分享Molclus配套的PBS作业提交脚本

冰释之川

Molclus官网传送门：http://www.keinsci.com/research/molclus.html

=================   Last Updated on 2022.09.09  ==================
2022-June-08：Molclus 更新至 1.9.9.9，更新内容：
• 2022-Sep-9 Molclus判断traj.xyz中要忽略的结构时支持了对原子间距离更精细的控制。在settings.ini里若将distmax设为0，molclus启动后就会从当前目录下的distrange.txt里读取设置，其中每一行的格式为：原子组1序号 原子组2序号 最近距离 最远距离，距离单位为埃。例如，若此文件内容为1,3-5 2,8 2.5 10.2，就代表1,3,4,5和2,8这两批原子间最小距离必须大于2.5埃，最大距离不能超过10.2埃，如果traj.xyz里某结构违背了这个条件，则这个结构就会被跳过而不计算。distrange.txt里可以设多行，同时满足所有条件的结构才被计算。

• 2022-May-28 修正了一个bug：isostat用-Edis设置判断重复结构的能量阈值时单位转换有问题

• 2022-Jun-8 修正了genmer的$distcons设置存在的bug

• 2022-Jun-14 使molclus完全兼容了Windows版xtb
• 2022-Jun-24 修正了molclus调用xtb时settings.ini里freeze设置不生效的bug

分子构象/团簇构型搜索"洗剪吹一条龙"PBS作业提交脚本包(已囊括最新版Molclus程序本体)
Scripts_Molclus_1.9.9.9_Linux.zip (2.75 MB, 下载次数 Times of downloads: 477)

2022-9-16 09:09 上传 Uploaded

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Click to download (对应molclus最新版，删除了isostat的*.ini配置文件，将isostat涉及到的参数直接利用命令行形式传递给isostat本体，届时只需调节*.pbs脚本里./isostat这一行中的控制参数即可)

Scripts_Molclus_1.9.9.3_Linux.7z (1.02 MB, 下载次数 Times of downloads: 462)

2021-2-11 10:10 上传 Uploaded

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Click to download (对应molclus 1.9.9.3版，已经过时了，不建议下载使用)

Molclus Update History
2022-Mar-3：Molclus 更新至 1.9.9.8，更新内容：

• genmer组件的genmer.ini里的ishuffle选项现在可以设负值。如果设-N，则前N类分子插入的时候还是按顺序插入，而其余的分子则随机顺序插入。这对于构建很多体系很有用，比如构建某个溶质分子被两类分子混合构成的溶剂层包围，可以在genmer.ini里把溶质设为第一类分子，而第2、3类分子设成两种溶剂分子，并把ishuffle设为-1，这样构造出的体系中溶质分子肯定出现在中心。

2021-Nov-23：Molclus 更新至 1.9.9.7，更新内容：

• Molclus的settings.ini里现可以把energyterm参数设为"TD="，此时如果Gaussian模板文件对应的是TDDFT计算，Multiwfn会从Gaussian输出文件里读取TDDFT算的root指定的态的激发态能量。由此可以实现用molclus做激发态构象搜索或者激基复合物构型搜索。

2021-Sep-04：Molclus 更新至 1.9.9.6，2021-Sep-29最后更新，更新内容：

• molclus的setting.ini设置文件里现在可以设置热力学量计算程序Shermo（http://sobereva.com/soft/shermo/）的路径和运行参数，当molclus调用Gaussian或ORCA做freq或opt freq任务后会自动调用Shermo来算热力学量，比Gaussian和ORCA自身算热力学数据的代码更灵活、强大、可靠。见《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》（http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html）里加入的说明。
• genmer组件的genmer.ini设置文件里现在可以在末尾加入一行$distcons，然后下面通过一行或多行，指定一对或多对元素间必须满足的距离范围（没设的话就不做限制），指定特定元素间必须满足的距离范围（没设的话就不做限制），例如写H Mg 2.0就代表氢和镁之间距离不能小于2.0埃，Pt Pt 1.8 3.2代表铂之间距离必须在1.8~3.2埃。违背约束条件的构型会被视为失败而不输出。genmer.ini末尾还可以加入一行$modrad，然后在下面通过一行或多行，对一个或多个元素半径进行修改，比如Pt 3.5就把半径改为了3.5埃。详见《genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具》（http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html）里面新加入的说明和例子。
• genmer组件启动时如果发现当前目录下没有genmer.ini，将会提示用户手动输入配置文件路径，因此不是非得叫genmer.ini且放在当前目录不可了。molclus启动时如果发现当前目录下没有traj.xyz和settings.ini，也会直接让用户手动输入它们的路径。

