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标题: 求助计算金属配合物的Ir-N键能和键解离能的步骤 [打印本页]

作者
Author: seantan521 时间: 2021-11-2 17:43
标题: 求助计算金属配合物的Ir-N键能和键解离能的步骤
各位老师和同行们好，

这几天在论坛学习了一下关于键能和键解离能的计算方法，我举例描述一下，麻烦大家帮我看看有没有什么错误，先谢谢大家了。以Ir(ppy)3为例，计算Ir-N键的键能和键解离能：

1. 首先将Ir(ppy)3（如图一所示），按以下方法进行基态优化，比如：#p opt genecp pbe1pbe 6-31g*/SDD ，得到此结构的基态几何构型。找到log文件中最后一次输出的电子能量，记作E0；

2. 将Ir(ppy)3的三根Ir-N键去掉，保存为新的gif文件（如图二所示），然后直接做energy计算，比如：#p genecp pbe1pbe 6-31g*/SDD ，得到新结构的能量，记作E1；

3. 将Ir(ppy)3的三根Ir-N键去掉，保存为新的gif文件（如图二所示），然后做基态优化，比如：#p opt genecp pbe1pbe 6-31g*/SDD ，得到此结构的基态几何构型。找到log文件中最后一次输出的电子能量，记作E2；

然后Ir-N键的键能为 (E1-E0)/3；Ir-N键的键解离能为(E2-E0)/3。

各位老师们，我这样理解和计算正确么？

另，有个小问题，gaussian如何计算分子的焓，怎么查看？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-11-2 18:04
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-11-2 18:09 编辑

DFT计算不依赖于连接关系，只依赖于原子间的相对位置，只要原子间距离、角度不变，无论你把它设置成“看上去没有实线、虚线连接”、“看上去单键”、“看上去双键”，结果都是一样的。所以如果你是在GaussView里这么操作的话，E0=E1，不用算也知道。你甚至可以在GaussView里设成三重键、四重键或更多，这些仅仅是显示效果，对计算无影响，因为计算压根不会用到这些信息。看sob老师这篇博文了解基本知识《谈谈原子间是否成键的判断问题》http://sobereva.com/414

焓在你做opt freq任务后输出文件里就有（注意这不是生成焓），自己搜一下就行了。

作者
Author: seantan521 时间: 2021-11-2 19:06

zjxitcc 发表于 2021-11-2 18:04
DFT计算不依赖于连接关系，只依赖于原子间的相对位置，只要原子间距离、角度不变，无论你把它设置成“看上 ...

感谢老师的指导，看来是犯了很基础的错误，一下子理解了很多。

那么，在计算比如图中这个结构的Ir-N键的键能时，应该怎么做才正确呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-3 00:06
焓等热力学量的计算：
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

没有严格的Ir-N键键能的计算方法。视具体结构而定，看看能不能把配体转一下只让Ir-N键被破坏，然后固定二面角做个限制性优化，对最终结构算个高精度单点，和原先结构的高精度单点求差得到Ir-N键键能。
参考
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html）

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“计算金属配合物的键能和键解离能的步骤”改了，以后务必注意

作者
Author: seantan521 时间: 2021-11-4 11:32

sobereva 发表于 2021-11-3 00:06
焓等热力学量的计算：
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/ ...

感谢sob老师的详细答复，有点了解了。

那如果断键之后，分子被分成两个片段的话，是不是就直接分别计算两个片段即可？通过旋转破坏某个键做限制性优化，是不是主要适用于本帖提到的这种特殊情况？
还有一个问题，计算本例中的Ir-N键键能，断开所有三个Ir-N键求差后除以3是不是比只断开一个Ir-N键要计算的更准确一点？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-4 14:18

seantan521 发表于 2021-11-4 11:32
感谢sob老师的详细答复，有点了解了。
那如果断键之后，分子被分成两个片段的话，是不是就直接分 ...

是
看你的目的，是要算断三个键对应的平均键能，还是断第一个键的键能。断第1、2、3个的时候对应的键能肯定都是不一样的

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