计算化学公社

标题: 请教关于CuFeO2晶胞输入文件参数设置的问题 [打印本页]

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-1-28 13:59
标题: 请教关于CuFeO2晶胞输入文件参数设置的问题
本帖最后由不会扣篮的后卫于 2022-2-11 12:02 编辑

老师，同学，大家好：

第1个问题：
请问CP2K输入文件的里磁矩参数的设置，是从Material Project的 Material Details一栏中的 Final Magnetic Moment 获得吗？

第2个问题：
之前跑了一个CuFeO2的优化结构任务，在没有设置K POINTS 和semearing的参数的情况下，跑出了优化后的输出文件。
请问如果之后
添加K POINTS 和smearing的参数后，跑出来的输出文件会和之前未设置的K POINTS 和semearing的参数的情况下的输出文件有所不同吗？
（附上CuFeO2的输入和输出文件）

更新新的问题（2022/02/06）：求助各位老师，同学，请问这个报错怎么解决？
WARNING: S**2 computation does not yet treat fractional occupied orbitals
参考了 Google CP2K GROUP的类似问题，似乎也没有直接解决这个报错。
(已解决，可以看这个帖子得到解释：http://bbs.keinsci.com/thread-22642-2-1.html#pid187661）
附上输入和输出文件

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-28 22:06
这么小的晶胞设不设K POINTS当然会有显著不同

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-28 22:23
1、建议Final Mag Mom那个只是参考下，重要的是Mag Ordering，看到FM的，那么Fe的磁矩按照一致的方向去设置（你可能需要搞懂NM FM AFM和FiM的概念）。值稍微大点或小点一般而言问题不大，足够分辨其他多重度即可。

2、尤其是有磁性的、窄带的这些建议还是使用展宽和多k点为好，取多少应当进行测试，对于应当测试的参数建议做好测试。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-1-29 01:28

sobereva 发表于 2022-1-28 22:06
这么小的晶胞设不设K POINTS当然会有显著不同

好的，谢谢卢老师！

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-1-29 01:45

卡开发发发表于 2022-1-28 22:23
1、建议Final Mag Mom那个只是参考下，重要的是Mag Ordering，看到FM的，那么Fe的磁矩按照一致的方向去设置 ...

谢谢你的建议。
由于疏忽大意，之前帖子第一个提问的结构是错的，正确的结构应该是Magnetic Ordering ：AFM的CuFeO2。

还有一个新的问题，需要请教。
请问在输入文件里，如果结构为Magnetic Ordering ：AFM，那么就是输入文件里MAGNETIZATION 设置为0，
或者就不用考虑MAGNETIZATION这个参数设置，对吗？
（附上来自Material Project的正确结构）

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-29 02:45
本帖最后由卡开发发于 2022-1-29 02:57 编辑

不会扣篮的后卫发表于 2022-1-29 01:45
谢谢你的建议。
由于疏忽大意，之前帖子第一个提问的结构是错的，正确的结构应该是Magnetic Ordering ： ...

1、其实无所谓，也只是举个例子，了解这些概念和设置对应最重要。
2、MAGNETIZATION要设置，但是具体哪些位点是按照spin up，哪些按照spin down，在Materials Project可以获得这个结构的INCAR，你可以参考他VASP的INCAR中MAGMOM的值怎么设定的来设置你MAGNETIZATION的参数。要注意的是AFM不应都设置为0，而是总的磁矩为0，但局部磁矩有spin up也有spin down的；对于NM才是都是0（但此时不如直接不开自旋极化，节约计算量一些）。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-1-29 09:22

卡开发发发表于 2022-1-29 02:45
1、其实无所谓，也只是举个例子，了解这些概念和设置对应最重要。
2、MAGNETIZATION要设置，但是具体哪 ...

你好，老师。请问INCAR中的MAGMOM的数值该怎么看呢？

MAGMOM = 3*5.0 9*0.6

如果看成（三个5.0和九个0.6的组合）
5.0  5.0  5.0 和
0.6  0.6  0.6
0.6  0.6  0.6
0.6  0.6  0.6 的组合, 该如何排列spin up and spin down才能和AFM结构总的磁矩为0所一致呢？

是不是类似与组合相加{5， -5 ， -5 ，5.4}= 0.4 约等于AFM结构总的磁矩0呢？（我的一个猜想）
（附上了INCAR的文件）

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-29 15:15
本帖最后由卡开发发于 2022-1-29 15:18 编辑

