几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

adong · 发表于 Post on 2021-5-12 23:39:46

sobereva 发表于 2021-2-4 03:20
键长键角的平衡值是由力场参数决定的，和你输入结构无关

可以

sob老师，在用packmol构建初始结构的时候，小分子的结构是直接使用ligpargen给的gro文件中的结构，还是使用自己用gauss结构优化后的？

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-13 07:21:36

adong 发表于 2021-5-12 23:39
sob老师，在用packmol构建初始结构的时候，小分子的结构是直接使用ligpargen给的gro文件中的结构，还是使 ...

如果ligpargen没有修改原子顺序，就无所谓

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-13 07:25:09

sun666 发表于 2021-5-12 21:33
请问老师SwissParam生成的itp文件然后自己计算电荷修改，是不是就是真正的基于charmm力场的。
还有通过CGe ...

显然不是。帖子里明确说了成键相关的参数是MMFF94的

我不知道在哪显示的CGenFF+CHARMM

sun666 · 发表于 Post on 2021-5-13 15:56:09

sobereva 发表于 2021-5-13 07:25
显然不是。帖子里明确说了成键相关的参数是MMFF94的

我不知道在哪显示的CGenFF+CHARMM

您帖子最下面的图里

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-13 20:21:16

sun666 发表于 2021-5-13 15:56
您帖子最下面的图里

那个不对，我改了
单纯是CGenFF

牧生 · 发表于 Post on 2021-5-16 15:39:29

本帖最后由牧生于 2021-5-16 16:04 编辑

大佬在文中提及了如上的字句，我能理解。而且原则上，使用opls力场时，我都会用 LigParGen去得到拓扑信息。

我现在需要做硫化氢和水的接触，且希望使用opls力场。但是用 LigParGen生成硫化氢的拓扑，无论用pdb，还是mol，还是SMILES，都会出错。。
因为实在能力有限，不会自己手搓itp，于是想到了acpype，使用在线服务器得到硫化氢这样的小分子信息：

; HHS_GMX_OPLS.itp created by acpype (v: 2020-11-11T22:59:34CET) on Sun May 16 01:28:37 2021

; For OPLS atomtypes manual fine tuning
; AC_at:OPLS_at:OPLScode: Possible_Aternatives (see ffoplsaa.atp and ffoplsaanb.itp)
; sh:SH:opls_200: []
; hs:HS:opls_204: []

[ moleculetype ]
;name          nrexcl
HHS             3

[ atoms ]
; nr  type  resi  res  atom  cgnr    charge    mass    ; qtot bond_type
   1 opls_200    1 MOL    S 1 -0.196000    32.06000 ; qtot -0.196  SH
   2 opls_204    1 MOL    H 2    0.098000    1.00800 ; qtot -0.098  HS
   3 opls_204    1 MOL H1 3    0.098000    1.00800 ; qtot  0.000  HS

[ bonds ]
; ai    aj funct r          k
   1    2 1 ; 1.3473e-01 2.4426e+05 ;    S - H       SH - HS
   1    3 1 ; 1.3473e-01 2.4426e+05 ;    S - H1       SH - HS

[ angles ]
; ai    aj    ak funct theta       cth
   2    1    3    1 ; 9.3000e+01 3.1213e+02 ;    H - S - H1    HS - SH - HS

请教一下，对于像硫化氢这样十分简单的小分子，acpype得到的针对opls力场的拓扑信息，算是可靠还是不可靠？

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-17 03:03:29

牧生发表于 2021-5-16 15:39
大佬在文中提及了如上的字句，我能理解。而且原则上，使用opls力场时，我都会用 LigParGen去得到拓扑信 ...

原子电荷应当替换成Multiwfn算的1.2*CM5电荷，否则默认的AM1-BCC和OPLS-AA不搭

并且自行检查指认的原子类型到底是否合理，并且检查键长、键角和量化优化出来的是否基本吻合

以上都没问题的话，跑个MD看看实际效果，如果结构维持得不错就可以用

xxzj · 发表于 Post on 2021-6-17 21:21:10

老师，我想获得金属卟啉的gromacs拓扑文件，金属包括铁和镍，从网上下载的晶体结构文件，然后使用哪种工具都会出现问题，中心没有引入金属的无论使用哪个工具都可以获得相应的参数文件。所以想问一下老师，对于含有过渡金属配位的情况应该如何去获取相应的参数文件？辛苦老师了

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-19 00:19:56

xxzj 发表于 2021-6-17 21:21
老师，我想获得金属卟啉的gromacs拓扑文件，金属包括铁和镍，从网上下载的晶体结构文件，然后使用哪种工具 ...

