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标题: acpype得到的硫酸根和碳酸根离子的OPLS-AA力场的参数不合理求助 [打印本页]

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Author: amani73986 时间: 2021-5-12 10:30
标题: acpype得到的硫酸根和碳酸根离子的OPLS-AA力场的参数不合理求助
使用acpype得到的硫酸根和碳酸根离子的OPLS-AA力场的参数不合理(比如硫酸根O-S-O的键角都是120度)，请问有没有其他方法能够生成合理的力场参数？(类似的讨论 http://bbs.keinsci.com/thread-17149-1-1.html)

[ angles ]
; ai    aj    ak funct theta       cth
   2    1    3    1 ; 1.2005e+02 6.1588e+02 ;    O2 - S1 - O3       O - x - O
   2    1    4    1 ; 1.2005e+02 6.1588e+02 ;    O2 - S1 - O4       O - x - O
   2    1    5    1 ; 1.2005e+02 6.1588e+02 ;    O2 - S1 - O5       O - x - O
   3    1    4    1 ; 1.2005e+02 6.1588e+02 ;    O3 - S1 - O4       O - x - O
   3    1    5    1 ; 1.2005e+02 6.1588e+02 ;    O3 - S1 - O5       O - x - O
   4    1    5    1 ; 1.2005e+02 6.1588e+02 ;    O4 - S1 - O5       O - x - O

如果做成硫酸和碳酸分子，再用Ligpargen生成OPLS-AA参数，这样做合理么？(Ligpargen貌似目前不支持离子)。

谢谢大家。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-12 13:51
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“硫酸根、碳酸根的OPLSAA力场文件”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-12 13:54
本来acpype就不是专门适合产生OPLS-AA力场拓扑文件的，这种力场优先考虑ligpargen。ligpargen并非不支持离子，网页上直接就能设净电荷。

通常acpype都是产生GAFF力场的拓扑文件，至少对于硫酸根我试过毫无问题。如果发现acpype在自动通过AM1优化后结构不合理，就甭让acpype优化。把acpype.py里的self.ekFlag = ''改为self.ekFlag = '-ek maxcyc=0'。

作者
Author: amani73986 时间: 2021-5-12 14:41
谢谢sob回复。

我附上Gaussian已经优化好的mol文件( (, 下载次数 Times of downloads: 30) ), 将这个文件上传到LigPargen(如下图所示)，设定好电荷-2，submit后报错。换了硫酸根的SMILES也还是报错。

(, 下载次数 Times of downloads: 38) (, 下载次数 Times of downloads: 22)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-13 07:04

amani73986 发表于 2021-5-12 14:41
谢谢sob回复。

我附上Gaussian已经优化好的mol文件(), 将这个文件上传到LigPargen(如下图所示)，设定好 ...

ligpargen对某些体系不兼容，不代表对所有离子体系不兼容，你提交个比如PhO-就能正常得到结果

作者
Author: amani73986 时间: 2021-5-13 13:23

sobereva 发表于 2021-5-13 07:04
ligpargen对某些体系不兼容，不代表对所有离子体系不兼容，你提交个比如PhO-就能正常得到结果

谢谢Sob回复。查了一下OPLS-AA最新的力场文件，对于这两种阴离子都没有参数。可能是因为这个原因，LigParGen不能支持。

如果用GAFF力场进行计算，怎么生成阳离子(Zn2+,K+,Na+等)的参数文件呢。我试了一下acpype，没办法成功，谢谢sob。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-13 19:17

amani73986 发表于 2021-5-13 13:23
谢谢Sob回复。查了一下OPLS-AA最新的力场文件，对于这两种阴离子都没有参数。可能是因为这个原因，LigPar ...

这些阳离子在Amber力场自己的ions.itp里就有，直接include就完了

作者
Author: zhongyuan 时间: 2022-4-13 10:57
遇到同样的问题，需要硫酸根的力场参数，请问你最后是怎么解决的呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-27 07:49

zhongyuan 发表于 2022-4-13 10:57
遇到同样的问题，需要硫酸根的力场参数，请问你最后是怎么解决的呢

用http://sobereva.com/soft/Sobtop能轻易产生硫酸根的拓扑文件

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