• 修正了一个bug：molclus组件调用OpenBabel时产生的临时xyz文件里元素名都是大写，导致双字符的原子如Cl在OpenBabel用力场计算的时候没法正常指认原子类型。

2021-Aug-28：Molclus 更新至 1.9.9.5，更新内容：

• genmer组件的genmer.ini设置文件里现在可以用xmin、xmax、ymin、ymax用于控制分子出现的X、Y范围，和之前版本里的zmin、zmax用处类似。因此目前可以严格控制指定的分子出现的三维空间范围。

• xyz2QC组件的Gaussian模板文件中现在可以使用[FILENAME]占位，产生输入文件时它将被替换为"前缀 帧号"，因此可以在模板文件里写比如%chk=/sob/[FILENAME].chk从而使得计算完毕后chk文件以恰当的名字留存在/sob目录下。

2021-Apr-15：Molclus 更新至 1.9.9.4，更新内容：

• isostat组件可以通过命令行运行并结合各种参数，更为强大也更便于嵌入到脚本里。比如执行isostat Rize.xyz -Nout 8 -Eout 2.4 -Edis 0.5 -Gdis 0.2 -T 350 -nt 32命令，代表将Rize.xyz 作为输入文件，往cluster.xyz里导出的簇是能量最低的8个且相对能量还必须在2.4 kcal/mol以内。使用0.5 kcal/mol和0.2埃分别作为归簇的能量和几何偏差判据。计算Boltzmann分布使用350K。使用32个线程并行计算。凡是通过命令行指定的参数就不需要在交互式界面里再输入。

2021-Feb-11：Molclus 更新至 1.9.9.3，更新内容：

• genmer的genmer.ini文件中现在允许写noxrot、noyrot、nozrot分别要求单体不能绕X、Y、Z轴随机旋转。也可以同时写两个，比如noxrot noyrot要求单体只能绕Z轴随机旋转。

2020-Dec-28：Molclus 更新至 1.9.9.2，更新内容：

• 解决了某些情况下Gaussian几何优化没收敛时Molclus会卡住的问题。

2020-Dec-10：Molclus 更新至 1.9.9.1，更新内容：

• 当molclus的settings.ini的igaucontinue=1时，如果Gaussian做优化失败后基于template2.gjf继续优化还没成功，这个新版本程序会试图基于当前目录下的template3.gjf继续进行优化，因此用户对于难收敛的情况可以有更多备选方案。

• settings.ini里对ORCA用户新增了ibkhess选项。若=1且任务涉及到振动分析，ORCA产生的.hess文件会被自动备份为 orca[序号].hess文件，便于用户之后重新利用Hessian。

2020-Nov-16：Molclus 更新至1.9.9，更新内容：
• 加入了mol2_xyz组件，主要用于将Frog2构象生成程序产生的多帧mol2文件转换成traj.xyz文件，这种做法的意义见molclus新的教程《将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索》。
• 新特性：当当前目录下出现名为STOP的文件时，molclus对traj.xyz里各个结构的循环将被强行终止（每开始算一个新的结构时探测一次）。因此在当前目录下创建名为STOP的文件是一种优雅的强制结束molclus运行的做法。
• 新特性：如果isomers.xyz是molclus做优化+振动分析或振动分析任务产生的，isostat在处理时会报告哪些构型存在虚频。
• 改进：支持了目前最新版的crest程序输出的crest_ensemble.xyz

2020-Oct-18：Molclus 更新至1.9.8，更新内容：
• 显著加快了isostat排序时候的速度，对于帧数非常多的情况甚至比老版本快一个数量级。
• 当molclus的settings.ini中iappend=1（续写模式）时，程序启动时不会自动将当前目录下.out、.chk、orca开头的文件删掉（因为这些可能是之前用ibkout、ibkchk等选项保留下来的有意义的文件）。
• 让ibkout、ibkchk等选项保留出来的文件的文件名中的序号与traj.xyz里帧号保持了一致（以前版本总是从1开始计）。这使得利用iappend=1时可以跑多次molclus将traj.xyz里的所有帧分别算完，确保每次备份出来的文件序号不会彼此覆盖

