计算化学公社

标题: Molclus 1.9.9.4发布，扩充了isostat的功能 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-15 15:57
标题: Molclus 1.9.9.4发布，扩充了isostat的功能
免费灵活易用的团簇构型搜索与分子构象搜索程序molclus今日发布了1.9.9.4版，现已可以在Molclus官网下载：http://www.keinsci.com/research/molclus.html

此版本改进了isostat组件，可以通过命令行运行并结合各种参数，更为强大也更便于嵌入到脚本里。比如执行isostat Rize.xyz -Nout 8 -Eout 2.4 -Edis 0.5 -Gdis 0.2 -T 350 -nt 32命令，代表将Rize.xyz 作为输入文件，往cluster.xyz里导出的簇是能量最低的8个且相对能量还必须在2.4 kcal/mol以内。使用0.5 kcal/mol和0.2埃分别作为归簇的能量和几何偏差判据。计算Boltzmann分布使用350K。使用32个线程并行计算。凡是通过命令行指定的参数就不需要在交互式界面里再输入。忘记这些选项怎么写的话可以随时运行isostat -h查看。

作者
Author: lilf 时间: 2021-4-16 17:20
isostat 软件变得非常强大了

。请问sob老师，xyz2QC与mol2_xyz是否也可以做成命令行模式呢，这样就会更加容易的写入脚本当中。

作者
Author: granvia 时间: 2021-4-16 17:50
结构搜索的瓶颈仍是QC计算，搜索程序本身有必要并行执行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-17 07:00

lilf 发表于 2021-4-16 17:20
isostat 软件变得非常强大了。请问sob老师，xyz2QC与mol2_xyz是否也可以做成命令行模式呢，这样就 ...

我觉得没必要
重定向来运行很简单，诸如

xyz2QC << EOF
命令1
命令2
...
EOF

就完事了。本身这俩程序也不涉及什么参数
而且还可以通过echo来只需要一行命令就能执行，参考Multiwfn手册5.2节关于silent方式运行交互式程序的说明。

作者
Author: aimoly 时间: 2021-5-4 10:56
大家好，我先是通过xyz2QC生成了单个gaussian input文件，然后传输到服务器上运算，运算完之后，又将输出文件导入了我自己电脑中，那么有没有办法将这些输出文件存入isomers.xyz中呢？这样再利用isotat 进行排序，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-4 12:09

aimoly 发表于 2021-5-4 10:56
大家好，我先是通过xyz2QC生成了单个gaussian input文件，然后传输到服务器上运算，运算完之后，又将输出文 ...

这是我一直没空填坑的QC2xyz的功能

直接在服务器上运行molclus就完了。还有人专门写过《分享Molclus配套的PBS作业提交脚本》http://bbs.keinsci.com/thread-15598-1-1.html

作者
Author: aimoly 时间: 2021-5-4 16:27

sobereva 发表于 2021-5-4 12:09
这是我一直没空填坑的QC2xyz的功能

直接在服务器上运行molclus就完了。还有人专门写过《分享Molclus配 ...

谢谢卢老师的回复，我用的不是PBS作业提交系统，自己又不会写语言，想出来这个笨方法，我再学习下。谢谢~

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-5-8 03:42
想问一下，isostat支持团簇模型的聚类么？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-8 05:02

wuzhiyi 发表于 2021-5-8 03:42
想问一下，isostat支持团簇模型的聚类么？

不支持

作者
Author: Yaqi 时间: 2021-5-20 11:09
谢谢卢老师。

请教您一个问题：
“往cluster.xyz里导出的簇是能量最低的8个且相对能量还必须在2.4 kcal/mol以内。”
这里是不是可以理解成输出“能量最低的前8个簇当中相对能量在2.4 kcal/mol以内”的簇结构。

如果：
-Nout 写一个较大的数值，比如搜索总数为100，那么“-Nout 100 -Eout 2.4”就相当于导出“相对能量在2.4 kcal/mol以内”的簇结构。

这样理解正确吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-20 16:54

Yaqi 发表于 2021-5-20 11:09
谢谢卢老师。

请教您一个问题：

是

此时没必要刻意写-Nout 100，默认就是导出全部数目的

作者
Author: Yaqi 时间: 2021-5-20 17:33

sobereva 发表于 2021-5-20 16:54
是

此时没必要刻意写-Nout 100，默认就是导出全部数目的

明白了，谢谢卢老师指点。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)