计算化学公社

标题: 求助：利用MD计算局部扩散系数 [打印本页]

作者
Author: 山下人来风 时间: 2021-3-10 21:57
标题: 求助：利用MD计算局部扩散系数
各位老师好，在文献里看到有关于计算局部扩散系数的，研究了它给出的公式之后觉得跟侧向扩散系数很像，但是公式里面并没有涉及z轴坐标（t应该是时间），想求教老师们具体应该怎么算？
谢谢各位！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-11 02:16
需要自己写程序。把Z方向分成一个个等间距的格子，对每个格子里的粒子统计一定周期内的X，Y方向的扩散系数

作者
Author: 山下人来风 时间: 2021-3-11 09:39

sobereva 发表于 2021-3-11 02:16
需要自己写程序。把Z方向分成一个个等间距的格子，对每个格子里的粒子统计一定周期内的X，Y方向的扩散系数

谢谢老师！请问有相关的写程序的教程吗？或者我应该怎么去学写程序呀，希望老师能提点一下orz

作者
Author: bobosiji 时间: 2021-3-11 09:40

sobereva 发表于 2021-3-11 02:16
需要自己写程序。把Z方向分成一个个等间距的格子，对每个格子里的粒子统计一定周期内的X，Y方向的扩散系数

粒子在格子之间跑来跑去，每个格子逗留时间都很短的话，如之奈何？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-11 09:59

bobosiji 发表于 2021-3-11 09:40
粒子在格子之间跑来跑去，每个格子逗留时间都很短的话，如之奈何？

文中用20ps作为每次统计的时间，也不至于20ps就能窜到老远以外的格子去，还是有一定意义、能反映一些“局部性”的

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-11 10:01

山下人来风发表于 2021-3-11 09:39
谢谢老师！请问有相关的写程序的教程吗？或者我应该怎么去学写程序呀，希望老师能提点一下orz

自己写VMD tcl脚本相对来说是最容易实现的，VMD user guide里有简单的脚本编写例子
北京科音分子动力学与GROMACS培训班里深入系统详细讲VMD tcl分析脚本编写

作者
Author: lyj714 时间: 2021-3-11 10:05
本帖最后由 lyj714 于 2021-3-11 10:06 编辑

局部扩散或者叫位置依赖的扩散系数是有专门的一些方法解决的，楼上的那种只是一种近似，一般不会用这种。我推荐用MFPT的方法，相关文章有https://doi.org/10.1039/D0SM00541J

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-3-11 12:16
要看是平行xy面的还是垂直于xy面的。平行的按楼上的来挺好的，或者在z方向加个restraint再算xy面上的扩散也行，这些年也好多人在用的。垂直的你看这篇：https://pubs.rsc.org/en/content/ ... 01542b#!divAbstract

作者
Author: wgg1181543722 时间: 2022-4-28 23:45
你好，请问一下，局部的扩散系数问题解决了吗

作者
Author: 一条君 时间: 2022-5-31 15:53
本帖最后由一条君于 2022-5-31 21:32 编辑

lyj714 发表于 2021-3-11 10:05
局部扩散或者叫位置依赖的扩散系数是有专门的一些方法解决的，楼上的那种只是一种近似，一般不会用这种。我 ...

你好，看了文章，有很多公式，不知道他是怎么实现的，要自己编程还是？可以指导一下吗，谢谢
（感觉我的提问也能用这个解决http://bbs.keinsci.com/thread-30044-1-1.html）

作者
Author: ggdh 时间: 2022-8-24 20:35
本帖最后由 ggdh 于 2022-8-24 20:48 编辑

我的思路是跟踪每一个分子
设定一个局部的范围，这里包括空间范围和时间范围
如果该分子在这个”局部”的范围内，比如在距离某个中心或者某个基团的5A范围内，呆了10ps，就把这段轨迹纳入统计
这样最后能得到每个分子在该“局部”的MSD和自扩散系数
最后对这些数据做平均就可以了

作者
Author: 一条君 时间: 2022-9-1 20:43

ggdh 发表于 2022-8-24 20:35
我的思路是跟踪每一个分子
设定一个局部的范围，这里包括空间范围和时间范围
如果该分子在这个”局部”的 ...

感觉很难做到统计意义，容易片面
如果没有编程，一个个选极费时间，可能就会选的有限；如果单选一个分子，整个轨迹时间也包含至少几百个10ps。
如果未来有好的方法，还请不吝指教，谢谢

作者
Author: ggdh 时间: 2022-9-6 22:01

一条君发表于 2022-9-1 20:43
感觉很难做到统计意义，容易片面
如果没有编程，一个个选极费时间，可能就会选的有限；如果单选一个分子 ...

目前已用mdanalysis编程实现了
主要的问题是
比较耗时，但是算法上应该有很大优化的空间
其次就是感觉样本量容易不够
进入特定区域的离子数量可能很少。

作者
Author: abing 时间: 2024-7-13 14:40

ggdh 发表于 2022-9-6 22:01
目前已用mdanalysis编程实现了
主要的问题是
比较耗时，但是算法上应该有很大优化的空间

老师，可以跟您求教一下您编程的代码嘛

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