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标题: 过渡态构象搜索后如何快速进行初筛？ [打印本页]

作者
Author: sai77 时间: 2022-1-13 09:09
标题: 过渡态构象搜索后如何快速进行初筛？
最近算一个反应，需要比较四个不同的过渡态能量差。
用Molclus搜索了四个过渡态的构象，得到了大约40个过渡态初始结构。
请问一下，如何快速进行初始构象的初筛呢？可以凭直觉直接排除一部分看上去能量就会比较高的构象吗？
过渡态含有过渡金属，体系大约130个原子，如果要用DFT算40个过渡态，感觉至少得三个月以上...

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-13 14:19
凭直觉显然可以。
另外也可以用混合基组，把重要性很低的地方用很小的基组。
也可以用Gaussian+xtb的组合搞
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

作者
Author: influenza 时间: 2022-1-14 00:32
我自己刚算的一个体系就跟你这个类似。150个原子体系，包含过渡金属。也是评直觉就选了常规的四个过渡态的pose，算下来跟实验还算基本上对的上。当然这么大的体系，严格对的上那几乎是不可能的。由于是算ee值，能量差在4-5 kcal/mol，个人感觉已经够意思了。定性正确，半定量也算过得去。

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