计算化学公社

标题: 实验组裸奔做计算，你说谁尴尬？ [打印本页]
作者
Author: LGC020305    时间: 2021-3-10 03:32
标题: 实验组裸奔做计算，你说谁尴尬？
最近看到一篇2020年的JACS文章，感觉不错，实验+计算。
稍微看了一下SI的计算详情，真是一言难尽啊：实验组要裸奔做计算，你说谁尴尬？
坊间实验组一直传闻计算化学简单，凑数据好发文章。
有感于S大的Comment帖子，鱼池大了，虾米蛤蟆也蹦起来了。
计算化学奋起！
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-10 04:59
JACS上荒谬的计算每年都有，甚至都有MP2/STO-3G这种事（DOI: 10.1021/jacs.8b04642）
然而很多浮躁的小白还整天张口闭口拿所谓的“顶刊”说事，殊不知非专业的1区刊物里计算水准的下限远不及他们眼里甚至都瞧不上的3区的
作者
Author: LGC020305    时间: 2021-3-10 05:36
sobereva 发表于 2021-3-10 04:59
JACS上荒谬的计算每年都有，甚至都有MP2/STO-3G这种事（DOI: 10.1021/jacs.8b04642）
然而很多浮躁的小白 ...

希望新人们多多参加科音举办的正规培训活动。
http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
作者
Author: LGC020305    时间: 2021-3-10 05:38
正确入门才是关键，给科音打call (我只是路人甲，与科音无任何商业学术合作）
http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
作者
Author: fwz3888    时间: 2021-3-10 13:46
能不能来个DOI奇文共赏
作者
Author: hxd_yi    时间: 2021-3-10 14:24
很多实验加计算，只是为了让实验看起来更高大上，所以加点计算。计算部分就算有一个审稿人，提出了反对意见也不影响其他几个做实验的审稿人同意发表。
作者
Author: exity    时间: 2021-3-10 14:26
hxd_yi 发表于 2021-3-10 14:24
很多实验加计算，只是为了让实验看起来更高大上，所以加点计算。计算部分就算有一个审稿人，提出了反对意见 ...

如果有一个审稿人明确强烈反对的话，编辑还是会慎重考虑的
作者
Author: beefly    时间: 2021-3-10 20:49
fwz3888 发表于 2021-3-10 13:46
能不能来个DOI奇文共赏

实验测量波函数、用高级从头算研究单电子体系、用被理论界早已否定的结果支持自己的实验、在Gaussview里调键长键角凑出接近实验值的理论结果...都是实验组干过的，而且还发在nature、science、prl、jacs等“顶刊”上
作者
Author: lijiayisjtu    时间: 2021-3-10 21:01
Pd Au 难道不用赝势基组么  我觉得能发 估计审JACS的审稿人都是做实验的。比如三个审稿人 不会因为加了一点 编辑专门分一个 计算的审稿人
作者
Author: alonewolfyang    时间: 2021-3-10 22:06
Sob老师说的太对了
作者
Author: LGC020305    时间: 2021-3-11 06:06
fwz3888 发表于 2021-3-10 13:46
能不能来个DOI奇文共赏

https://doi.org/10.1021/jacs.0c09505
作者
Author: yygong    时间: 2021-3-11 08:21
前段时间审稿，让作者学习氢键计算，认识认识Multiwfn，附带参考文献是sob老师的：J. Comput. Chem., 40, 2868-2881 (2019) DOI: 10.1002/jcc.26068
作者
Author: fwz3888    时间: 2021-3-11 10:23
LGC020305 发表于 2021-3-11 06:06
https://doi.org/10.1021/jacs.0c09505

多谢！
article原文中写的是6-31G**，到SI里就变成了6-311G，不知道是不是作者的疏忽。
作者
Author: fwz3888    时间: 2021-3-11 10:31
beefly 发表于 2021-3-10 20:49
实验测量波函数、用高级从头算研究单电子体系、用被理论界早已否定的结果支持自己的实验、在Gaussview里 ...

“在Gaussview里调键长键角凑出接近实验值的理论结果”
这听说过很多，不知能否从文中计算结果上看出来？
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2021-3-11 10:55
fwz3888 发表于 2021-3-11 10:31
“在Gaussview里调键长键角凑出接近实验值的理论结果”
这听说过很多，不知能否从文中计算结果上看出来 ...