模拟金属卟啉的文献一大堆，去搜，然后看计算细节的描述

牧生 · 发表于 Post on 2021-7-7 21:32:19

本帖最后由牧生于 2021-7-7 21:50 编辑

请教一下，我使用LigParGen得到的两种物质的itp，然后做两种物质在水中混合的模拟，两种物质[ atomtypes ]字段里面有编号是重复的，但对应的原子不一样的情况下该怎么办？在模拟过程中，gromacs能区分的开吗？

比如下面这样的例子，以红色字体标出的部分，当我将两种物质的[ atomtypes ]都剪切到ffnonbonded.itp里面以后，那么[ atomtypes ]里面就有了两个opls_801  C801 ，而且参数是不一样的
十六烷基三甲基溴化铵阳离子的字段如下：
; GENERATED BY LigParGen Server
; Jorgensen Lab @ Yale University
;
[ atomtypes ]
  opls_857  H857    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_814  C814 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_855  H855    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_824  H824    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_815  C815 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_804  C804 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_818  C818 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_848  H848    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_843  H843    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_836  H836    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_834  H834    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_810  C810 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_828  H828    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_860  H860    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_851  H851    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_812  C812 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_802  C802 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_827  H827    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_809  C809 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_806  C806 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_822  H822    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_807  C807 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_859  H859    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_838  H838    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_830  H830    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_821  H821    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_842  H842    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_820  H820    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_837  H837    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_829  H829    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_831  H831    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_853  H853    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_856  H856    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_832  H832    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_858  H858    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_805  C805 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_846  H846    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_811  C811 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_823  H823    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_819  C819 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_861  H861    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_826  H826    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_835  H835    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_841  H841    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_825  H825    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_816  C816 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_833  H833    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_839  H839    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_817  C817 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_852  H852    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_801  C801 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_808  C808 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_850  H850    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_840  H840    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_849  H849    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_813  C813 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01
  opls_800  N800 14.0070    0.000 A 3.25000E-01 7.11280E-01
  opls_847  H847    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_844  H844    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_845  H845    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_854  H854    1.0080    0.000 A 2.50000E-01 1.25520E-01
  opls_803  C803 12.0110    0.000 A 3.50000E-01 2.76144E-01

水杨酸钠阴离子itp中[ atomtypes ]字段如下：

; GENERATED BY LigParGen Server
; Jorgensen Lab @ Yale University
;
[ atomtypes ]
  opls_804  C804 12.0110    0.000 A 3.55000E-01 2.92880E-01
  opls_813  H813    1.0080    0.000 A 2.42000E-01 1.25520E-01
  opls_807  C807 12.0110    0.000 A 3.55000E-01 2.92880E-01
  opls_803  C803 12.0110    0.000 A 3.55000E-01 2.92880E-01
  opls_811  H811    1.0080    0.000 A 2.42000E-01 1.25520E-01
  opls_810  H810    1.0080    0.000 A 2.42000E-01 1.25520E-01
  opls_808  O808 15.9990    0.000 A 2.96000E-01 8.78640E-01
  opls_805  C805 12.0110    0.000 A 3.55000E-01 2.92880E-01
  opls_802  C802 12.0110    0.000 A 3.55000E-01 2.92880E-01
  opls_809  O809 15.9990    0.000 A 2.96000E-01 8.78640E-01
  opls_806  O806 15.9990    0.000 A 3.12000E-01 7.11280E-01
  opls_814  H814    1.0080    0.000 A 0.00000E+00 0.00000E+00
  opls_812  H812    1.0080    0.000 A 2.42000E-01 1.25520E-01
  opls_800  C800 12.0110    0.000 A 3.55000E-01 2.92880E-01
  opls_801  C801 12.0110    0.000 A 3.55000E-01 2.92880E-01

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-8 12:46:12

牧生发表于 2021-7-7 21:32
请教一下，我使用LigParGen得到的两种物质的itp，然后做两种物质在水中混合的模拟，两种物质[ atomtypes ] ...

