计算化学公社

标题: 求助有机化学反应势垒和反应热计算步骤 [打印本页]

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Author: kgf2021 时间: 2021-3-7 13:22
标题: 求助有机化学反应势垒和反应热计算步骤
请高手简述一下采用Gaussian以及Gaussview计算有机反应势垒和反应热的步骤，拿图中反应举一个例子，分享一下有关教程更好，谢谢啦

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Author: wzkchem5 时间: 2021-3-7 18:15
这个论坛上面有搜索框，自己搜，搜不到再来问，问的时候具体说是哪些内容你没有搜到，我们好针对性回答

作者
Author: kgf2021 时间: 2021-3-7 19:16
本帖最后由 kgf2021 于 2021-3-7 22:22 编辑

wzkchem5 发表于 2021-3-7 18:15
这个论坛上面有搜索框，自己搜，搜不到再来问，问的时候具体说是哪些内容你没有搜到，我们好针对性回答

用高斯计算势垒和反应热的方法都没搜到，具体的话，回答一下图里面最简单的就行，乙烷消氢生成乙炔反应，谢啦计算反应热时，我用高斯优化完反应物和生成物之后，将反应物的能量减去生成物的能量，得到的反应热为38.57，和图中不一样。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-3-7 19:29

kgf2021 发表于 2021-3-7 19:16
用高斯计算势垒和反应热的方法都没搜到，具体的话，回答一下图里面最简单的就行，乙烷消氢生成乙炔反应， ...

见http://sobereva.com/460
看完如果有不懂的，摘引原句针对性提问

作者
Author: kgf2021 时间: 2021-3-7 20:01

wzkchem5 发表于 2021-3-7 19:29
见http://sobereva.com/460
看完如果有不懂的，摘引原句针对性提问

乙烷消氢生成乙炔反应是吸热反应，过渡态结构更偏向乙烯，用TS算的话，初猜结构我还是不知道怎么猜

作者
Author: ms860309 时间: 2021-3-7 20:12

kgf2021 发表于 2021-3-7 20:01
乙烷消氢生成乙炔反应是吸热反应，过渡态结构更偏向乙烯，用TS算的话，初猜结构我还是不知道怎么猜

如果需要TS的initial guess
可以參考
http://sobereva.com/44

我個人比較有經驗是string method

不過TS成功率通常都不太高需要多嘗試

作者
Author: kgf2021 时间: 2021-3-7 21:19
本帖最后由 kgf2021 于 2021-3-7 21:34 编辑

wzkchem5 发表于 2021-3-7 19:29
见http://sobereva.com/460
看完如果有不懂的，摘引原句针对性提问

# PM7 opt=modredundant nosymm 这里nosymm代表啥

opt里calcfc和calcall的区别

作者
Author: kgf2021 时间: 2021-3-7 21:45
本帖最后由 kgf2021 于 2021-3-7 22:21 编辑

我用柔性扫描找到了那个反应的过渡态，算出来的势垒为137.55，为什么反应热和势垒都和图里的有误差

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-3-7 22:22

kgf2021 发表于 2021-3-7 21:19
# PM7 opt=modredundant nosymm 这里nosymm代表啥

opt里calcfc和calcall的区别

http://gaussian.com/keywords/

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-3-7 22:24

kgf2021 发表于 2021-3-7 21:45
我用柔性扫描找到了那个反应的过渡态，算出来的势垒为137.55，为什么反应热和势垒都和图里的有误差

贴一下文献的计算方法部分以及你的输入文件

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Author: sobereva 时间: 2021-3-7 23:49
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“ 有机化学反应势垒和反应热”改了，以后务必注意，下次将扣分处理。

好好把此文看了
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）

热化学数据怎么得到这里写明了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

这类司空见惯的问题，用论坛首页google框搜不到相关信息才怪

作者
Author: kgf2021 时间: 2021-3-8 15:35
本帖最后由 kgf2021 于 2021-3-8 15:40 编辑

sobereva 发表于 2021-3-7 23:49
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免 ...

看来是我不会搜关键词，这个Shermo软件在哪可以免费下载

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-3-8 16:09

kgf2021 发表于 2021-3-8 15:35
看来是我不会搜关键词，这个Shermo软件在哪可以免费下载

不会搜也就算了，点链接再点链接的链接都不会吗？
http://sobereva.com/552里提到“笔者之前还写过《Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序》（http://sobereva.com/315）一文”，点开http://sobereva.com/315就看到了啊

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-9 04:22

kgf2021 发表于 2021-3-8 15:35
看来是我不会搜关键词，这个Shermo软件在哪可以免费下载

在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79（http://bbs.keinsci.com/thread-57-1-1.html）

作者
Author: kgf2021 时间: 2021-3-9 13:54

wzkchem5 发表于 2021-3-8 16:09
不会搜也就算了，点链接再点链接的链接都不会吗？
http://sobereva.com/552里提到“笔者之前还写过《She ...

多谢提醒

作者
Author: kgf2021 时间: 2021-3-9 20:06

kgf2021 发表于 2021-3-9 13:54
多谢提醒

大神，乙炔环化成苯的优化不好搞啊，乙炔是三个原子共线，用高斯算会出错，而且反应需要催化剂，求解答

作者
Author: kgf2021 时间: 2021-3-9 20:08

wzkchem5 发表于 2021-3-8 16:09
不会搜也就算了，点链接再点链接的链接都不会吗？
http://sobereva.com/552里提到“笔者之前还写过《She ...

大神，乙炔环化成苯的优化不好搞啊，乙炔是三个原子共线，用高斯算会出错，而且反应需要催化剂，求解答

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-3-9 21:20

kgf2021 发表于 2021-3-9 20:08
大神，乙炔环化成苯的优化不好搞啊，乙炔是三个原子共线，用高斯算会出错，而且反应需要催化剂，求解答

如果反应需要催化剂，那么只有知道催化剂的结构（指的是三维结构，不是分子式，如果是异相催化剂还需要知道是用哪个晶面催化的），以及催化剂催化这个反应涉及的所有中间体，才能计算。如果直接把3个乙炔摆在一起算，得到的是不存在催化剂的条件下的势垒，会高得离谱，而且也不能和实验的催化反应比较。

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