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[GROMACS] GMX添加amber14sb力场之后出现的问题

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发表于 2018-1-2 17:42:37 | 显示全部楼层 |阅读模式
GMX2016自带的Amber力场最高只到03,我从GMX官网的user contributions区域下载了amber14sb,解压之后放在 .../share/gromacs/top里面,但pdb2gmx还是找不到这个力场。

我用gmx pdb2gmx ... -ff amber14sb ,倒是找到了这个力场,但后面 grompp 总是出现诸如此类的错误:

ERROR 1 [file topol.top, line 43940]:
  No default Improper Dih. types
ERROR 2 [file topol.top, line 44198]:
  No default Improper Dih. types

检查了top文件,这两行定义的二面角分别是
line 43940 : Lys261 C - His262 CA - His262 N - His262 H
line 44198 : Val337 C - His338 CA - His338 N - His338 H

我试了几个PDB结构,都有类似的错误。但如果改用amber03力场就没有这种错误。

请问老师,这是不是我添加新力场时漏掉了什么配置导致的?还是我的结构有问题?
谢谢


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 楼主| 发表于 2018-1-2 20:21:47 | 显示全部楼层
搞明白了,是因为 His262 和 His338 被自动设置成了HISD,这个amber14sb里面应该是缺少HISD的这个二面角定义。
如果把这两个组氨酸设置成HISE就不报错了。但这毕竟只是权宜之计。。。

会不会是因为这个amber14sb上传得比较早(23 Dec 2015),缺了这个参数;此后的版本会不会已经补上了呢?

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发表于 2018-1-3 00:32:59 | 显示全部楼层
05:27, 5 Dec 2017有新上传的amber14sb_parmbsc1.ff.tar.gz可以试试
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 楼主| 发表于 2018-1-3 10:15:41 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-1-3 00:32
05:27, 5 Dec 2017有新上传的amber14sb_parmbsc1.ff.tar.gz可以试试

昨晚已经试过了,这个力场pdb2gmx可以直接找到,不用 -ff 了,但是这个二面角问题仍未解决。

记得您说过,模拟蛋白的话,amber力场里面 14SB最好,那gmx2016自带的amber03、amber99SB-ILDN比14SB差别大吗?
从前一直用Gromos96 54A7,这个怎么样,有没有必要换amber14SB啊?

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发表于 2018-1-3 12:29:07 | 显示全部楼层
霜晨月 发表于 2018-1-3 10:15
昨晚已经试过了,这个力场pdb2gmx可以直接找到,不用 -ff 了,但是这个二面角问题仍未解决。

记得您说 ...

54A7完全可以用
14SB原理上比99SB-ILDN好点
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 楼主| 发表于 2018-1-3 16:37:54 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-1-3 12:29
54A7完全可以用
14SB原理上比99SB-ILDN好点

54A7做蛋白还好,如果做小分子-蛋白复合物的话,配套的小分子力场可能不如antechamber。
我知道有两个工具 ViennaPTM 和 ATB ,可以生成用于Gromos96 54A7的小分子力场,Sob老师您了解吗?可靠性好吗?

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发表于 2018-1-4 00:26:11 | 显示全部楼层
霜晨月 发表于 2018-1-3 16:37
54A7做蛋白还好,如果做小分子-蛋白复合物的话,配套的小分子力场可能不如antechamber。
我知道有两个工 ...

ViennaPTM不知道
ATB有关信息看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
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 楼主| 发表于 2018-1-4 12:41:28 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-1-4 00:26
ViennaPTM不知道
ATB有关信息看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

知道了,谢谢老师

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发表于 2019-9-11 22:50:26 | 显示全部楼层
amber14sb的二面角轉換的時候 順序錯了

CT  CV  CC  NA       4      180.00     4.60240     2
改成
CT  CC  CV  NA       4      180.00     4.60240     2
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