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标题: xtb计算异常终止，请问如何设置 [打印本页]

作者
Author: suosuosky 时间: 2021-11-15 01:35
标题: xtb计算异常终止，请问如何设置
请问各位老师，在使用xtb计算时，计算778步骤后，输出文件如下（文件比较大，无法当做附件上传），部分不太明白的内容已经标蓝色，请问：
1-请问这是正常结束吗？还是不是没有收敛？输出的xtbopt.xyz文件是最后优化后的结构吗？
2-如果不是正常结束，应该如何设置关键词等，需要将上面xtbopt.xyz文件作为输入文件重新提交计算吗？

谢谢老师！

........................................................................
.............................. CYCLE  778 ..............................
........................................................................
1 -917.2746336 -0.917275E+03  0.554E-01 0.02    0.0  T
2 -915.0424444  0.223219E+01  0.278E+00 0.49    1.0  T
3 -915.7951641 -0.752720E+00  0.177E+00 0.05    1.0  T
4 -916.9058745 -0.111071E+01  0.855E-01 0.03    1.0  T
5 -917.0138503 -0.107976E+00  0.802E-01 0.11    1.0  T
6 -916.7724763  0.241374E+00  0.994E-01 0.01    1.0  T
7 -917.2557100 -0.483234E+00  0.590E-01 0.06    1.0  T
8 -917.2139709  0.417391E-01  0.676E-01 0.01    1.0  T
9 -917.2810268 -0.670559E-01  0.453E-01 0.01    1.0  T
  10 -917.3189640 -0.379372E-01  0.421E-01 0.01    1.0  T
  11 -917.3129528  0.601118E-02  0.495E-01 0.04    1.0  T
  12 -917.3234827 -0.105299E-01  0.382E-01 0.05    1.0  T
  13 -917.3187897  0.469297E-02  0.453E-01 0.06    1.0  T
  14 -917.3027390  0.160507E-01  0.511E-01 0.05    1.0  T
  15 -917.2883765  0.143626E-01  0.467E-01 0.03    1.0  T
  16 -917.3330581 -0.446816E-01  0.435E-01 0.06    1.0  T
  17 -917.3746982 -0.416401E-01  0.356E-01 0.02    1.0  T
  18 -917.3902817 -0.155835E-01  0.291E-01 0.04    1.0  T
  19 -917.3599565  0.303253E-01  0.344E-01 0.03    1.0  T
  20 -917.4029630 -0.430066E-01  0.245E-01 0.01    1.0  T
  21 -917.4070685 -0.410551E-02  0.215E-01 0.01    1.0  T
  22 -917.4156152 -0.854670E-02  0.176E-01 0.01    1.0  T
  23 -917.4255895 -0.997423E-02  0.140E-01 0.02    1.0  T
  24 -917.4365351 -0.109456E-01  0.883E-02 0.01    1.0  T
  25 -917.4352706  0.126450E-02  0.931E-02 0.01    1.0  T
  26 -917.4366907 -0.142015E-02  0.725E-02 0.01    1.0  T
  27 -917.4362759  0.414834E-03  0.675E-02 0.01    1.0  T
  28 -917.4374883 -0.121241E-02  0.646E-02 0.01    1.0  T
  29 -917.4377172 -0.228835E-03  0.575E-02 0.01    1.0  T
  30 -917.4389263 -0.120919E-02  0.424E-02 0.01    1.0  T
  31 -917.4392368 -0.310450E-03  0.334E-02 0.01    1.0  T
  32 -917.4390491  0.187648E-03  0.346E-02 0.01    1.0  T
  33 -917.4392052 -0.156068E-03  0.323E-02 0.00    1.0  T
  34 -917.4393723 -0.167094E-03  0.286E-02 0.00    1.0  T
  35 -917.4396304 -0.258087E-03  0.190E-02 0.01    1.0  T
  36 -917.4396978 -0.674192E-04  0.151E-02 0.01    1.0  T
  37 -917.4397467 -0.488369E-04  0.987E-03 0.01    1.0  T
  38 -917.4397708 -0.241371E-04  0.693E-03 0.01    1.0  T
  39 -917.4397705  0.282101E-06  0.609E-03 0.01    1.0  T
  40 -917.4397677  0.279684E-05  0.553E-03 0.01    1.1  T
  41 -917.4397784 -0.107075E-04  0.434E-03 0.01    1.5  T
  42 -917.4397809 -0.245306E-05  0.381E-03 0.01    1.7  T
  43 -917.4397836 -0.271621E-05  0.335E-03 0.01    1.9  T
  44 -917.4397866 -0.299781E-05  0.271E-03 0.01    2.3  T
  45 -917.4397865  0.906834E-07  0.251E-03 0.01    2.5  T
  46 -917.4397883 -0.185361E-05  0.182E-03 0.01    3.5  T
  47 -917.4397887 -0.359103E-06  0.122E-03 0.01    5.2  T
  48 -917.4397889 -0.159265E-06  0.104E-03 0.01    6.1  T
  49 -917.4397892 -0.324033E-06  0.771E-04 0.01    8.2  T
  50 -917.4397892 -0.465234E-07  0.735E-04 0.01    8.6  T
   SCC iter.                ...       0 min,  9.442 sec
   gradient                ...       0 min,  2.631 sec
* total energy  :  -914.0651354 Eh    change    -0.1068726E-01 Eh
gradient norm :    0.0615436 Eh/α predicted -0.1273795E-01 (  19.19%)
displ. norm :    0.4333214 α    lambda    -0.1224029E-01
maximum displ.:    0.0787759 α    in ANC's #21, #112, #22, ...
*** FAILED TO CONVERGE GEOMETRY OPTIMIZATION IN 778 ITERATIONS ***

