布斯自由能，那我应该怎么算呢？之前借助Gaussian自带的freqchk工具是不能求H质子的呢。非常感谢老师对迷茫新手的关怀和引导。感恩~

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-8 00:05
拿Gaussian算个氢原子的任务

# B3LYP/def2TZVP freq
Title Card Required
0 2
H

复制代码

把输出文件载入Shermo，直接就给你自由能了。想设什么压力在settings.ini里改P=后面的值就完了，比freqchk省事得多。
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

作者
Author: xxzj 时间: 2021-5-24 10:50

sobereva 发表于 2021-1-8 00:05
拿Gaussian算个氢原子的任务

把输出文件载入Shermo，直接就给你自由能了。想设什么压力在settings.ini里 ...

老师，您好，我使用Shermo计算了金属卟啉的热力学数据，将添加金属的卟啉和没有金属的卟啉分子进行对比，发现添加金属后Ucorr,Hcorr,Gcorr都降低了，想问一下老师，为什么会出现这种状况，是常识吗？
还有一个问题是看热力学数据主要对化学反应方向和进行程度做出判断，如果仅是对不同金属的卟啉分子热力学数据分析，可以从哪些方面思考呢？辛苦老师

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-5-24 17:37

xxzj 发表于 2021-5-24 03:50
老师，您好，我使用Shermo计算了金属卟啉的热力学数据，将添加金属的卟啉和没有金属的卟啉分子进行对比， ...

只有原子种类和个数都相同的体系，热力学数据才可以比。所以不能直接比较添加金属的卟啉和没有金属的卟啉，而应该是比较添加金属的卟啉和没有金属的卟啉与金属的热力学数据之和。
同理，不能直接比较不同金属的卟啉配合物的热力学数据，没有任何意义

作者
Author: xxzj 时间: 2021-5-25 11:14

wzkchem5 发表于 2021-5-24 17:37
只有原子种类和个数都相同的体系，热力学数据才可以比。所以不能直接比较添加金属的卟啉和没有金属的 ...

老师，“比较添加金属的卟啉和没有金属的卟啉与金属的热力学数据之和”这句话没有太明白，是将没有添加金属的卟啉热力学数据+从网上找到的单个金属的热力学数据和金属卟啉的热力学数据进行对比吗？老师，想问一下，可从哪些方面进行对比？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-5-25 15:34

xxzj 发表于 2021-5-25 04:14
老师，“比较添加金属的卟啉和没有金属的卟啉与金属的热力学数据之和”这句话没有太明白，是将没有添加 ...

比较 (添加金属的卟啉的热力学数据) 和 (没有金属的卟啉的热力学数据 + 金属的热力学数据)。其中金属的热力学数据是你自己算出来的，理论级别必须与计算卟啉和计算金属卟啉配合物严格一致，而且要恰当选择电荷和自旋多重度。不能用网上找的数据，因为那样没办法实现误差抵消。
就是看哪个大就行了，至于哪个大能说明什么，任何一本基础物化教材都会讲。

作者
Author: xxzj 时间: 2021-5-25 18:12

wzkchem5 发表于 2021-5-25 15:34
比较 (添加金属的卟啉的热力学数据) 和 (没有金属的卟啉的热力学数据 + 金属的热力学数据)。其中金属的热 ...

谢谢老师，我知道啦

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