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标题: 求助关于ligpargen生成拓扑文件重新排列原子顺序的问题 [打印本页]

作者
Author: mgqqlwq 时间: 2021-8-30 01:16
标题: 求助关于ligpargen生成拓扑文件重新排列原子顺序的问题
用ligpargen生成OPLS力场拓扑文件的话，输出的结构文件和拓扑文件中原子顺序会完全打乱，和输入的结构文件中的顺序无法对应。因为我要使用多条链，原子顺序都是按照本来的输入文件的顺序排列的。这样ligpargen产生的拓扑文件在使用时就会产生问题，请问下是否有办法可以将ligpargen输出的拓扑文件中原子的顺序还原到输入文件的顺序呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2021-8-30 07:32
本帖最后由牧生于 2021-8-30 07:40 编辑

我的理解是，你发现得到itp里面的顺序是
opls_805
opls_807
opls_803
opls_806
opls_801……
之类的顺序，想整理为
opls_801
opls_802
opls_803
……

如果单条链就不必整理，因为都是按照编号识别的，所以能保证对应就行了。如果实在想整理编号，Excel就可以按从小到大整理的

如果使用多条链，会有重复的编号，但对应的原子的不一样的，这时就必须整理了，比如一条链整理为opls_801, 802, 803这样的编号，另一条链整理为 opls_851， 852， 853。

http://bbs.keinsci.com/thread-428-9-1.html#pid162878 127~131楼

作者
Author: naoki 时间: 2021-8-30 16:18
如果觉得改起来麻烦，可以尝试：
1. 用Ligpargen生成的pdb来建模，这和它生成的itp顺序一致
2. 用TPPmktop，电荷按1.2*CM5算

作者
Author: mgqqlwq 时间: 2021-9-1 09:05

牧生发表于 2021-8-30 07:32
我的理解是，你发现得到itp里面的顺序是
opls_805
opls_807

谢谢您的回复！
可能我说的情况和您说的还不太一样。我的意思是我上传一个PDB的结构文件，这里面原子是按照一个顺序排列的，但是ligpargen会打乱所有的结构文件里面的原子顺序。因为我是多条链，都是按照上传的那个PDB文件的原子顺序排列的，这样ligpargen生成的拓扑文件我就没法使用了。我理解除非我能把顺序重新排回来，但是所有的信息都乱了，感觉对不回来。

作者
Author: mgqqlwq 时间: 2021-9-1 09:51

naoki 发表于 2021-8-30 16:18
如果觉得改起来麻烦，可以尝试：
1. 用Ligpargen生成的pdb来建模，这和它生成的itp顺序一致
2. 用TPPmkto ...

谢谢您的回复！
因为我的结构的每条链排列有一定周期性，如果用ligpargen生成的pdb建模的话，应该需要自己去排这些链，感觉不是很好完成。
另外用ligpargen生成的结构文件建模的话，后续再分析的时候建index文件似乎也有一些麻烦，因为之前的结构原子名有规律，ligpargen生成的感觉没什么规律。
TPPmktop我也用了，但是感觉结果有一点点诡异，似乎还是没有ligpargen生成的靠谱。

作者
Author: lyj714 时间: 2021-9-1 09:53

mgqqlwq 发表于 2021-9-1 09:51
谢谢您的回复！
因为我的结构的每条链排列有一定周期性，如果用ligpargen生成的pdb建模的话，应该需要自 ...

ligpargen生成的和你上传的原子坐标是不变的，直接写程序根据坐标对应关系sort一下itp即可

作者
Author: mgqqlwq 时间: 2021-9-1 20:59

lyj714 发表于 2021-9-1 09:53
ligpargen生成的和你上传的原子坐标是不变的，直接写程序根据坐标对应关系sort一下itp即可

谢谢您的回复！
不知道是不是我哪里搞的不对，我用自己的结构试了下，我按照上传的结构里第一个C原子的坐标去找，似乎在ligpargen生成的结构文件里找到一个这个坐标的原子。又找了第二个H原子，似乎也没找到。

作者
Author: lyj714 时间: 2021-9-1 21:03

mgqqlwq 发表于 2021-9-1 20:59
谢谢您的回复！
不知道是不是我哪里搞的不对，我用自己的结构试了下，我按照上传的结构里第一个C原子的 ...

你可以传上原始pdb，ligpargen生成的itp和gro，我帮你sort一下

作者
Author: mgqqlwq 时间: 2021-9-5 23:29

lyj714 发表于 2021-9-1 21:03
你可以传上原始pdb，ligpargen生成的itp和gro，我帮你sort一下

谢谢您呢！
不好意思，回复晚了。
附件里是原始的PDB和LigParGen生成的两个文件，麻烦您帮我看看，我这可能没做对，没找到可以对应上的原子坐标。
先谢谢您了！

作者
Author: lyj714 时间: 2021-9-5 23:44

mgqqlwq 发表于 2021-9-5 23:29
谢谢您呢！
不好意思，回复晚了。
附件里是原始的PDB和LigParGen生成的两个文件，麻烦您帮我看看，我这 ...

没问题。

作者
Author: mgqqlwq 时间: 2021-9-9 05:56

lyj714 发表于 2021-9-5 23:44
没问题。

谢谢您帮我修正原子的顺序！抱歉又回复晚了。
不过我还是不太清楚您是怎么做的，我不知道是自己哪里做错了，我确实没找到两个坐标相同的原子，能麻烦您再解释下方法吗？

作者
Author: 一条君 时间: 2023-3-21 17:31
本帖最后由一条君于 2023-3-21 17:38 编辑

naoki 发表于 2021-8-30 16:18
如果觉得改起来麻烦，可以尝试：
1. 用Ligpargen生成的pdb来建模，这和它生成的itp顺序一致
2. 用TPPmkto ...

请问TPPmktop限制原子数吗，最大可以是多少呀，谢谢。
顺便借楼补充一个看到的办法，【调整ligpargen生成的itp文件中原子顺序的脚本调整ligpargen生成的itp文件中原子顺序的脚本 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)】

作者
Author: xxd 时间: 2023-11-10 15:35
跟个楼问一下, 我看到ligpargen生成的itp文件中识别的原子类型有"opls_9570"等请问这是为什么, opls-aa力场ffnonbonded.itp文件中只到了"opls_965"

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