ANCopt (total)             0 d,  3 h, 17 min, 58.533 sec
optimizer setup             ...       0 min,  0.005 sec (  0.000%)
model hessian                ...       0 min,  6.258 sec (  0.053%)
ANC generation                ...       0 min,  2.027 sec (  0.017%)
coordinate transformation    ...       0 min,  0.198 sec (  0.002%)
single point calculation    ...    197 min, 47.262 sec ( 99.905%)
optimization log             ...       0 min,  0.533 sec (  0.004%)
hessian update                ...       0 min,  0.295 sec (  0.002%)
rational function             ...       0 min,  1.821 sec (  0.015%)
================
final structure:
================
251
xtb: 6.3.0 (007a174)
W       2.91219926332345 -0.17639176154100 -2.07271330243239
W       -2.67241300345492 1.67543064342276 -2.80855611353298
........
........
........

........
........
........

optimized geometry written to: xtbopt.xyz

         -------------------------------------------------
      | TOTAL ENERGY          -914.066632150058 Eh |
      | GRADIENT NORM             0.068543991018 Eh/α |
      | HOMO-LUMO GAP             0.006180334138 eV |
         -------------------------------------------------
########################################################################
[WARNING] Runtime exception occurred
-2- optimizer_ancopt: Geometry optimization did not converge
-1- scf: Self consistent charge iterator did not converge
########################################################################
------------------------------------------------------------------------
* finished run on 2021/11/15 at 01:23:54.866
------------------------------------------------------------------------
total:
* wall-time:    0 d,  3 h, 19 min, 31.514 sec
*  cpu-time:    1 d,  3 h, 10 min, 27.910 sec
* ratio c/w:    8.172 speedup
SCF:
* wall-time:    0 d,  0 h,  1 min, 15.184 sec
*  cpu-time:    0 d,  0 h, 13 min, 41.453 sec
* ratio c/w: 10.926 speedup
ANC optimizer:
* wall-time:    0 d,  3 h, 18 min, 12.861 sec
*  cpu-time:    1 d,  2 h, 56 min, 40.919 sec
* ratio c/w:    8.156 speedup
normal termination of xtb

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-15 02:54
不要自己在帖子标题上写【求助】这种标签，这里说了：http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。给你去了，以后注意

输出文件、优化轨迹文件压缩后上传。压缩后若超过5MB传网盘。xtb的运行命令明确贴出来

作者
Author: suosuosky 时间: 2021-11-15 03:10
本帖最后由 suosuosky 于 2021-11-15 03:14 编辑

sobereva 发表于 2021-11-15 02:54
不要自己在帖子标题上写【求助】这种标签，这里说了：http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。给你 ...

谢谢老师回复，下次求助我一定注意。

xtb输入、输出文件和优化轨迹文件已压缩上传。

xtb的运行命令为：nohup xtb L1_xtb_opt.xyz --chrg 0 --uhf 0 --opt &

麻烦老师看看出错的原因是什么？谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-15 03:15
我不知道你算的这个是什么东西，目的是什么
一看优化轨迹就知道明显不合理，或许你原本是从晶体中抠出来的一部分结构，你却没冻结边界原子，导致优化之后整个体系都坍塌成一团了，结构变得毫无意义

作者
Author: suosuosky 时间: 2021-11-15 08:22

sobereva 发表于 2021-11-15 03:15
我不知道你算的这个是什么东西，目的是什么
一看优化轨迹就知道明显不合理，或许你原本是从晶体中抠出来的 ...

谢谢sob老师的回复，这个确实是从晶体中抠出来的结构。

请问老师这种情况应该如何优化呢，怎样冻结边界原子，实在是不太清楚这类体系如何优化，还请老师指教一下。或者有相关帖子参考一下，谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-16 00:58

suosuosky 发表于 2021-11-15 08:22
谢谢sob老师的回复，这个确实是从晶体中抠出来的结构。

请问老师这种情况应该如何优化呢，怎样冻结边 ...

怎么冻结看xtb手册

用簇模型代替周期性体系计算要冻结边界原子是常识，看比如
18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615（http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html）
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）

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