2020-Oct-14：Molclus 更新至1.9.7，更新内容：
• molclus的settings.ini里新增加了iappend选项。如果设为1，新产生的结构会累加到当前目录下之前的isomers.xyz文件（如果有的话）末尾。如果为0，则原先的isomers.xyz会被新的数据覆盖。
• gentor的gentor.ini中若在旋转设置后面空一行写上reportfail=1，则会将未通过检查的构象的失败原因显示出来，判断是由于哪些原子间距离太近导致未通过检测。默认的critskip参数的阈值从0.8减小为了0.75，避免含有氰基的时候容易出现难以通过检测的情况。
• 如果运行gentor时当前目录下没发现mol.xyz或gentor.ini，会提示用户直接输入这两种文件的路径（文件名随意）

2020-Jul-12：Molclus 更新至1.9.6，更新内容：
解决了itask=3且没有基于单点模板文件自动做高精度单点计算的时候，在isomers.xyz里记录的能量为0的bug（本应记录的是freq任务给出的自由能）

2020-May-31：Molclus 更新至1.9.5，更新内容：
isostat工具支持并行处理。

2020-Apr-21：Molclus 更新至1.9.4，更新内容：
修正了itask=3且没有提供单点任务模板文件时给出的能量有误的bug。

2020-Feb-11：Molclus 更新至1.9.3，更新内容：
isostat支持了处理crest程序的-mdopt任务的输出的xyz文件。利用crest的-mdopt模式调用xtb做批量优化的耗时比molclus调用xtb做批量优化能低一个数量级。
crest可执行程序在xtb的github页面上就能下载到。Molclus调用xtb时是对traj.xyz文件里的结构一个接一个来优化的，xtb在执行时是用OMP_NUM_THREADS环境变量指定的线程数做并行计算。而crest调用xtb来优化时，会同时启动OMP_NUM_THREADS个xtb程序同时对输入的xyz里的结构进行批量优化，每个xtb都只用单线程。crest这种方式调用xtb做批量优化的总耗时明显更低。
具体来说，运行以下命令就可以在GFN0-xTB级别下用normal几何优化收敛限（这是xtb默认的收敛限）对traj.xyz里所有结构进行优化：
/sob/crest -mdopt traj.xyz -gfn0 -opt normal -niceprint
其中/sob/crest是crest可执行文件路径，-niceprint代表计算过程中显示进度条。还可以用-chrg指定体系净电荷数，-uhf指定自旋，-g [溶剂名]指定溶剂模型。

本帖的PBS脚本同步更新（2020.05.31 支持Molclus 1.9.5及之后版本）：
1. 新增molclus_crest.pbs作业提交脚本：
其中 ：

1. crest traj.xyz -mdopt traj.xyz -gfn 1 -opt normal | tee ./results/info_crest.txt       # Select GFN-xTB level

复制代码

这一行酌情修改计算级别和其它参数。
所有输出文件放在 results文件夹下。
温馨提示：在运行本脚本前，先把crest可执行文件放置在与xtb可执行文件的同一目录下
crest-191220.tar.xz (4.64 MB, 下载次数 Times of downloads: 204)

2020-2-11 18:46 上传 Uploaded

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crest.2.12.zip (6.92 MB, 下载次数 Times of downloads: 25)

2022-6-26 17:45 上传 Uploaded

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2.新增md_xtb.pbs作业提交脚本，利用xtb程序跑MD进行结构采样，从而产生一大批初始结构供molclus/crest进一步使用。

2020-Feb-5：Molclus 更新至1.9.2，更新内容：
1. 已支持在振动分析（itask=2）或优化+振动分析（itask=3）之后自动用高精度级别算单点能，从而直接给出较好精度的自由能。具体做法是在当前目录下提供template_SP.gjf（template_SP.inp）文件，设置Gaussian（ORCA）高精度单点计算的关键词，格式同template.gjf（template_SP.inp）。之后，当优化或优化+振动分析任务结束后，程序发现当前目录下有template_SP.gjf（template_SP.inp）时就会用其中的信息构成单点任务文件并调用Gaussian（ORCA）计算，并自动将新的单点能与自由能热校正量相加作为最终能量输出。几个细节：
(a)如果template_SP.gjf和template_SP.inp同时存在，优先考虑template_SP.inp。
(b)opt、opt freq任务用的程序与自动算高精度单点的可以不同，比如iprog=1调用Gaussian时也可以通过提供template_SP.inp来令程序自动调用ORCA算高精度单点。
(c)利用template_SP.gjf基于Gaussian自动算高精度单点时，Gaussian用户还需在settings.ini里对energyterm参数恰当设置，用于指定如何读取这个级别的单点任务输出文件里的能量。
2.为提升灵活性，molclus支持了直接指定设置文件和初始结构文件的路径。例如molclus /RAS/Layer.ini代表将/RAS/Layer.ini作为设置文件。再比如molclus lock.ini /RAS/chu2.xyz代表用当前目录下的lock.ini的设定对/RAS/chu2.xyz里的结构进行计算。

