关于gmx hbond计算氢键寿命求助

土拔鼠 · 发表于 Post on 2021-5-5 22:33:00

请教一下大家我在用gmx_hbond计算氢键寿命的时候遇到了一个问题

我在用原始模拟的md.xtc（2000步输出一次轨迹到xtc，步长为2 fs）计算氢键寿命的时候输出的氢键寿命为5.41 ps

我在将原始的md.xtc进行降频，使用trjconv改为每50 ps为时间间隔输出一次的轨迹文件 md1.xtc 后，使用 md1.xtc计算寿命结果为45.63 ps 差了将近10倍（都用的-life的选项，没有对比-ac的）

我比较疑惑的地方在于如果计算结果和轨迹的输出频率有关那我默认的4 ps输出一次的轨迹是不是也是不够的，根据不同精度的轨迹文件计算出的氢键寿命如果不同那这个HB life是不是就没有什么参考价值了？

土拔鼠 · 发表于 Post on 2021-5-5 22:40:39

我看了一下培训的讲义在均相模拟这一部分社长的给的xtc的精度是每1 ps输出一次轨迹最后算出的氢键寿命是3.60 ps 那是不是只要这个轨迹文件的间隔小于计算出的氢键寿命一般这个轨迹的精度就是够用的再提升轨迹的精度（比如改成每0.5 ps输出一次轨迹）对最后氢键寿命的计算影响就不会很大了

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-6 02:50:05

每50 ps输出一次结构显然不行，这都比氢键寿命还长，统计结果完全没意义。输出间隔必须得显著小于氢键寿命。如果想严谨一些的话，可以MD过程中让输出间隔尽量低，然后gmx hbond结合不同的-dt设置看看统计时用不同时间间隔的结果，确认一下间隔多少统计一次可以令结果收敛。

土拔鼠 · 发表于 Post on 2021-5-7 00:11:52

sobereva 发表于 2021-5-6 02:50
每50 ps输出一次结构显然不行，这都比氢键寿命还长，统计结果完全没意义。输出间隔必须得显著小于氢键寿命 ...

谢谢社长

realniu · 发表于 Post on 2022-7-6 21:55:40

土拔鼠发表于 2021-5-5 22:40
我看了一下培训的讲义在均相模拟这一部分社长的给的xtc的精度是每1 ps输出一次轨迹最后算出的氢键寿命是3 ...

你好，请问你说的这份讲义中的得到的氢键寿命是在什么条件下模拟的呢？

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