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标题: grompp 出現報錯：No default Improper Dih. types [打印本页]

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Author: 黄舒伟 时间: 2021-10-25 15:56
标题: grompp 出現報錯：No default Improper Dih. types
本帖最后由黄舒伟于 2021-10-26 21:39 编辑

請問在準備往體系添加離子前一步（使用了amber14sb_parmbsc1.ff 力場），命令行 gmx grompp -f ions.mdp -c box_water.gro -p topol.top -o ions.tpr，出現error：Generated 3828 of the 3828 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5

Generated 3828 of the 3828 1-4 parameter combinations

ERROR 1 [file topol_Protein_chain_B.itp, line 207614]:
  No default Improper Dih. types
...(略去7個類似報錯，上面一樣，只是 line不一樣）

查詢了相關報錯行，如下：  2230  2233  2239  2234    4

請問這種情況怎麼解決呢？
在公司搜了相關的帖子如：http://bbs.keinsci.com/thread-7721-1-1.html  但是發現他的解決方法不適用于我的體系，所以想問大佬們一下這個應該怎麼修改？

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Author: sobereva 时间: 2021-10-25 17:54
上传topol.top

作者
Author: 黄舒伟 时间: 2021-10-26 21:41

sobereva 发表于 2021-10-25 17:54
上传topol.top

社長您好,top文件已上傳。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-27 13:15
把top里的#include "./amber14sb_parmbsc1_opc_lmi.ff/forcefield.itp"中的路径改成绝对路径再试

作者
Author: 黄舒伟 时间: 2021-10-28 11:42
还是有问题

，我还是用GMX自带的amber99SB-ILDN,这个跑起来没问题。（附上初始pdb供参考）

作者
Author: saccharide01 时间: 2022-4-20 15:40
是这个amberff14sb这个包没有办法处理HID的improper二面角解决中。。。

作者
Author: saccharide01 时间: 2022-4-20 16:30
我没有办法解决，实力不够找不出不同点，我估计你也是从这个网站http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields 下的ff14sb包，但是不管是上面的12sb还是14sb 它都会在生成tpr这一步报错。而且都是HID的 CB-CG CD2-ND1的这个二面角（应该）但是HIE相同的二面角就不报错。我研究了一个下午，不晓得这个上传力场包的人是不是搞错了……其实12sb的包打开对蛋白的力场还是用的AMBER99SB-ILDN protein, nucleic AMBER94 (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010)这个力场，就算14sb也是在这个力场上略微调整。所以我最后选择用gromacs自带的AMBER99SB-ILDN protein, nucleic AMBER94 (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010)。用这个就不会报错，懒得弄了。

作者
Author: saccharide01 时间: 2022-4-20 16:52
算了还是弄了一下，打开usr/local/gromacs/share/top/amber99sb-ildn.ff里的ffbonded.itp 搜索[ dihedraltypes ] 这个有两栏，把第一栏里的全部内容复制到14sb的ffbonded.itp里的[ dihedraltypes ] improper栏的下一栏就相当与说把amber99sb-ildn.ff里的improper dihedraltypes 复制到14sb的对应位置，使用14sb就不会报错了

作者
Author: LiuSX 时间: 2022-8-10 11:37
我也遇到了一模一样的问题，问题定位在HIS的HID质子化形态。aminoacids.itp中HID下impropers默认为CB-CG-CD2-ND1，但是ffbonded.itp中的这一项异常二面角类型为CT-CV-CC-NA即CB-CD2-CG-ND1，这就导致了grompp错误。可以修改aminoacids.itp也可以修改ffbonded.itp，一致就好了，建议修改ffbonded.itp，因为99sb-ildn中除了CT-CV-CC-NA还有NA-CV-CC-CT，保证了不会出现问题。

作者
Author: peng 时间: 2022-9-1 16:19

LiuSX 发表于 2022-8-10 11:37
我也遇到了一模一样的问题，问题定位在HIS的HID质子化形态。aminoacids.itp中HID下impropers默认为CB-CG-CD ...

你好，我用的是amber14sb(OS15)版本，我也遇到了一样的问题，不过好像ffbonded.itp不太一样我没找到CB-CG-CD2-ND1，请问你是怎么找到对应的区别的呢

作者
Author: LiuSX 时间: 2022-9-1 16:57

peng 发表于 2022-9-1 16:19
你好，我用的是amber14sb(OS15)版本，我也遇到了一样的问题，不过好像ffbonded.itp不太一样我没找到CB-CG ...

是OL15吧。你确定找的是原子类型而不是原子名吗？

作者
Author: peng 时间: 2022-9-1 17:50

LiuSX 发表于 2022-9-1 16:57
是OL15吧。你确定找的是原子类型而不是原子名吗？

对，是OL15,不好意思我没找到aminoacids.itp这个文件只有aminacids.rtp的，这是HID部分参数
[ impropers ]
-C CA N H
CA +N C O
CG CE1 ND1 HD1
CG NE2 CD2 HD2
ND1 NE2 CE1 HE1
ND1 CD2 CG CB

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