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标题: acpype.py处理生成resp电荷的imp报错，观察原因是如图所示，但是我不知道怎么修改 [打印本页]

作者
Author: 崔智勇 时间: 2021-7-13 22:17
标题: acpype.py处理生成resp电荷的imp报错，观察原因是如图所示，但是我不知道怎么修改
acpype报错信息见图

可以处理的mol2 和不可以处理的mol2分子都已经上传图片清楚表示两者区别。

仔细翻看实验步骤，发现这种差异是高斯计算后造成，请问有什么办法可以修改mol2文件让acpype可以识别吗？

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Author: lyj714 时间: 2021-7-13 22:32
本帖最后由 lyj714 于 2021-7-13 22:35 编辑

用最新版本的acpype.py脚本啊 https://github.com/alanwilter/acpype，根本就不需要修改任何东西。

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作者
Author: 崔智勇 时间: 2021-7-14 15:34

lyj714 发表于 2021-7-13 22:32
用最新版本的acpype.py脚本啊 https://github.com/alanwilter/acpype，根本就不需要修改任何东西。

请问您的，amber和ambertool是什么版本的？我这里还是不成功，报错信息一摸一样

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-14 15:35
绝对不要把该体现在帖子内容里的信息只体现在帖子标题里，“生成resp电荷的imp报错”完全没说清楚是怎么回事，imp是什么鬼，谁也不知道你怎么产生的RESP电荷。

“这种差异是高斯计算后造成”完全语义不明。用下文的脚本进行计算，输入脚本的文件根本就不会被修改，什么“差异”都不知道你在说什么
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

“仔细翻看实验步骤”哪来的实验，明明是纯计算

不要在标题里写什么“观察原因是如图所示”，别人光看标题的时候根本看不到图

提问时要认真组织好语言，拿出写论文一样的严谨态度

作者
Author: 崔智勇 时间: 2021-7-18 21:02

sobereva 发表于 2021-7-14 15:35
绝对不要把该体现在帖子内容里的信息只体现在帖子标题里，“生成resp电荷的imp报错”完全没说清楚是怎么回 ...

好的老师！下次我注意！

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