本帖的PBS脚本也同步更新：
1. molclus以及isostat程序对应的参数文件*.ini统一放在ini文件夹下；
2. 所有的输出文件全部放在results文件夹下；
3. 所有的template模板文件全部放在templates文件夹下；
4. 增加molclus_g16orca.pbs提交脚本，以配合molclus 1.9.2新增的“自动将高精度单点能与自由能热校正量相加作为最终能量输出”，这里我选用Gaussian优化结构+ORCA计算单点能这一方案。



---------------------------------------- 我是优雅的分割线（以下内容针对Molclus早期版本，部分描述已经过时，故而仅供参考）-------------------------------------------

最近需要用到molclus对一些分子进行构象搜索，鉴于很多小白不知道如何在集群上跑molclus，故在此分享一下鄙人编写的PBS作业提交脚本，在此感谢钟成大叔对该脚本编写的指导。

1. 本脚本调用的程序和计算级别：
(1) 用gentor产生初始构象
(2) 用molclus结合xtb程序采用GFN1-xTB方法进行初筛
(3) 对上一步归簇后的结构，用molclus结合Gaussian在B3LYP-D3(BJ)/6-31G*级别下对这些构象进行优化和振动分析，取能量最低的20个结构。
(4) 对上一步选出的结构，用ORCA在RIJK-DLPNO-CCSD(T)/def2-QZVPP计算级别下算单点能。

为了能够灵活控制molclus程序在调用xtb，Gaussian和ORCA三个程序时的参数选项，鄙人将整个构象搜索流程分解为xtb, Gaussian, ORCA三个部分，相应的PBS脚本分别名为：molclus_xtb.pbs，molclus_g16.pbs和molclus_orca.pbs，然后按次序执行提交任务。

2. 文件说明：
打开molclus_PBS软件包会发现，相比原始的molclus程序，多了settings1.ini，settings2.ini和settings3.ini，以及isostat_xtb.ini，isostat_g16.ini和isostat_orca.ini文件，前者settings*.ini文件包含molclus调用xtb，Gaussian和ORCA时所设置的调用参数(具体设置参见《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》中的2.3节)，后者isostat_*.ini则是用来控制isostat归簇程序的，具体来说：
第一行是设置"Input the path of input file, e.g. c:\sob\lovelive\nico.xyz" [If press ENTER directly, isomers.xyz in current folder will be loaded]
第二行是设置"Input the energy threshold for distinguishing different clusters e.g. 0.5  (in kcal/mol)" [If press ENTER directly, 0.25 kcal/mol will be used]
第三行是设置"Input the geometry threshold for distinguishing different clusters e.g. 0.25  (in Angstrom)" [ If press ENTER directly, 0.1 Angstrom will be used]
在这里，isostat_*.ini中前三行都空着(直接回车)，代表使用默认参数，而在isostat_orca.ini的第四行，我设置了298，则是让isostat程序输出该温度下的玻尔兹曼分布(利用orca计算的高精度电子能量近似为自由能)。

3. PBS脚本解析：
(1) molclus_xtb.pbs  (脚本代码已过时，以最新版代码为准)

1. #!/bin/bash
   
2. #PBS -N molclus_xtb
   
3. #PBS -l nodes=1:ppn=32
   
4. #PBS -l walltime=1440:00:00
   
5. #PBS -q gentai
   
6. #PBS -o jobID.$PBS_JOBID
   
7. 
   
8. export OMP_NUM_THREADS=32     # CPU cores for xtb
   
9. export MKL_NUM_THREADS=32     # CPU cores for xtb
   
10. export OMP_STACKSIZE=3000m    # memory for xtb
    
11. 
    
12. cd $PBS_O_WORKDIR
    
13. touch jobID.$PBS_JOBID
    
14. chmod +x ./molclus
    
15. chmod +x ./isostat
    
16. chmod +x ./gentor/gentor
    
17. chmod +x ./genmer/genmer
    
18. 
    
19. cd gentor
    
20. echo "\n" | ./gentor                                              # generate initial input geometries
    
21. wait
    
22. mv traj.xyz ../
    
23. cd ..
    
