计算化学公社

标题: 关于审稿人问选择这一算法的依据如何回答？ [打印本页]

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Author: 大肥猫 时间: 2021-10-9 11:07
标题: 关于审稿人问选择这一算法的依据如何回答？

如下审稿人问题：The author uses density functional theory (DFT) to calculate the free energies in MeCN at SMD / M06-2x / def2-tzvp level, but what is the basis for the final selection of M06-2x? Whether the relevant details compared with other methods can be displayed, which makes the theoretical calculation more convincing.

审稿人问我选择这一函数进行自由能计算的依据。请问我如何回答？各位老师有没有相应的参考文献分享？
我是否应该再在SMD / CAM-b3lyp / def2-tzvp level算一下对比呢？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2021-10-9 11:29
本帖最后由冰释之川于 2021-10-9 14:29 编辑

你还可以考虑引用社长的泛函选择的博文帖子地址：简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

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Author: 喵星大佬 时间: 2021-10-9 12:09
不是，为啥要用CAM-B3LYP

作者
Author: 大肥猫 时间: 2021-10-9 14:05

喵星大佬发表于 2021-10-9 12:09
不是，为啥要用CAM-B3LYP

他不是这么问我了吗？Whether the relevant details compared with other methods can be displayed, which makes the theoretical calculation more convincing.

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-9 15:49
你的意思是，你的结构优化和频率计算是用另一个泛函做的，但是基组也是def2-tzvp？然后算溶解自由能换了泛函，没换基组？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-9 16:23

大肥猫发表于 2021-10-9 14:05
他不是这么问我了吗？Whether the relevant details compared with other methods can be displayed, whi ...

于是你就换个根本不适合的？
显然对比也是对比几个适合当前问题的方法，诸如像样的双杂化泛函revDSD-PBEP86-D3(BJ)、算热力学量比M06-2X还更好的普通泛函诸如wB97M-V等

好好看此文什么适合
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

CAM-B3LYP算基态问题，尤其是能量，属于没有基本泛函选用常识的表现。我要是审稿人，到时候还得让你做第二轮revision

不想再用其它泛函，就给审稿人几篇证明这种级别算此类问题精度足够合适的benchmark文章，多的是

作者
Author: 大肥猫 时间: 2021-10-9 16:30

sobereva 发表于 2021-10-9 16:23
于是你就换个根本不适合的？
显然对比也是对比几个适合当前问题的方法，诸如像样的双杂化泛函revDSD-PBE ...

明白，谢谢老师

作者
Author: 大肥猫 时间: 2021-10-9 16:32

wzkchem5 发表于 2021-10-9 15:49
你的意思是，你的结构优化和频率计算是用另一个泛函做的，但是基组也是def2-tzvp？然后算溶解自由能换了泛 ...

我优化和频率计算确实是用B3lyp/6-31g(d)做的，自由能计算用的M062X/def2TZVP

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Author: wzkchem5 时间: 2021-10-9 16:53

大肥猫发表于 2021-10-9 09:32
我优化和频率计算确实是用B3lyp/6-31g(d)做的，自由能计算用的M062X/def2TZVP

纠正一下，溶解自由能不能简称自由能，因为频率计算也计算了一个自由能（气相下的自由能），把气相下的自由能和溶解自由能相加才是总自由能。所以首先需要确认，你是不是因为在文章里也没提“溶解自由能”的“溶解”，导致审稿人误会。
如果你的单点能也是M062X/def2TZVP算的，那你就说因为要和单点能的理论级别保持一致就行了。如果单点能不是在这个理论级别下算的，那么在M062X/def2TZVP级别下算溶解自由能没有任何道理。如果你是在M062X/6-31G(d)级别下算的溶解自由能，尚且可以引SMD原始文献说SMD是在M05-2X/6-31G(d)级别下拟合的，而M062X和M052X很相似，Truhlar组后来的文章也经常用M062X/6-31G(d)；但是M062X/def2TZVP的话，没有什么好的argument能说明M062X/def2TZVP比你算单点的理论级别更好

作者
Author: 大肥猫 时间: 2021-10-9 17:05

wzkchem5 发表于 2021-10-9 16:53
纠正一下，溶解自由能不能简称自由能，因为频率计算也计算了一个自由能（气相下的自由能），把气相下的自 ...

谢谢。我是用M062X/def2TZVP计算的单点能。
首先在B3lyp/6-31g(d)进行的优化和频率校正。然后在M052X/6-31g(d)下计算的溶解自由能。最后用M062X/def2TZVP计算单点能。然后把三步相加得到的最终自由能得结果。这些过程都在计算步骤里说了。所以审稿人这里就是单纯想问我为啥选M062X这个泛函吧？

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Author: wzkchem5 时间: 2021-10-9 17:51

大肥猫发表于 2021-10-9 10:05
谢谢。我是用M062X/def2TZVP计算的单点能。
首先在B3lyp/6-31g(d)进行的优化和频率校正。然后在M052X/6- ...

哦，那是审稿人表述不清了。。。那你找一些benchmark文章，说明M062X对于你的体系比B3LYP准，然后再说因为M062X有数值问题，结构优化不好收敛，频率计算容易有虚频，所以只有单点能用了M062X，结构优化还是用的B3LYP

作者
Author: 大肥猫 时间: 2021-10-9 18:39

wzkchem5 发表于 2021-10-9 17:51
哦，那是审稿人表述不清了。。。那你找一些benchmark文章，说明M062X对于你的体系比B3LYP准，然后再说因 ...

好的，谢谢您。

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