最好直接问作者，按理说不应该如此

lyj714 · 发表于 Post on 2021-7-8 13:00:17

牧生发表于 2021-7-7 21:32
请教一下，我使用LigParGen得到的两种物质的itp，然后做两种物质在水中混合的模拟，两种物质[ atomtypes ] ...

本来就是随机分配原子类型和数据的，如果有两种不同的分子同时使用该服务器，必然有可能原子类型名称相同而后面的非键参数不同，甚至有时候像你这种原子类型相同元素不同的也会出现。所以如果多种分子都用该服务器产生top，就必须自己改原子类型名称区分

牧生 · 发表于 Post on 2021-7-9 13:30:34

本帖最后由牧生于 2021-7-9 13:39 编辑

lyj714 发表于 2021-7-8 13:00
本来就是随机分配原子类型和数据的，如果有两种不同的分子同时使用该服务器，必然有可能原子类型名称相同 ...

非常感谢大佬的回答。
我已经重新修改了，这里以十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）和对苯磺酸钠（STS）为例
将两种物质的opls_xxxx已经重新编号，确保二者里面不会有重复，如
CTAB中的原子编号，全部保持不变
opls_800       N800
opls_801       C801
opls_802       C802
……
opls_861       H861

但修改STS中的编号，将本来的以C800开始编号的，改成870开始
opls_800  C800 →    opls_870  C870
opls_801  C801 →    opls_871  C871
……
opls_817  H817 →    opls_887  H887
这样，既保证两种物质的opls_XXXXX不重复，也与ffnonbonded.itp里面本来已有的opls_XXXXX不重复。

现在有个小问题，就是atom这一列里面的如果重复，那么对结果有没有影响
如CTAB的[ atoms ]内容为
[ atoms ]
; nr    type  resnr residue  atom cgnr    charge    mass
   1 opls_800    1 CTAB N00    1 -0.0487 14.0070
   2 opls_801    1 CTAB   C01    1 -0.1513 12.0110
   3 opls_802    1 CTAB   C02    1 -0.1509 12.0110
   4 opls_803    1 CTAB C03    1 -0.1522 12.0110
……

而修改后的STS的[ atoms ]内容为
nr    type  resnr residue  atom cgnr    charge    mass
1 opls_870    1 STS C00 1 -0.0787 12.0110
2 opls_871    1 STS C01 1 -0.1773 12.0110
3 opls_872    1 STS C02 1 -0.0478 12.0110
4 opls_873    1 STS C03 1 -0.2502 12.0110

这个红色字体部分是重复的。如果我把STS中的[ atoms ]列修改了别的，

opls_870    1 STS C00   → C870
opls_871    1 STS   C01 → C871
opls_872    1 STS   C02 → C872

但最终在能量最小化的时候就会提示
Warning: atom name 6201 in CTAB.top and CTAB_solv.gro does not match (C870 - C00)
Warning: atom name 6202 in CTAB.top and CTAB_solv.gro does not match (C871 - C01)
Warning: atom name 6203 in CTAB.top and CTAB_solv.gro does not match (C872 - C02)
Warning: atom name 6204 in CTAB.top and CTAB_solv.gro does not match (C873 - C03)
……
程序会自动还是使用STS中的C00，C01，并不是识别我自己写的C870，C871

那么，我需要请教的问题在于，[ atoms ]列里面相同的字符，会对结果造成影响吗？

lyj714 · 发表于 Post on 2021-7-9 16:16:25

牧生发表于 2021-7-9 13:30
非常感谢大佬的回答。
我已经重新修改了，这里以十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）和对苯磺酸钠（STS）为例
...

不同分子，原子名称可以一样啊，这又不影响md，只要分子顺序是对应的不就完事了。

liushu · 发表于 Post on 2021-8-9 14:56:21

请问社长，LigParGen网站用.mol文件生成葫芦脲分子（原子数126个）的参数一直加载超时（尝试了不同的浏览器），不能成功生成，该怎样解决呢

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[GROMACS] 几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

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