计算化学公社

标题: 在POLYRATE官网申请许久无回复后，希望求教关于POLYRATE与Kistelp的区别 [打印本页]

作者
Author: mxr21 时间: 2022-1-4 11:22
标题: 在POLYRATE官网申请许久无回复后，希望求教关于POLYRATE与Kistelp的区别
遇到的问题：
1）在POLYRATE官网提交申请表格后许久无回复，但是官网可以下载安装包，求问是否可以直接安装？
2）通过查阅资料发现在POLYRATE中输入Gaussian的IRC.chk并选择TST和量子隧穿的计算方法（例如Winger等）可以得到反应速率曲线，那么是不是手动也可以计算反应速率曲线呢？求问POLYRATE是不是还能得到更多的信息，比如每个物质的结构，隧穿的虚频等。
3）POLYRATE与Kistelp的区别是什么呢，请问如果我只想得到反应速率曲线，是不是可以选择Kistelp软件？

作者
Author: ShuangfeiZhu 时间: 2022-1-4 12:38
同样申请了很久一直没有回复。请问你在哪下载的安装包？方便给个网址么？我在网站上没找到能直接下载呀

作者
Author: mxr21 时间: 2022-1-4 19:21

ShuangfeiZhu 发表于 2022-1-4 12:38
同样申请了很久一直没有回复。请问你在哪下载的安装包？方便给个网址么？我在网站上没找到能直接下载呀

https://comp.chem.umn.edu/polyrate/

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-5 01:43
一般的反应速率常数计算用下文的方法足矣，kisthelp都没必要用，而且kisthelp在计算自由能方面还不够灵活，还不像Shermo那样支持准RRHO、分别设频率校正因子、自动判断转动对称数、写脚本批处理。
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310（http://bbs.keinsci.com/thread-2350-1-1.html）

Polyrate支持更高级的考虑隧道效应的方式，更复杂的变分过渡态理论。除非要求很高或者碰上难处理的体系，否则用不到。

作者
Author: mxr21 时间: 2022-1-5 09:27

sobereva 发表于 2022-1-5 01:43
一般的反应速率常数计算用下文的方法足矣，kisthelp都没必要用，而且kisthelp在计算自由能方面还不够灵活， ...

收到回复，谢谢您的解答

作者
Author: Mikasa 时间: 2022-1-5 18:24

mxr21 发表于 2022-1-5 09:27
收到回复，谢谢您的解答

不考虑变分效应以及各种矫正，计算的速率常数可能会差几个数量级~

作者
Author: mxr21 时间: 2022-1-5 20:08

Mikasa 发表于 2022-1-5 18:24
不考虑变分效应以及各种矫正，计算的速率常数可能会差几个数量级~

请问，这个矫正应该是需要POLYRATE软件的吗？

作者
Author: mxr21 时间: 2022-1-5 21:04

sobereva 发表于 2022-1-5 01:43
一般的反应速率常数计算用下文的方法足矣，kisthelp都没必要用，而且kisthelp在计算自由能方面还不够灵活， ...

sob主您好，在反应速率计算表格中投射系数κ均大于或等于一，是否说明该表格计算的反应速率不包括量子隧穿效应影响呢？请问如果我想将隧穿小效应考虑进来，该怎么计算呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-5 21:23

mxr21 发表于 2022-1-5 20:08
请问，这个矫正应该是需要POLYRATE软件的吗？

自己把过渡态附近的点的自由能算出来判断自由能最大点，直接用我的excel表格手动就能做CVT形式的变分过渡态理论，kisthelp支持的VTST也只不过是这样而已，polyrate才支持更高级的

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-5 21:24

mxr21 发表于 2022-1-5 21:04
sob主您好，在反应速率计算表格中投射系数κ均大于或等于一，是否说明该表格计算的反应速率不包括量子隧 ...

你的这个问题体现出你严重缺乏常识
κ显然不可能小于1。大于1正体现出隧道效应

作者
Author: dantevinsky 时间: 2022-1-6 09:55
Winger隧穿建议不要用了哦，这个隧穿模型过于简陋了。至少咱也得用一维Eckart模型的隧穿，需要的参数也仅仅是多加了正逆反应的能垒而已。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)