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标题: 请教各位老师一个问题！关于模拟轨迹中的盐桥分析！ [打印本页]

作者
Author: chenxianzhao 时间: 2021-4-6 18:46
标题: 请教各位老师一个问题！关于模拟轨迹中的盐桥分析！
用gromacs跑出来的复合体蛋白的轨迹，想要分析其中指定的两对氨基酸在所有帧中共有多少帧结构形成了盐桥接触？
我看一些文献描述盐桥是氢键的一种特殊形式，说两个带相反电荷残基的侧链带电基团的距离小于4A就定义为其形成了盐桥接触？那这两部分带电基团究竟具体指到哪一部分？就是侧链那两个氧原子或氮原子？还是整个侧链基团？

比如现在用gromacs的distance工具和vmd工具计算两部分的距离，该精确到计算哪两部分之间的距离呢？看了好几篇文献得不到有用的解释，有没有老师同学能解释一下和提供参考文献，万分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-7 00:35
我已经明确回复过了
http://bbs.keinsci.com/thread-828-2-1.html

根据VMD盐桥工具给出的各个识别出来的盐桥距离随时间的变化，自己统计有多少帧在判据内就完了

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