计算化学公社

标题: 求助：Ubuntu下apt-get install安装GROMACS后，如何再进行编译? [打印本页]

作者
Author: jollydai 时间: 2021-8-12 16:43
标题: 求助：Ubuntu下apt-get install安装GROMACS后，如何再进行编译?
各位老师好！

如题，采用Ubuntu下apt-get install安装GROMACS后，mdrun 总是提示：

Compiled SIMD: SSE2, but for this host/run AVX2_256 might be better (see log).
The current CPU can measure timings more accurately than the code in
gmx mdrun was configured to use. This might affect your simulation
speed as accurate timings are needed for load-balancing.
Please consider rebuilding gmx mdrun with the GMX_USE_RDTSCP=ON CMake option.

应该如何操作？谢谢！

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-8-12 16:50
apt-install 安装的是binary，编译是要从源代码开始的，参考：
http://bbs.keinsci.com/thread-19967-1-1.html

作者
Author: biogon 时间: 2021-8-12 17:24
apt-get install以后就可以直接使用了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-12 22:21
尽量别用apt-get install装，预编译的没法利用当前CPU支持的最好的指令集，性能会打折扣。更何况gromacs编译那么容易（http://sobereva.com/457），几分钟就完事。

作者
Author: jollydai 时间: 2021-8-13 08:34

sobereva 发表于 2021-8-12 22:21
尽量别用apt-get install装，预编译的没法利用当前CPU支持的最好的指令集，性能会打折扣。更何况gromacs编 ...

好的，谢谢老师！

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