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标题: 请帮忙看一下原因，gmx hbond计算水合物中，氢键寿命为3万多ps [打印本页]

作者
Author: 牧生 时间: 2021-10-24 12:52
标题: 请帮忙看一下原因，gmx hbond计算水合物中，氢键寿命为3万多ps
本帖最后由牧生于 2021-10-24 18:21 编辑

使用二氧化碳水合物为种子，加入二氧化碳的水溶液，低温高压下模拟，得到符合预期的二氧化碳水合物。但是分析氢键寿命时，得到氢键寿命非常长
使用命令为：
gmx hbond -f md.xtc -s md.tpr -dist -life -nhbdist -nomerge 两次均选择了water
得到提示：
HB lifetime = 35073.79 ps

请各位帮我看看，问题出在哪
文件比较大，放在蓝奏云了
https://www.lanzouw.com/iGQ7rvpdped

看了这个帖子，可能找到原因了，我再试试把输出的时间调小试试
http://bbs.keinsci.com/thread-22972-1-1.html
最终补充，感觉无解。每ps保存一次，跑1 ns，和跑2ns，3 ns，5 ns，得到的结果都是差异很大的。

如1 ns，HB lifetime为70多 ps
3 ns， HB lifetime为200多ps

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-25 11:10
如果氢键本身就是特别稳定，那么轨迹跑的总长度越长（假设跑得不是特别长，比如100 ns的情况），统计的时候能考虑的时间上限就越长，得到的氢键寿命就可能越长。
可以跑5ns、10ns、20ns、50ns的情况都看看

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-3-7 14:57
请问最后找到解决计算氢键寿命的合理方法了吗？我遇到了和楼主一样的问题

作者
Author: 牧生 时间: 2024-3-7 16:22

zhangfaxue 发表于 2024-3-7 14:57
请问最后找到解决计算氢键寿命的合理方法了吗？我遇到了和楼主一样的问题

http://bbs.keinsci.com/thread-22972-1-1.html

2~3楼

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2024-3-7 17:14

牧生发表于 2024-3-7 16:22
http://bbs.keinsci.com/thread-22972-1-1.html

2~3楼

谢谢解答

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