计算化学公社

标题: 如何获取高铼酸根（ReO4-）的力场文件以及top文件 [打印本页]

作者
Author: Alan123 时间: 2021-9-12 08:27
标题: 如何获取高铼酸根（ReO4-）的力场文件以及top文件
本帖最后由 Alan123 于 2021-9-12 08:27 编辑

老师，我最近想用GMX进行高铼酸根（ReO4-）的分子动力学模拟，GMX常用的力场文件中不支持铼（Re），请问我应该如何获取高铼酸根的力场文件以及生成拓扑文件呢？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-12 09:20
自己写拓扑文件
平衡坐标用量化程序优化的，力常数用http://www.keinsci.com/research/forcefit/可获得
凑合借用UFF里的Re的LJ参数，在UFF原文里能直接查到
原子电荷可以用Multiwfn算RESP电荷
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

作者
Author: Alan123 时间: 2021-9-12 09:57

sobereva 发表于 2021-9-12 09:20
自己写拓扑文件
平衡坐标用量化程序优化的，力常数用http://www.keinsci.com/research/forcefit/可获得
...

嗯嗯，谢谢sob老师，目前我是这样做的，用obgmx产生了ReO4的itp文件和top文件，然后电荷使用Multiwfn计算的resp电荷，不知道我这样做会不会不太严格？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-12 20:52

Alan123 发表于 2021-9-12 09:57
嗯嗯，谢谢sob老师，目前我是这样做的，用obgmx产生了ReO4的itp文件和top文件，然后电荷使用Multiwfn计算 ...

你可以先跑一下，如果结构形态维持得还可以，就这么用

作者
Author: Alan123 时间: 2021-9-13 15:35
本帖最后由 Alan123 于 2021-9-13 15:38 编辑

sobereva 发表于 2021-9-12 20:52
你可以先跑一下，如果结构形态维持得还可以，就这么用

谢谢老师

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