复制他给的坐标进去用他的方法算个受力最多再做个振动分析就看出来了吧
作者
Author: abin    时间: 2021-3-11 11:05
经典的场景是，
给一个chemdraw文件，告诉你算一下。
问，想算啥，想知道啥？
答，你怎么这么多事？算一下吗！就是算一下，还问算啥？

一般，实验对于计算的需求，可能如此。
以上，当作笑话听。
作者
Author: wuzhiyi    时间: 2021-3-12 05:56
本帖最后由 wuzhiyi 于 2021-3-12 05:59 编辑
hxd_yi 发表于 2021-3-10 14:24
很多实验加计算，只是为了让实验看起来更高大上，所以加点计算。计算部分就算有一个审稿人，提出了反对意见 ...

为啥你们给实验组补计算都这么容易过
去年合作者想冲顶刊找我老板帮忙补个计算 然后我就干了两个月补了个计算 因为合作者整天催 找我的时候 他们已经开始写文章了 所以也搞不了多完善 摸着良心说 达不到完美 但正常没问题
结果三个审稿人 一个是搞计算的揪着我不放 于是我又补了更多的计算
结果改了两遍 审稿人还是不放 补的计算量都够发个biophysical journal了 现在别的合作者都过了
就等我 我老板也是一边和合作者说 一定没问题 一边让我赶紧搞 我压力山大

More data are now also shown for the calculations of the XXX. In particular, as suggested in the previous round of comments, data supporting the convergence of these notoriously difficult calculations (Ext. Data Fig. 9c). To me, these results actually confirm my suspicion, and show that convergence has NOT been reached, at least for quite a number of replicas.

而且审稿人自己也说 notoriously difficult calculations 一看就是同行 你特么知道难还搞我？这东西要搞出来都能单独发个计算相关的顶刊了。哪怕发计算相关的二区期刊，做到这个程度也够了啊。。
我特么就是两个月混个contributor啊，而且在作者list里排在我后面只有老板们了啊，这么压榨我你良心不痛么。
作者
Author: 学！！！    时间: 2021-3-12 09:31
yygong 发表于 2021-3-11 08:21
前段时间审稿，让作者学习氢键计算，认识认识Multiwfn，附带参考文献是sob老师的：J. Comput. Chem., 40, 2 ...

二作是sob老师吗？
作者
Author: coolrainbow    时间: 2021-3-12 13:08
裸奔是什么意思？是指BLYP没加D3么？
作者
Author: yygong    时间: 2021-3-12 13:56
学！！！ 发表于 2021-3-12 09:31
二作是sob老师吗？

为什么会这样理解？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-12 14:11
coolrainbow 发表于 2021-3-12 13:08
裸奔是什么意思？是指BLYP没加D3么？

应该是指基组赤膊上阵
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-12 14:14
学！！！ 发表于 2021-3-12 09:31
二作是sob老师吗？

透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）
作者
Author: 虎王    时间: 2021-3-12 15:19
裸奔这个词比较抽象。具体指什么？
作者
Author: 北大-陶豫    时间: 2021-3-12 16:01
虎王 发表于 2021-3-12 15:19
裸奔这个词比较抽象。具体指什么？

我感觉就是缺乏基本的计算化学常识就去做计算……
作者
Author: 学！！！    时间: 2021-3-12 16:14
yygong 发表于 2021-3-12 13:56
为什么会这样理解？

“附带参考文献是sob老师的：J. Comput. Chem., 40, 2868-2881 (2019) DOI: 10.1002/jcc.26068”
我以为这是sob老师的论文
作者
Author: djjj148    时间: 2021-3-12 19:22
wuzhiyi 发表于 2021-3-12 05:56
为啥你们给实验组补计算都这么容易过
去年合作者想冲顶刊找我老板帮忙补个计算 然后我就干了两个月补了 ...

被安排做那么多计算还不给挂共一，听你的说法至少都三四作以后了吧，这实验组不讲武德
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-3-12 19:48
abin 发表于 2021-3-11 11:05
经典的场景是，
给一个chemdraw文件，告诉你算一下。
问，想算啥，想知道啥？

这也太夸张了。。。这种人应该直接拒绝合作
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2021-3-12 20:39
abin 发表于 2021-3-11 11:05
经典的场景是，
给一个chemdraw文件，告诉你算一下。
问，想算啥，想知道啥？

作为在合成组做计算的，两边受气。

一边是搞实验的人说：“这个算一下很简单吧，有这么麻烦嘛？（拿着一个用全波长灯照出来的光反应问）。”

一边是搞生物的人说：“合成这个分子不难吧？和这个就差一点，人家做的总收率有5%。（拿着一个骨架多一个C的十多步的合成路线。）”
作者
Author: wuzhiyi    时间: 2021-3-12 22:21
djjj148 发表于 2021-3-12 19:22
被安排做那么多计算还不给挂共一，听你的说法至少都三四作以后了吧，这实验组不讲武德

也不能怪实验组，本来就是两个月补个计算，没想到出这么多幺蛾子，再改author list也不现实。
我现在就希望能过，我觉得合作者们已经等不急了，想把计算部分删了换个杂志投了。。。
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-13 08:27
学！！！ 发表于 2021-3-12 16:14
“附带参考文献是sob老师的：J. Comput. Chem., 40, 2868-2881 (2019) DOI: 10.1002/jcc.26068”
我以为 ...

