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标题: 关于高斯频率计算时候内存不足的问题 [打印本页]

作者
Author: TonyAugustine 时间: 2021-2-26 02:53
标题: 关于高斯频率计算时候内存不足的问题
各位您们好，
在我用 gaussian 09计算stacking体系时出现内存不足的情况。用b3lyp-d3/def2tzvp，赋予了240GB的内存，基本是我能做的极限，还是不够。在加了int=acc2e=11后，可以完成频率计算。我查看了output的内容，发现int=acc2e=11的output相比于默认情况下，少了很多vector的内容。我想请教这样的结果是否可信或者足够精确。

以下是两个出示文件的命令部分

#freq b3lyp/def2tzvp scrf=(iefpcm,solvent=dmso) empricaldispersion=gd3

#freq b3lyp/def2tzvp scrf=(iefpcm,solvent=dmso) empricaldispersion=gd3 int=acc2e=11

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-2-26 09:14
算频率用那么大基组干啥。。。。。6-31G*/6-31G**基本就OK

作者
Author: biogon 时间: 2021-2-26 10:02
其实用def2svp就够了，这么大的基组费时费内存

作者
Author: TonyAugustine 时间: 2021-2-26 10:17

biogon 发表于 2021-2-26 10:02
其实用def2svp就够了，这么大的基组费时费内存

参考的文献方法是这样的，我们也不是专业做计算的，老板坚持要和参考文献的方法一样

作者
Author: 灰飞的旋律 时间: 2021-2-26 10:24
本帖最后由灰飞的旋律于 2021-2-26 10:25 编辑

TonyAugustine 发表于 2021-2-26 10:17
参考的文献方法是这样的，我们也不是专业做计算的，老板坚持要和参考文献的方法一样

计算用的核心数也和内存有关，可以适当减少使用核心数，尽管会算的慢一些。适当减少积分网格密度也会降低内存消耗。另外真的有必要上这个基组吗，需要结合自己体系情况来确定，可以多参考几篇文献的基组用法

作者
Author: TonyAugustine 时间: 2021-2-26 10:33

灰飞的旋律发表于 2021-2-26 10:24
计算用的核心数也和内存有关，可以适当减少使用核心数，尽管会算的慢一些。适当减少积分网格密度也会降低 ...

你好，我在keyword里面加入了 int=acc2e=11 是可以能够得到结果的。G09默认的是什么我不太知道，我推测是 int=acc2e=12，因为我试验了 int=acc2e=12 内存是会溢出的。

能不能根据您的经验帮我判断一下是不是 int=acc2e=11 这个计算就足够了？用这么大的机组是因为有一篇文章横向比较了几个不同的机组和方法，推荐了pi体系在这个机组下的能量比较准确，因为我们有几个不同的分子需要比较，所以希望能量能够准确一点。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-2-26 10:38

TonyAugustine 发表于 2021-2-26 10:33
你好，我在keyword里面加入了 int=acc2e=11 是可以能够得到结果的。G09默认的是什么我不太知道，我推测是 ...

能量准确和优化算频率准确是完全两码事。

而且b3lyp本身也基本跟能量准确关系不大。

没必要修改为int=acc2e=11，就用默认的，基组那么大道是明显没什么卵用。结构和频率随着基组增大和快就收敛了，更大的基组在算频率的时候只是空耗机时而已。在算能量的时候用大基组就好了，那时候不用迭代CPHF也不会耗太多内存。

作者
Author: TonyAugustine 时间: 2021-2-26 11:18

喵星大佬发表于 2021-2-26 10:38
能量准确和优化算频率准确是完全两码事。

而且b3lyp本身也基本跟能量准确关系不大。

谢谢您的意见，但是不加int=acc2e=11的默认算法是会导致内存溢出的。基组的选择也不是我能更改的，套用参考文献的方法。使用其他基组，并没有文献支持。

作者
Author: biogon 时间: 2021-2-26 11:27

TonyAugustine 发表于 2021-2-26 10:17
参考的文献方法是这样的，我们也不是专业做计算的，老板坚持要和参考文献的方法一样

盲目效仿不可取，且先不说文献计算级别的合理性，如果遇上个无论如何都算不动的级别也要效仿吗？

作者
Author: TonyAugustine 时间: 2021-2-26 11:50

biogon 发表于 2021-2-26 11:27
盲目效仿不可取，且先不说文献计算级别的合理性，如果遇上个无论如何都算不动的级别也要效仿吗？

您好，您说的没错，我很赞同您的观点，应该根据体系修改方法。就目前的结果来看，因为几篇文章都是大机组，并且有横向对比的精度，所以确定了这个方法。我也很想找一个小一点的且适用的机组，但是目前没有合适的参考文献推荐。之前参用有一个b3lyp/6-31+G算resveratrol的stacking的文献，被一个导师吐槽。且我们算出来的结果，用b3lyp-d3和那篇文献的结果完全不一样。

作者
Author: biogon 时间: 2021-2-26 12:02

TonyAugustine 发表于 2021-2-26 11:50
您好，您说的没错，我很赞同您的观点，应该根据体系修改方法。就目前的结果来看，因为几篇文章都是大机组 ...

