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标题: 过渡金属配合物用赝势基组优化计算时输入文件出错 [打印本页]

作者
Author: JIN957 时间: 2021-12-20 16:40
标题: 过渡金属配合物用赝势基组优化计算时输入文件出错
用正二价Cu离子配合席夫碱进行结构优化，Cu离子选用了赝势基组lanl2DZ，配体使用6-311G*，提交输入文件时出现了以下错误，请教一下大家是哪里书写有误？
输入文件如下：
%nprocshared=1
%mem=2GB
%chk=hl5_mbg.chk
#p B3LYP/genecp opt freq  geom=connectivity

Title Card Required

Cu(C23H25N3O)2+

2 2
C                4.60127200 -1.30034200 -0.33452700
C                3.47289400 -2.08505700 -0.26879300
C                2.15364600 -1.57020200 -0.25920700
C                2.03442800 -0.15644800 -0.34352700
C                3.17875600 0.63753600 -0.42513400
C                4.48516800 0.11580100 -0.43144700
H                5.57104700 -1.77447300 -0.32229100
H                3.59244500 -3.16308000 -0.21922400
H                2.99502400 1.69887000 -0.48072500
O                0.85914400 0.54778700 -0.39717800
H                0.08925100 0.05236800 0.00137800
N                5.59484700 0.93080300 -0.54107200
C                6.96301400 0.37517300 -0.47511000
H                7.01139700 -0.53498100 -1.08263500
H                7.62950400 1.10685000 -0.94187100
H                4.62823700 2.64116100 -1.29946700
C                1.10041000 -2.59109700 -0.26063600
C                -3.20618100 -0.47201200 -0.01594700
C                -2.99402900 0.23702400 1.18693900
C                -1.84565900 0.00151100 1.93294700
C                -0.86738300 -0.90034800 1.50535900
C                -1.05802900 -1.61215300 0.29634300
C                -2.23677200 -1.39229100 -0.43598400
H                -3.71423700 0.97381200 1.51174000
H                -1.69452200 0.54775200 2.85729700
H                0.01254200 -1.09412300 2.10590800
C                7.44157600 0.07885100 0.96420000
C                5.45529400 2.40035900 -0.62311400
H                6.37077500 2.78619000 -1.08214700
C                5.23303800 3.07825200 0.74799100
H                8.44873800 -0.35287600 0.94544200
H                7.46602600 0.99956100 1.55425300
H                6.76488200 -0.62692800 1.45464600
H                6.09113400 2.90325100 1.40338500
H                5.10576600 4.15881300 0.61742900
H                4.33949900 2.67477400 1.23231500
H                -2.39072800 -1.97480500 -1.33587300
N                -0.18159600 -2.60997800 -0.13056400
N                -4.32199100 -0.25638200 -0.83249000
C                -6.11871100 0.16346000 0.80793900
C                -7.38003400 0.68517800 1.08973100
C                -8.13744300 1.30643100 0.09431100
C                -7.61375700 1.39930200 -1.19769700
C                -6.34718200 0.89807000 -1.48352400
C                -5.57473500 0.27623600 -0.48445400
H                -5.56111000 -0.35103700 1.57858200
H                -7.77975500 0.58709200 2.09279500
H                -9.11897900 1.70533400 0.31907100
H                -8.18853100 1.87402100 -1.98476700
H                -5.93797000 0.99473100 -2.48350200
H                -4.21242100 -0.52584800 -1.80606600
H                1.53253900 -3.57922100 -0.44933100
Cu                0.13054930 -1.43292714 -0.29632711

Cu 0
Lan12DZ
****
C H O N 0
6-311G*
****

Cu 0
Lan12

1 2 2.0 6 1.5 7 1.0
2 3 1.5 8 1.0
3 4 1.5 17 1.0
4 5 1.5 10 1.0
5 6 1.5 9 1.0
6 12 1.5
7
8
9
10 11 1.0
11
12 13 1.0 28 1.0
13 14 1.0 15 1.0 27 1.0
14
15
16 28 1.0
17 38 2.0 52 1.0
18 19 1.5 23 1.5 39 1.0
19 20 1.5 24 1.0
20 21 1.5 25 1.0
21 22 1.5 26 1.0
22 23 1.5 38 1.0
23 37 1.0
24
25
26
27 31 1.0 32 1.0 33 1.0
28 29 1.0 30 1.0
29
30 34 1.0 35 1.0 36 1.0
31
32
33
34
35
36
37
38
39 45 1.0 51 1.0
40 41 1.5 45 1.5 46 1.0
41 42 1.5 47 1.0
42 43 1.5 48 1.0
43 44 1.5 49 1.0
44 45 1.5 50 1.0
45
46
47
48
49
50
51
52
53

作者
Author: paramecium86 时间: 2021-12-20 16:50
格式错了。加了没啥用的connectivity信息。它们虽然没啥用但是格式不能错。要在几何坐标之后空一行书写。然后才是写赝势部分。

建议直接删掉geom=connectivity 后最后那些connectivity信息。

作者
Author: JIN957 时间: 2021-12-20 16:55

paramecium86 发表于 2021-12-20 16:50
格式错了。加了没啥用的connectivity信息。它们虽然没啥用但是格式不能错。要在几何坐标之后空一行书写。 ...

按您说的删除了之后可以计算了，但是马上又出现Link died了，打开log文件是空白的，请问是怎么回事呀

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-12-20 17:10
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-12-20 17:11 编辑

（1）你附件hl5.gjf内容与你的帖中输入文件内容并不一致（电荷、自旋多重度、基组都不一样），估计你是用GaussView提交的任务，又没保存实际计算时的输入文件，弄混淆了。这是十分危险的，你到底采用什么计算级别？这是要仔细检查的。输出文件可以看出用的什么方法、基组、电荷、自旋多重度，你自己要检查。若真按附件hl5.gjf去算，纯粹是浪费机时。

（2）LanL2DZ，中间是字母L，也可以用小写l，但不是数字1

（3）如果还有报错，要在附件上传实际计算文件、实际输出文件，让大家分析，不要给个中途编辑的无用文件。

作者
Author: snljty 时间: 2021-12-20 20:03
另外为什么要单核跑。。。
这个模型看着很怪，泛函和基组也不够合理，建议先看看卢老师博文http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html，http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html，http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html，http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html，http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

作者
Author: JIN957 时间: 2021-12-20 21:37

snljty 发表于 2021-12-20 20:03
另外为什么要单核跑。。。
这个模型看着很怪，泛函和基组也不够合理，建议先看看卢老师博文http://bbs.kei ...

好的，非常感谢

作者
Author: JIN957 时间: 2021-12-20 21:41

zjxitcc 发表于 2021-12-20 17:10
（1）你附件hl5.gjf内容与你的帖中输入文件内容并不一致（电荷、自旋多重度、基组都不一样），估计你是用Ga ...

谢谢老师指点，我是最开始用B3LYP优化了配体的结构然后再加上Cu离子作为输入文件的

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