难道不是我的？我给你的博文都不看么？
作者
Author: LGC020305    时间: 2021-3-16 00:11
北大-陶豫 发表于 2021-3-12 16:01
我感觉就是缺乏基本的计算化学常识就去做计算……

作者
Author: LGC020305    时间: 2021-3-16 00:12
虎王 发表于 2021-3-12 15:19
裸奔这个词比较抽象。具体指什么？

24# 缺乏基本的计算化学常识就去做计算
作者
Author: LGC020305    时间: 2021-3-16 00:13
coolrainbow 发表于 2021-3-12 13:08
裸奔是什么意思？是指BLYP没加D3么？

可大可小吧
例如20# S大的回复和24#回复
作者
Author: ms860309    时间: 2021-3-16 11:23
幫忙計算的常常會因為了解不足而使計算出現問題

例如之前做實驗的說幫忙算一下optimal geometry bond length

我問是不是gas phase就可以了 實驗的說是

算出來跟實驗不同 討論很久才發現要開solvation model..
作者
Author: exity    时间: 2021-3-18 14:37
ms860309 发表于 2021-3-16 11:23
幫忙計算的常常會因為了解不足而使計算出現問題

例如之前做實驗的說幫忙算一下optimal geometry bond le ...

最近遇到一样的事情，某合作者要找过渡态，人就做我边上，拿个B3LYP/6-311g**快速搜索到了，人说就它了挺好的。
苦口婆心劝SMD+M062X再重新算一遍，不同意。说审稿人如果要求就重算。
我............
作者
Author: 409407227    时间: 2021-3-18 14:41
以前看文献，也是模拟计算都那样，却发了好几篇
作者
Author: 北大-陶豫    时间: 2021-3-18 18:28
exity 发表于 2021-3-18 14:37
最近遇到一样的事情，某合作者要找过渡态，人就做我边上，拿个B3LYP/6-311g**快速搜索到了，人说就它了挺 ...

快速……？？感觉 6-311G** 很大了
作者
Author: shalene    时间: 2021-3-22 21:22
实验文章的审稿人压根不关心计算部分。
作者
Author: 细雨微凉    时间: 2021-3-24 15:20
本帖最后由 细雨微凉 于 2021-3-24 15:28 编辑
abin 发表于 2021-3-11 11:05
经典的场景是，
给一个chemdraw文件，告诉你算一下。
问，想算啥，想知道啥？

还真不是笑话，感觉大部分不搞计算的人都是这样的，或者是直接给你丢一篇文献（甚至是文献的图！）说，我要这个！还有的说：能不能做DFT计算？我就这个分子你用DFT计算一下嘛。
作者
Author: naoki    时间: 2021-3-24 16:14
我听的最多的是“帮忙算个能量”、“帮忙算个相互作用力”。
作者
Author: muxijiao    时间: 2021-4-4 09:58
wuzhiyi 发表于 2021-3-12 22:21
也不能怪实验组，本来就是两个月补个计算，没想到出这么多幺蛾子，再改author list也不现实。
我现在就 ...

直接告诉他们，我不做作者了，你们数据拿去用吧？99%的人不敢的
作者
Author: zmjsce    时间: 2021-4-14 13:17

最近被师兄甩来一篇文献，说：按照这篇文献里的计算部分，把我做的这个体系也算一下！
我：你想得到哪些指标？
师兄：不知道 照着算就行了
我：......
作者
Author: tiandikuoyuan    时间: 2021-4-14 16:02
能问下他这个计算有哪些问题吗
作者
Author: ispring98    时间: 2021-4-14 20:32
感觉我们组老板也是一时兴起
作者
Author: 薛定谔的老猫    时间: 2021-4-15 10:08
这一个实验组裸奔做计算的，我简直太有发言权了。该死的实验组的老师，招进学生来就让做计算，自己啥球不懂。幸得参加了社长的培训，但是RZ实验组的老师，连算个吸附能是负的都不知道咋回事，简直吐血。



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