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[GROMACS] 求一下硫酸根的OPLSAA力场文件

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楼主
各位老师好,小弟想找一下硫酸根的OPLS力场参数,包括LJ参数、键长、键角、二面角力场常数,我自己找的时候应该姿势不对,折腾了两天都没找到,只有死皮赖脸来发帖求助了,提前谢过大家了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-23 18:09:55 | 只看该作者 Only view this author
或者说可以直接用acpype生成的SO42-的力场数据么?

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发表于 Post on 2020-4-23 18:19:14 | 只看该作者 Only view this author
这种东西文献上多的是。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-23 18:27:32 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2020-4-23 18:19
这种东西文献上多的是。

您好,可以帮忙贴一篇文献么,我看硫酸氢根的参数蛮多的,硫酸根按道理来说也不少,但我就是眼拙了,没瞅到

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发表于 Post on 2020-4-23 18:33:40 | 只看该作者 Only view this author
我这两天正好在找磷酸根,在ATB上找到的,上传一下硫酸根的pdb就可以了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-23 18:42:51 | 只看该作者 Only view this author
niobium 发表于 2020-4-23 18:33
我这两天正好在找磷酸根,在ATB上找到的,上传一下硫酸根的pdb就可以了

谢谢,我这就去试一试

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发表于 Post on 2020-4-23 19:16:22 | 只看该作者 Only view this author
eureka

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发表于 Post on 2020-4-23 19:16:51 | 只看该作者 Only view this author
rice 发表于 2020-4-23 18:09
或者说可以直接用acpype生成的SO42-的力场数据么?

用acpype就完全可以,之后原子电荷用Multiwfn算的RESP电荷补上,注意计算时候约束四个氧的电荷等价(参看http://sobereva.com/441
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发表于 Post on 2020-4-23 22:07:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-23 19:16
用acpype就完全可以,之后原子电荷用Multiwfn算的RESP电荷补上,注意计算时候约束四个氧的电荷等价(参看 ...

请问社长,这种无机离子可以用gromos54a7吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-23 23:41:01 | 只看该作者 Only view this author
Frank 发表于 2020-4-23 19:16
http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/

感谢回复,这个OPLSAA的在线工具不支持生成硫酸根,硫酸氢根倒是可以

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-23 23:42:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-23 19:16
用acpype就完全可以,之后原子电荷用Multiwfn算的RESP电荷补上,注意计算时候约束四个氧的电荷等价(参看 ...

好的,谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-24 00:04:53 | 只看该作者 Only view this author
niobium 发表于 2020-4-23 18:33
我这两天正好在找磷酸根,在ATB上找到的,上传一下硫酸根的pdb就可以了

我在ATB找到了硫酸根的top文件,但是它是基于gromos54a7力场产生的,应该没法用,还是得用sob老师的建议

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-24 00:19:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-23 19:16
用acpype就完全可以,之后原子电荷用Multiwfn算的RESP电荷补上,注意计算时候约束四个氧的电荷等价(参看 ...

sob老师,我想模拟的是稀硫酸水溶液混合其他物质的特征,采用OPLSAA力场。您讲的时候不是说1.2*CM5、1.14*CM1A-LBCC电荷更适用于该力场么?还是说采用RESP电荷会更好?

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发表于 Post on 2020-4-25 02:54:33 | 只看该作者 Only view this author
rice 发表于 2020-4-24 00:19
sob老师,我想模拟的是稀硫酸水溶液混合其他物质的特征,采用OPLSAA力场。您讲的时候不是说1.2*CM5、1.14 ...

1.2*CM5、1.14*CM1A-LBCC的那种说法是之前文章对有机体系做的测试,对于硫酸根这种特殊的情况不一定。而且从原理上来说,这俩电荷也都不适合硫酸根,因为乘了系数之后总电荷会变成非整数。RESP电荷表现的实际好坏也和具体怎么算关系很大,目前来看用RESP2更稳一些。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-25 21:09:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-25 02:54
1.2*CM5、1.14*CM1A-LBCC的那种说法是之前文章对有机体系做的测试,对于硫酸根这种特殊的情况不一定。而 ...

好的,谢谢sob老师

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