计算化学公社

标题: 【已解决】想通过Multiwfn实现当前及下属目录批量转fchk到inp报错 [打印本页]

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作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-5-1 09:35
标题: 【已解决】想通过Multiwfn实现当前及下属目录批量转fchk到inp报错


老师们好，我之前通过修改sob老师的chk2gbw.sh文件实现了fchk2gbw形成inp文件的功能，现在想把该功能推广到当前及下属目录，想在外面嵌套一个遍历目录的循环语句，但是发现简单复制一个sob老师给的提交高斯输入文件的循环不成报错（报错里这些文件夹都是存在的，下属也有fchk文件），没有理解应当如何去修改，先感谢老师们的帮助了

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作者
Author: lyj714    时间: 2021-5-1 10:11
肯定不能够连续cd啊，你每次cd后当前工作路径就已经变了。全部都用绝对路径

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Author: hdhxx123    时间: 2021-5-1 10:21

lyj714 发表于 2021-5-1 10:11
肯定不能够连续cd啊，你每次cd后当前工作路径就已经变了。全部都用绝对路径

不是很理解您的意思，报错不是Multiwfn的报错呀，Sob老师的例子里就是用cd进入目录提交高斯输入文件的，这里是cd进去做个循环再出来，为什么说是连续cd呢。

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作者
Author: lyj714    时间: 2021-5-1 11:11

hdhxx123 发表于 2021-5-1 10:21
不是很理解您的意思，报错不是Multiwfn的报错呀，Sob老师的例子里就是用cd进入目录提交高斯输入文件的， ...

报错就是没有目录，你开始进入了./La这个目录。下一次循环你又cd  ./La/1，这个命令指的是进去当前路径下的La/1，而你的当前可是在La路径下(上一次cd的啊)，显然不正确。全部都cd绝对路径准没错。或者一次循环完成以后都cd返回到脚本所在目录也行，比如最前面得到pwd的路径

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作者
Author: 冰释之川    时间: 2021-5-1 11:59
可以参考我之前分享的脚本中的写法：
《批量转换量子化学软件I/O文件以及提取输出信息的Shell脚本》
http://bbs.keinsci.com/thread-16231-1-1.html

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Author: hdhxx123    时间: 2021-5-1 13:17

lyj714 发表于 2021-5-1 11:11
报错就是没有目录，你开始进入了./La这个目录。下一次循环你又cd  ./La/1，这个命令指的是进去当前路径下 ...

了解您的意思了，谢谢老师，明白了，我是漏看了sob老师脚本里的一句"cd - > /dev/null"，现在这个代码fchk2gbw.sh用您这种方式已经搞定了，同时附上批量运行这些inp的脚本allfolder_runall.sh，大家需要可以自取定制（别偷懒忘记改fchk2gbw.sh来改变关键词以及机子的正确orca和Multiwfn的路径以及allfolder_runall.sh中orca的路径，例：只要在fchk2gbw.sh的最后一个EOF后另起一行加入

1. sed -i 's/grid4 gridx4 tightSCF/grid5 gridx4 FinalGrid6 slowconv tightSCF/g' $inp

复制代码

即可将“grid4 gridx4 tightSCF”改为“grid5 gridx4 FinalGrid6 slowconv tightSCF"）。allfolder_runall.sh中有调用fchk2gbw.sh的语句，将两个脚本放在一起时改好fchk2gbw.sh后可以直接

1. sh allfolder_runall.sh

复制代码

便会自动会将下属所有目录下的fchk文件转化为gbw文件再调用orca进行运算同时输出信息到屏幕）

2021.5.4 补充：fchk2gbw如果有报错的问题，把数字为100那一行前加一空行能解决

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作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-5-1 13:18

冰释之川 发表于 2021-5-1 11:59
可以参考我之前分享的脚本中的写法：
《批量转换量子化学软件I/O文件以及提取输出信息的Shell脚本》
http ...

冰佬的这个脚本太好用了！在各个转换模块后加几个sed输入文件就都能自己定制了，赛高！

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