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[Molclus] 分享Molclus配套的PBS作业提交脚本

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发表于 Post on 2019-11-29 11:31:20 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 冰释之川 于 2022-9-16 09:11 编辑

Molclus官网传送门:http://www.keinsci.com/research/molclus.html

=================   Last Updated on 2022.09.09  ==================
2022-June-08:Molclus 更新至 1.9.9.9,更新内容:
• 2022-Sep-9 Molclus判断traj.xyz中要忽略的结构时支持了对原子间距离更精细的控制。在settings.ini里若将distmax设为0,molclus启动后就会从当前目录下的distrange.txt里读取设置,其中每一行的格式为:原子组1序号 原子组2序号 最近距离 最远距离,距离单位为埃。例如,若此文件内容为1,3-5 2,8 2.5 10.2,就代表1,3,4,5和2,8这两批原子间最小距离必须大于2.5埃,最大距离不能超过10.2埃,如果traj.xyz里某结构违背了这个条件,则这个结构就会被跳过而不计算。distrange.txt里可以设多行,同时满足所有条件的结构才被计算。

• 2022-May-28 修正了一个bug:isostat用-Edis设置判断重复结构的能量阈值时单位转换有问题

• 2022-Jun-8 修正了genmer的$distcons设置存在的bug

• 2022-Jun-14 使molclus完全兼容了Windows版xtb
• 2022-Jun-24 修正了molclus调用xtb时settings.ini里freeze设置不生效的bug


分子构象/团簇构型搜索"洗剪吹一条龙"PBS作业提交脚本包(已囊括最新版Molclus程序本体)
Scripts_Molclus_1.9.9.9_Linux.zip (2.75 MB, 下载次数 Times of downloads: 477)

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发表于 Post on 2019-11-29 12:22:56 | 显示全部楼层 Show all
本文已加入molclus主页和molclus介绍帖子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人,讨论范畴相同
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-5 13:07:48 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 冰释之川 于 2020-5-31 20:26 编辑

2020.2.5
Molclus 1.9.2  更新,因此本帖的PBS脚本也同步更新:
1. molclus以及isostat程序对应的参数文件*.ini统一放在ini文件夹下;
2. 所有的输出文件全部放在results文件夹下;
3. 所有的template模板文件全部放在templates文件夹下;
4. 增加molclus_g16orca.pbs提交脚本,以配合molclus 1.9.2新增的“自动将新的单点能与自由能热校正量相加作为最终能量输出”,这里我选用Gaussian优化结构+ORCA计算单点能这一方案。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-11 19:04:46 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 冰释之川 于 2020-2-11 19:55 编辑

2020.2.11
1. 新增molclus_crest.pbs作业提交脚本:
其中 :
  1. crest traj.xyz -mdopt traj.xyz -gfn 1 -opt normal -niceprint | tee ./results/info_crest.txt       # Select GFN-xTB level
复制代码
这一行酌情修改计算级别和其它参数。
所有输出文件放在 results文件夹下。
在运行本脚本前,先把crest文件放置在与xtb同一目录下


2.新增md_xtb.pbs作业提交脚本,利用xtb跑MD,从而产生初始结构供molclus/crest进一步使用。


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发表于 Post on 2020-3-20 15:20:54 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 flybird52888 于 2020-3-20 16:17 编辑

谢谢分享!请问有没有molclus_xtb.sh的脚本啊?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-20 18:54:48 | 显示全部楼层 Show all
flybird52888 发表于 2020-3-20 15:20
谢谢分享!请问有没有molclus_xtb.sh的脚本啊?