基组问题看这个
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387
6-31+g没有极化函数数据根本不能用，另外如果不加色散矫正算出来的结构是绝对不能用的
涉及弱相互作用使用B3LYP不加色散矫正的没有必要去看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413

作者
Author: TonyAugustine 时间: 2021-2-26 12:09

biogon 发表于 2021-2-26 12:02
基组问题看这个
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387

色散矫正我加了的。
我想顺便问一下您一个基础问题，就是再算结合能的时候，是不是一般文献上面的都是单点能？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-26 12:15
不懂计算的人就听懂计算的人的建议就完了，不要盲目效仿，更不要盲目瞎试，纯粹瞎糟蹋计算资源
诸如什么“b3lyp/6-31+G”算stacking纯粹就是搞笑，没有最基本计算常识

好好看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387（http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html）

你这种体系用B3LYP-D3(BJ)/6-311G**做opt freq绝对足够，有任何审稿人不服都可以有理有据地怼回去。
当前问题和int=acc2e设置根本没直接关系，也根本不需要你自己改这个。
要用就用DFT-D3(BJ)甭用DFT-D3，仔细看下文，除非你用的是G09 D.01
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-26 12:18

TonyAugustine 发表于 2021-2-26 12:09
色散矫正我加了的。
我想顺便问一下您一个基础问题，就是再算结合能的时候，是不是一般文献上面的都是单 ...

当前语境下不要用“单点能”，根本指代不明，没法判断你是什么级别下得到的能量

仔细看此文
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488（http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html）

作者
Author: TonyAugustine 时间: 2021-2-26 12:26

sobereva 发表于 2021-2-26 12:15
不懂计算的人就听懂计算的人的建议就完了，不要盲目效仿，更不要盲目瞎试，纯粹瞎糟蹋计算资源
诸如什么“ ...

谢谢您，我一直也很相信您的建议，您的文章我也都读过，b3lyp也不是我使用的。
老板需要文献证据支撑，您可以说服我，我也觉得没有问题，但我没有办法说服老板。

作者
Author: TonyAugustine 时间: 2021-2-26 12:27

sobereva 发表于 2021-2-26 12:18
当前语境下不要用“单点能”，根本指代不明，没法判断你是什么级别下得到的能量

仔细看此文

关于结合能的问题，我一般问的是一般的文献里面的使用，很多文献在实验内容里面也没有提到自己的能量是从哪里来的，所以想问一下有没有一种共识或者潜规则。

作者
Author: biogon 时间: 2021-2-26 13:01

TonyAugustine 发表于 2021-2-26 12:09
色散矫正我加了的。
我想顺便问一下您一个基础问题，就是再算结合能的时候，是不是一般文献上面的都是单 ...

一般不外乎就是电子能量或者自由能

作者
Author: TonyAugustine 时间: 2021-2-26 13:05

biogon 发表于 2021-2-26 13:01
一般不外乎就是电子能量或者自由能

您说的电子能量，是不是就是在DFT的方法中，每次SCF（done）后面的能量？

作者
Author: biogon 时间: 2021-2-26 13:06

TonyAugustine 发表于 2021-2-26 13:05
您说的电子能量，是不是就是在DFT的方法中，每次SCF（done）后面的能量？

你看社长前面发的那个博文就懂了

作者
Author: TonyAugustine 时间: 2021-2-26 13:15

biogon 发表于 2021-2-26 13:06
你看社长前面发的那个博文就懂了

十分感谢您！我就是再确认一下！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-26 14:24

TonyAugustine 发表于 2021-2-26 12:26
谢谢您，我一直也很相信您的建议，您的文章我也都读过，b3lyp也不是我使用的。
老板需要文献证据支撑， ...

不信的话自行拿更高级别基组做个对比就信了

作者
Author: elvisng 时间: 2021-2-27 21:53
我覺得你先把你的文獻提供出來比較好

像樓上說的, 試一下減少計算用的核心數

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