24. mv settings1.ini settings.ini
    
25. ./molclus | tee info_xtb.txt                                         # start molclus with xtb
    
26. wait
    
27. mv settings.ini settings1.ini
    
28. ./isostat > summary_xtb.txt < isostat_xtb.ini         # Analyze and classify the optimized geometries into the clusters
    
29. wait
    
30. rm traj.xyz
    
31. mv cluster.xyz cluster_xtb.xyz

复制代码

这里需要用户设置xtb程序所使用的CPU并行核数以及每个核所使用的内存，该脚本囊括gentor批量生成初始结构traj.xyz以及使用xtb进行优化初筛两部分，计算结果文件info_xtb.txt，summary_xtb.txt和cluster_xtb.xyz，分别对应molclus主程序、isostat归簇程序的输出信息以及xtb下归簇后的结构文件。

(2) molclus_g16.pbs  (脚本代码已过时，以最新版代码为准)

1. #!/bin/bash
   
2. #PBS -N molclus_G16
   
3. #PBS -l nodes=1:ppn=32
   
4. #PBS -l walltime=1440:00:00
   
5. #PBS -q gentai
   
6. #PBS -o jobID.$PBS_JOBID
   
7. 
   
8. cd $PBS_O_WORKDIR
   
9. touch jobID.$PBS_JOBID
   
10. chmod +x ./molclus
    
11. chmod +x ./isostat
    
12. chmod +x ./gentor/gentor
    
13. chmod +x ./genmer/genmer
    
14. 
    
15. 
    
16. cp cluster_xtb.xyz traj.xyz               # use the cluster file generated by xtb
    
17. 
    
18. mv settings2.ini settings.ini                 # the "ngeom= 10" in the settings2&3.ini files is set!
    
19. ./molclus | tee info_g16.txt                                         # start molclus with G16
    
20. wait
    
21. mv settings.ini settings2.ini
    
22. ./isostat > summary_g16.txt < isostat_g16.ini  # Analyze and classify the optimized geometries into the clusters
    
23. wait
    
24. rm traj.xyz
    
25. mv cluster.xyz cluster_g16.xyz
    

复制代码

注意：在运行这个脚本之前，请先设置settings2.ini文件中"ngeom="参数，让molclus知道调在用Gaussian时，从上一步cluster_xtb.xyz结果文件中抽取计算多少个结构(我这边默认是15个结构，可以自行酌情更改)。

(3) molclus_orca.pbs (脚本代码已过时，以最新版代码为准)

1. #!/bin/bash
   
2. #PBS -N molclus_ORCA
   
3. #PBS -l nodes=1:ppn=32
   
4. #PBS -l walltime=1440:00:00
   
5. #PBS -q gentai
   
6. #PBS -o jobID.$PBS_JOBID
   
7. 
   
8. cd $PBS_O_WORKDIR
   
9. touch jobID.$PBS_JOBID
   
10. chmod +x ./molclus
    
11. chmod +x ./isostat
    
12. chmod +x ./gentor/gentor
    
13. chmod +x ./genmer/genmer
    
14. 
    
15. 
    
16. cp cluster_g16.xyz traj.xyz               # use the cluster file generated by G16
    
17. 
    
18. mv settings3.ini settings.ini                 # the "ngeom= 10" in the settings2&3.ini files is set!
    
19. ./molclus | tee info_orca.txt                                        # start molclus with ORCA
    
20. wait
    
21. mv settings.ini settings3.ini
    
22. ./isostat > summary_orca.txt < isostat_orca.ini  # Analyze and classify the optimized geometries into the clusters
    
23. wait
    
24. rm traj.xyz
    
25. mv cluster.xyz cluster_orca.xyz

复制代码

注意：在运行这个脚本之前，请先设置settings3.ini文件中"ngeom="参数，让molclus知道调在用ORCA时，从上一步cluster_g16.xyz结果文件中抽取计算多少个结构。

sobereva

本文已加入molclus主页和molclus介绍帖子

冰释之川

2020.2.5
Molclus 1.9.2  更新，因此本帖的PBS脚本也同步更新：
1. molclus以及isostat程序对应的参数文件*.ini统一放在ini文件夹下；
2. 所有的输出文件全部放在results文件夹下；
3. 所有的template模板文件全部放在templates文件夹下；
4. 增加molclus_g16orca.pbs提交脚本，以配合molclus 1.9.2新增的“自动将新的单点能与自由能热校正量相加作为最终能量输出”，这里我选用Gaussian优化结构+ORCA计算单点能这一方案。

冰释之川

2020.2.11
1. 新增molclus_crest.pbs作业提交脚本：
其中 ：

1. crest traj.xyz -mdopt traj.xyz -gfn 1 -opt normal -niceprint | tee ./results/info_crest.txt       # Select GFN-xTB level

复制代码

这一行酌情修改计算级别和其它参数。
所有输出文件放在 results文件夹下。
在运行本脚本前，先把crest文件放置在与xtb同一目录下


2.新增md_xtb.pbs作业提交脚本，利用xtb跑MD，从而产生初始结构供molclus/crest进一步使用。

flybird52888

谢谢分享！请问有没有molclus_xtb.sh的脚本啊?