什么意思? 文件包里有molclus_xtb.pbs和配套的folder_qsub_xtb.sh
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发表于 Post on 2020-3-23 10:02:52 | 显示全部楼层 Show all
冰释之川 发表于 2020-3-20 18:54
什么意思? 文件包里有molclus_xtb.pbs和配套的folder_qsub_xtb.sh

我的意思是直接一个molclus_xtb.sh脚本,然后直接提交这个任务就行了;还是说文件包里的molclus_xtb.pbs和配套的folder_qsub_xtb.sh必须同时使用?现在超算里面不是不能直接提交pbs脚本吗?必须是.sh的脚本吗?因为我试图在超算里面用molclus调用xtb, 但是不成功,我又不想装一个虚拟机

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-24 17:10:15 | 显示全部楼层 Show all
flybird52888 发表于 2020-3-23 10:02
我的意思是直接一个molclus_xtb.sh脚本,然后直接提交这个任务就行了;还是说文件包里的molclus_xtb.pbs ...

可以不用folder_qsub_xtb.sh脚本,因为这个脚本是用来批量提交molclus_xtb.pbs的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-12 09:19:49 | 显示全部楼层 Show all
2020-Apr-21:Molclus 更新至1.9.4,更新内容:
修正了itask=3且没有提供单点任务模板文件时给出的能量有误的bug。

本帖脚本也同步更新。

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发表于 Post on 2020-5-23 14:06:52 | 显示全部楼层 Show all
冰冰姐,我想请教一下。
现在用的是slurm的作业系统,里面要用#SBATCH -N指定节点数,-n指定进程数,-c指定每个进程用的核数
比如我单节点计算,这个节点64核的没有HT。那是不是用molclus调用xtb的时候应该-n 1 -c 64,而直接提交crest作业的时候应该-n 64 -c 1,让它可以同时启动64个进程?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-23 16:48:56 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 冰释之川 于 2020-5-23 16:51 编辑
snljty 发表于 2020-5-23 14:06
冰冰姐,我想请教一下。
现在用的是slurm的作业系统,里面要用#SBATCH -N指定节点数,-n指定进程数,-c指 ...

xtb支持超线程,不像ORCA,只认物理核
你说的似乎没问题,可以试试看,因为我这边都是PBS作业系统(指定核数即可),没用过Slurm
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发表于 Post on 2020-5-23 17:04:08 | 显示全部楼层 Show all
冰释之川 发表于 2020-5-23 16:48
xtb支持超线程,不像ORCA,只认物理核
你说的似乎没问题,可以试试看,因为我这边都是PBS作业系统 ...

谢谢您!

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发表于 Post on 2020-11-13 09:26:20 | 显示全部楼层 Show all
谢谢分享,但是作为一个小白,看的一头雾水。作者或其他大佬能稍微详细得介绍下怎么操作吗?我把这个文件包通过SSH secure file transfer 转移到服务器上,接着怎么运行genmer? 之后又怎么运行molclus?不好意思,真的是我太小白了。大概给我指个方向(相关资料)?谢谢~

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发表于 Post on 2020-11-13 10:39:44 | 显示全部楼层 Show all
aimoly 发表于 2020-11-13 09:26
谢谢分享,但是作为一个小白,看的一头雾水。作者或其他大佬能稍微详细得介绍下怎么操作吗?我把这个文件包 ...

你有linux命令行操作基础吗?
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-13 10:43:12 | 显示全部楼层 Show all
aimoly 发表于 2020-11-13 09:26
谢谢分享,但是作为一个小白,看的一头雾水。作者或其他大佬能稍微详细得介绍下怎么操作吗?我把这个文件包 ...

首先你得确定你们服务器用的是不是PBS作业管理系统
如果是就把包含结构信息的输入文件(*.xyz)放置于genmer目录下并修改genmer.ini文件, 此外修改molclus_xtb.pbs作业提交脚本里的
  1. #configuration_gen                      # generate initial configurations by genmer
复制代码
将之改为
  1. configuration_gen                      # generate initial configurations by genmer
复制代码


同时修改molclus_xtb.pbs里队列名、所用核数。
最后利用qsub molclus_xtb.pbs 提交脚本,对你对输入结构进行初始构型产生以及让molclus软件调用xtb软件进行优化和初筛。

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