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标题: 求助，Gaussian计算中含有pt元素时的输入报错 [打印本页]

作者
Author: 九只獬豸羊 时间: 2021-11-8 11:23
标题: 求助，Gaussian计算中含有pt元素时的输入报错
输入文件开头： (, 下载次数 Times of downloads: 27)
输入文件结尾：
(, 下载次数 Times of downloads: 26)

输出报错：
(, 下载次数 Times of downloads: 26)

作者
Author: snljty 时间: 2021-11-8 11:59
22个负电荷是什么鬼，你确定这个模型合理么。要真有这么多负电，完全不加弥散函数说不过去。负电极强的体系和水的作用很可能也不是隐式溶剂模型就能简单描述的。
过渡金属不适合用B3LYP。看卢老师博文
《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
又不是ONIOM计算，把没用的原子名残基名高层标记之类的都删掉避免添乱。
LanL2TZ基组没有内置，自己去EMSL下载定义粘上去，看卢老师博文《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》http://sobereva.com/60。

作者
Author: 九只獬豸羊 时间: 2021-11-8 12:43

snljty 发表于 2021-11-8 11:59
22个负电荷是什么鬼，你确定这个模型合理么。要真有这么多负电，完全不加弥散函数说不过去。负电极强的体系 ...

谢谢解答，我按照卢老师博文下载了LanL2TZ基组。但是还在报这个错
修改之后的末尾输入文件：
Pt    0
S 1 1.00
   2.5470000             1.0000000
S 1 1.00
   1.6140000             1.0000000
S 1 1.00
   0.5167000             1.0000000
S 1 1.00
   0.2651000             1.0000000
S 1 1.00
   0.0580000             1.0000000
P 1 1.00
   2.9110000             1.0000000
P 1 1.00
   1.8360000             1.0000000
P 1 1.00
   0.5982000             1.0000000
P 1 1.00
   0.0996000             1.0000000
P 1 1.00
   0.0290000             1.0000000
D 1 1.00
   1.2430000             1.0000000
D 1 1.00
   0.4271000             1.0000000
D 1 1.00
   0.1370000             1.0000000
****
C H O N P 0
6-31G(d,p)
****

PT    0
PT-ECP    4    60
g potential
  5
1 728.9394056          -0.1619268
2 320.6567800       -1320.2873852
2    52.8680174          -298.3178135
2    12.0280128          -87.5837065
2    3.5238913          -8.1493274
s-g potential
  6
0 409.4437358             2.7334218
1 274.5419231          59.7024329
2 127.5658570          891.4589550
2    32.9036631          368.4467656
2    5.0593880          238.0263090
2    4.1506556          -107.0556454
p-g potential
  4
0 466.1728892             1.8878568
1 120.7888259          76.0138629
2    36.4118791          343.5511116
2    5.6985408          119.4911786
d-g potential
  5
0 249.5650763             2.9343678
1 126.6678585          59.3306571
2    63.1430586          452.4445194
2    17.9059470          210.4769479
2    4.2239373          58.6254112
f-g potential
  5
0 121.8158799             3.9534253
1    60.8757030          53.8555182
2    31.4767147          247.4305133
2    9.8811751          127.8187976
2    2.7319874          15.3772046

报错信息：
Error parsing secondary structure:
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
Pt    0
'
Last state="Top"
TCursr= 31 LCursr= 0
Error termination via Lnk1e in /home/xiezhiyang/gaussian/g09/l101.exe at Mon Nov  8 12:39:59 2021.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 10.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-11-8 13:14
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-11-8 13:18 编辑

你是不是直接拿现成的pdb或cif文件导入高斯，没看到底需不需要补氢，点点点就开始做计算了。。。电荷和自旋多重度-22 2大概率是你分子信息都是错的（坐标，元素种类，电荷，自旋多重度，任何一个弄错了都不行）。如果目标分子弄错了，计算就没意义了，基组啥的都不用考虑了。

另外“修改之后的末尾输入文件：”这样说是没用的，直接把你的坐标用[坐标]几个字代替，然后其他地方一个字符都不要动，上传gjf文件给大家看看，1s就知道问题。

作者
Author: 九只獬豸羊 时间: 2021-11-8 13:30
本帖最后由九只獬豸羊于 2021-11-8 13:33 编辑

zjxitcc 发表于 2021-11-8 13:14
你是不是直接拿现成的pdb或cif文件导入高斯，没看到底需不需要补氢，点点点就开始做计算了。。。电荷和自旋 ...

谢谢帮助，我下载的这个文件是个含12碱基对的DNA，所以有22个负电荷，gjf文件如下：

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-11-8 13:36
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-11-8 13:42 编辑

九只獬豸羊发表于 2021-11-8 13:30
谢谢帮助，我下载的这个文件是个含12碱基对的DNA，所以有22个负电荷，gjf文件如下：

先按2L的建议删掉没用的信息，然后有报错的话再贴出来。另外，碱基对体系未必一定得带负电荷，本来体系里面可能有质子或钠离子，是否保留它们要结合实际情况。

作者
Author: 九只獬豸羊 时间: 2021-11-8 14:09

zjxitcc 发表于 2021-11-8 13:36
先按2L的建议删掉没用的信息，然后有报错的话再贴出来。另外，碱基对体系未必一定得带负电荷，本来体系里 ...

删掉之后就没报错了，我先算着试试。谢谢大佬！！

作者
Author: snljty 时间: 2021-11-8 14:36

九只獬豸羊发表于 2021-11-8 12:43
谢谢解答，我按照卢老师博文下载了LanL2TZ基组。但是还在报这个错
修改之后的末尾输入文件：
Pt 0
...

我说了那么多句，你不能只看一句啊...

作者
Author: 九只獬豸羊 时间: 2021-11-8 14:54

snljty 发表于 2021-11-8 14:36
我说了那么多句，你不能只看一句啊...

嗯嗯嗯（知道错了），谢谢大佬帮助

作者
Author: 红米饭1234 时间: 2021-11-8 19:56
用SDD

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