冰释之川

flybird52888 发表于 2020-3-20 15:20
谢谢分享！请问有没有molclus_xtb.sh的脚本啊?

什么意思？ 文件包里有molclus_xtb.pbs和配套的folder_qsub_xtb.sh

flybird52888

冰释之川 发表于 2020-3-20 18:54
什么意思？ 文件包里有molclus_xtb.pbs和配套的folder_qsub_xtb.sh

我的意思是直接一个molclus_xtb.sh脚本，然后直接提交这个任务就行了；还是说文件包里的molclus_xtb.pbs和配套的folder_qsub_xtb.sh必须同时使用？现在超算里面不是不能直接提交pbs脚本吗？必须是.sh的脚本吗?因为我试图在超算里面用molclus调用xtb， 但是不成功，我又不想装一个虚拟机

冰释之川

flybird52888 发表于 2020-3-23 10:02
我的意思是直接一个molclus_xtb.sh脚本，然后直接提交这个任务就行了；还是说文件包里的molclus_xtb.pbs ...

可以不用folder_qsub_xtb.sh脚本，因为这个脚本是用来批量提交molclus_xtb.pbs的

冰释之川

2020-Apr-21：Molclus 更新至1.9.4，更新内容：
修正了itask=3且没有提供单点任务模板文件时给出的能量有误的bug。

本帖脚本也同步更新。

snljty

冰冰姐，我想请教一下。
现在用的是slurm的作业系统，里面要用#SBATCH -N指定节点数，-n指定进程数，-c指定每个进程用的核数
比如我单节点计算，这个节点64核的没有HT。那是不是用molclus调用xtb的时候应该-n 1 -c 64，而直接提交crest作业的时候应该-n 64 -c 1，让它可以同时启动64个进程？谢谢！

冰释之川

snljty 发表于 2020-5-23 14:06
冰冰姐，我想请教一下。
现在用的是slurm的作业系统，里面要用#SBATCH -N指定节点数，-n指定进程数，-c指 ...

xtb支持超线程，不像ORCA，只认物理核
你说的似乎没问题，可以试试看，因为我这边都是PBS作业系统（指定核数即可），没用过Slurm

snljty

冰释之川 发表于 2020-5-23 16:48
xtb支持超线程，不像ORCA，只认物理核
你说的似乎没问题，可以试试看，因为我这边都是PBS作业系统 ...

谢谢您！

aimoly

谢谢分享，但是作为一个小白，看的一头雾水。作者或其他大佬能稍微详细得介绍下怎么操作吗？我把这个文件包通过SSH secure file transfer 转移到服务器上，接着怎么运行genmer? 之后又怎么运行molclus？不好意思，真的是我太小白了。大概给我指个方向（相关资料）？谢谢~

wzkchem5

aimoly 发表于 2020-11-13 09:26
谢谢分享，但是作为一个小白，看的一头雾水。作者或其他大佬能稍微详细得介绍下怎么操作吗？我把这个文件包 ...

你有linux命令行操作基础吗？

冰释之川

aimoly 发表于 2020-11-13 09:26
谢谢分享，但是作为一个小白，看的一头雾水。作者或其他大佬能稍微详细得介绍下怎么操作吗？我把这个文件包 ...

首先你得确定你们服务器用的是不是PBS作业管理系统
如果是就把包含结构信息的输入文件(*.xyz)放置于genmer目录下并修改genmer.ini文件, 此外修改molclus_xtb.pbs作业提交脚本里的

1. #configuration_gen                      # generate initial configurations by genmer

复制代码

将之改为

1. configuration_gen                      # generate initial configurations by genmer

复制代码

同时修改molclus_xtb.pbs里队列名、所用核数。
最后利用qsub molclus_xtb.pbs 提交脚本，对你对输入结构进行初始构型产生以及让molclus软件调用xtb软件进行优化和初筛。