计算化学公社

标题: 求助。金属cluster几何优化不收敛 [打印本页]
作者
Author: lucl13    时间: 2021-5-5 17:07
标题: 求助。金属cluster几何优化不收敛
本帖最后由 lucl13 于 2021-5-6 09:21 编辑

如题。金属cluster的几何优化在气相中可以顺利完成，以气相优化的结构作为初始结构在scrf=smd下优化就无法收敛。常用的方法都试过了（calcfc甚至calcall， int=ultrafine），感觉没有用，该怎么办。

用的理论方法是PBE0。基组为def2svp。打算在计算单点能时使用def2tzvp
作者
Author: zjxitcc    时间: 2021-5-5 17:32
建议改用IEFPCM做结构优化，而非SMD。至于算大基组的单点，IEFPCM或SMD随你挑。
作者
Author: lucl13    时间: 2021-5-5 17:36
还想请教下，我的理论方法和基组的选用合理吗？是不是优化基组应该再好一点
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-5-5 17:41
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-5-5 17:43 编辑
lucl13 发表于 2021-5-5 17:36
还想请教下，我的理论方法和基组的选用合理吗？是不是优化基组应该再好一点

不知道你是啥金属，可以用高斯中pbe1pbe（即pbe0泛函），基组没啥问题，想再高点用defTZVP（高斯关键词是TZVP）或者更好的def2tzvp。泛函看这篇：
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）
作者
Author: lucl13    时间: 2021-5-5 17:50
hdhxx123 发表于 2021-5-5 17:41
不知道你是啥金属，可以用高斯中pbe1pbe（即pbe0泛函），基组没啥问题，想再高点用defTZVP（高斯关键词是 ...

我用的就是pbe1pbe。打算单点用def2tzvp，优化的时候用的def2svp 是不是太低了
作者
Author: lucl13    时间: 2021-5-5 17:54
hdhxx123 发表于 2021-5-5 17:41
不知道你是啥金属，可以用高斯中pbe1pbe（即pbe0泛函），基组没啥问题，想再高点用defTZVP（高斯关键词是 ...

体系为Au团簇加有机配体
作者
Author: lucl13    时间: 2021-5-5 17:55
zjxitcc 发表于 2021-5-5 17:32
建议改用IEFPCM做结构优化，而非SMD。至于算大基组的单点，IEFPCM或SMD随你挑。

好的。谢谢
作者
Author: sobereva    时间: 2021-5-6 02:26
lucl13 发表于 2021-5-5 17:50
我用的就是pbe1pbe。打算单点用def2tzvp，优化的时候用的def2svp 是不是太低了

发帖时候注意严谨。明明1L你写的是PBE

级别问题不大。不说多少个原子，没法在基组上进行准确的推荐

这种体系优化没必要带溶剂模型
作者
Author: lucl13    时间: 2021-5-6 09:17
本帖最后由 lucl13 于 2021-5-6 13:11 编辑
sobereva 发表于 2021-5-6 02:26
发帖时候注意严谨。明明1L你写的是PBE

级别问题不大。不说多少个原子，没法在基组上进行准确的推荐

下次一定注意。谢谢sob老师。

我的体系是蛋白质和Au配位形成团簇（QM计算中抠出了结合位点区域，包括几个氨基酸残基和Au团簇），在实验中是以溶液的形式存在的。在这种情况下也不需要溶剂模型吗？还是说算单点的时候带溶剂模型就可以了？

关于体系大小的话。总原子数目为100个原子，其中Au原子数目为10个左右。希望sob老师给推荐一下 ☺️
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2021-5-6 11:29
蛋白质和Au配位你是怎么处理的。。。
作者
Author: lucl13    时间: 2021-5-6 15:00
喵星大佬 发表于 2021-5-6 11:29
蛋白质和Au配位你是怎么处理的。。。

初始结构从晶体结构中得到的
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2021-5-6 15:21
lucl13 发表于 2021-5-6 15:00
初始结构从晶体结构中得到的

我的意思是蛋白质你总不能全都放进去优化吧。。。。是扣了个团簇还是怎么处理的
作者
Author: lucl13    时间: 2021-5-6 19:31
喵星大佬 发表于 2021-5-6 15:21
我的意思是蛋白质你总不能全都放进去优化吧。。。。是扣了个团簇还是怎么处理的

对的 就是抠出了团簇和结合氨基酸残基
作者
Author: sobereva    时间: 2021-5-7 03:00
lucl13 发表于 2021-5-6 09:17
下次一定注意。谢谢sob老师。

我的体系是蛋白质和Au配位形成团簇（QM计算中抠出了结合位点区域，包括 ...

PBE0-D3(BJ)。优化时候Au用SDD，其它用6-311G*。单点时候可以都用def2-TZVP。次要区域可以把基组降低一档以节约时间。
作者
Author: lucl13    时间: 2021-5-7 15:47
sobereva 发表于 2021-5-7 03:00
PBE0-D3(BJ)。优化时候Au用SDD，其它用6-311G*。单点时候可以都用def2-TZVP。次要区域可以把基组降低一档 ...

谢谢sob老师



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