计算化学公社

标题: 求助，Gromacs能量最小化运行错误 [打印本页]

作者
Author: thetn 时间: 2021-6-18 16:20
标题: 求助，Gromacs能量最小化运行错误
大家好，我用ambertool构建体系后，将得到的文件（这个文件在amber进行能量最小化计算和密度计算时并没有报错）转到gromacs进行模拟计算，但是在能量最小化的时候系统报错，查了手册后也没能了解问题所在，请各位大佬帮忙看一下，谢谢大家！（报错如图所示） (, 下载次数 Times of downloads: 26)
(, 下载次数 Times of downloads: 34)

作者
Author: snljty 时间: 2021-6-18 16:43
报错提示写着呢呀，加抗衡离子调到体系电中性

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-18 18:47
grompp的时候会明确提示体系净电荷是多少。用Ewald、PME等方式计算静电作用时应当加抗衡离子把体系弄成电中性

作者
Author: thetn 时间: 2021-6-18 19:01

snljty 发表于 2021-6-18 16:43
报错提示写着呢呀，加抗衡离子调到体系电中性

你好，关于这个问题我也想请教一下，我这个模型中有阴阳离子各一种，然后我在调整电荷的时候都已经分别设置为+1和-1（在mol2文件中分别用计算器确认过），但是在用packmol扩展后现在系统提示总电荷量不为0导致了带有少量的负电荷，这可能是什么问题呢

作者
Author: thetn 时间: 2021-6-19 18:51

sobereva 发表于 2021-6-18 18:47
grompp的时候会明确提示体系净电荷是多少。用Ewald、PME等方式计算静电作用时应当加抗衡离子把体系弄成电中 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: thetn 时间: 2021-6-19 21:06

sobereva 发表于 2021-6-18 18:47
grompp的时候会明确提示体系净电荷是多少。用Ewald、PME等方式计算静电作用时应当加抗衡离子把体系弄成电中 ...

社长您好，我想请问一下我用ambertool 中的tleap生成。.inpcrd和.prmtop文件，在此之前用packmol建立的pdb文件是电中性，两个mol2文件分别为+1和-1，但是用
acpype -p ionicbox.prmtop -x ionicbox.inpcrd
这一命令生成的两个文件在带入计算后就带有少量负电荷，请问一下
1.这个是无法避免直接加抗衡电荷就行吗
2.现在这一体系的电荷为：-0.000124，负电量我应该怎么加抗衡离子呢
谢谢社长~

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-20 17:41

thetn 发表于 2021-6-19 21:06
社长您好，我想请问一下我用ambertool 中的tleap生成。.inpcrd和.prmtop文件，在此之前用packmol建立的pd ...

自行用Multiwfn算RESP或RESP2电荷贴到[atoms]里，代替acpype自动产生的AM1-BCC电荷，结果不仅明显更好，而且分子的净电荷会几乎精确为0
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）
你的这种情况轻微偏离0是因为数值误差，不需要抗衡离子

作者
Author: thetn 时间: 2021-6-20 21:31

sobereva 发表于 2021-6-20 17:41
自行用Multiwfn算RESP或RESP2电荷贴到[atoms]里，代替acpype自动产生的AM1-BCC电荷，结果不仅明显更好， ...

好的，谢谢社长！

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