请问MD怎么计算局部扩散系数

一条君

在生物或凝胶体系里，会根据到不同官能团的距离分为亲水区，疏水区，体相bulk区，（距离由径向分布第一个波谷确定），进而求不同区域水的扩散系数。1）请问这是如何实现的？

（2）如果按一帧内亲疏水区选定的水分子分组，个人感觉是不对的，但是gmx，msd，速度自相关等方法好像没有提供动态选区-sel的选项）

（3）除了自己编程还有什么方法吗，有能直接引用的软件，方法，或参考文献借鉴吗

xiangmohuafeng

我最近想计算一个氨基酸周围的水分子扩散系数，请问您有解决办法了么？

一条君

xiangmohuafeng 发表于 2023-2-9 17:43
我最近想计算一个氨基酸周围的水分子扩散系数，请问您有解决办法了么？

http://bbs.keinsci.com/thread-21975-1-1.html#pid149238可以看一下，我其实还是不太会，记得还有个帖子有一个粗略的办法（感觉不适合文章发表），你可以在论坛里找找

get-it

第二篇文献(MFPT)的作者去年又发了一篇PRE:https://link.aps.org/doi/10.1103/PhysRevE.106.014103
他们改进了公式，实现起来更容易。
他们组的硕士论文提到了计算MFPT的代码：https://iris.sissa.it/handle/20.500.11767/130791。但是我写邮件要代码却没有回复，你可以试试。