不会扣篮的后卫发表于 2022-1-29 09:22
你好，老师。请问INCAR中的MAGMOM的数值该怎么看呢？

MAGMOM = 3*5.0 9*0.6

你理解的没错，3*5.0 9*0.6表示前三个原子为+5.0，后面9个为+6.0，这个+表示spin up，后续那个也是，但是你找的那个结构mp-510281，你可以参考这里https://materialsproject.org/tasks/mp-510281#mp-1292681，MAGMOM的部分：

MAGMOM
-4.297, 4.297, 0.014, -0.014, 0.075, -0.075, 0.075, -0.075

你要是近似设置可以是-5 5 6*0，一般来说（能达到充分小的迭代阈值）得到的结果不会有差异。当然，MP上不见得全都是对的，甚至程序也有存在bug的可能性，仔细检查下，复核你的结果，并且做充分的测试肯定是正确的选择。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-1-29 16:26

卡开发发发表于 2022-1-29 15:15
你理解的没错，3*5.0 9*0.6表示前三个原子为+5.0，后面9个为+6.0，这个+表示spin up，后续那个也是，但是 ...

谢谢老师提供的磁矩参数。

在输入MAGMOM -4.297, 4.297, 0.014, -0.014, 0.075, -0.075, 0.075, -0.075的磁矩参数后，出现了新问题。
请问老师，在CP2k的输入文件中，对于CuFeO2（两个铁原子，两个铜原子，四个氧原子的结构）的磁矩正确输入有什么要求？

因为我在跑自旋多重度=1 和=3 的任务时，两个不同的自旋多重度输入文件，跑出了两个完全一样输出文件。

感觉需要在输入文件中标注Fe1,Fe2,Cu1,Cu2,O1,O2,O3,O4来对应磁矩。否则感觉一个Fe 对应-4.297，另一个Fe对应4.297，
程序不好区分哪个Fe对应该对应的磁矩，就会跑出统一的输出文件。
但我不知道该在哪里设置，请问老师有什么建议吗？

（附上自旋多重度=1 和=3 的输入和输出文件）

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-29 16:42
本帖最后由卡开发发于 2022-1-29 16:43 编辑

不会扣篮的后卫发表于 2022-1-29 16:26
谢谢老师提供的磁矩参数。

在输入MAGMOM -4.297, 4.297, 0.014, -0.014, 0.075, -0.075, ...

目测磁矩应该是在Fe上，给Fe设置4~5就行，不一定要很准确，这只是个初始猜测，所以其他的不设置问题也不大。其他的原子会有磁矩应该是MP用的参数可能是经过某种计算然后做了布居分析以此为猜测。
另外，需要设置自旋极化（UKS）以及RELAX_MULTIPLICITY（优化自旋多重度），此时程序将按照猜测构造初始密度，然后在过程中还会进行优化。计算参数你可以自己再仔细研究下手册，CP2K不属于我惯用程序。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-29 16:50

不会扣篮的后卫发表于 2022-1-29 16:26
谢谢老师提供的磁矩参数。

在输入MAGMOM -4.297, 4.297, 0.014, -0.014, 0.075, -0.075, ...

还有一点要小心，最好空带数目到时候检查下占据数的情况，并不是说随便设置个30就行。因为加了自旋极化之后alpha或beta上可能会排更多的电子数，另外smear会导致轨道分数占据，会有更多原本是空的轨道被分数电荷占据，处理不当可能不是SCF爆炸就是得到什么奇怪的结果。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-1-30 03:30

卡开发发发表于 2022-1-29 16:50
还有一点要小心，最好空带数目到时候检查下占据数的情况，并不是说随便设置个30就行。因为加了自旋极化之 ...

非常感谢老师的建议！学到啦很多CP2K的新知识

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-2-3 09:23
请教老师，同学关于CP2K k点设置的问题。
我根据该帖老师的建议，在CuFeO2晶胞输入文件参数设置中，加入磁矩,RELAX_MULTIP 和UKS新的设置。
然后尝试跑了两个k点 3  3  3 和5  5  5。

k点 3  3  3 的结构输出文件可以收敛。但是k 点 5  5  5 的结构输出文件没有收敛。
两个k点的输出文件都有warning： Spin contamination estimate not ***
*** implemented for k-points.

第一个问题：请问老师，同学，如何避免这个warning？

第二个问题：k点 3  3  3 和 5  5  5是同学建议的。
我不清楚怎么得到 3 3 3 或者 5 5 5的。
k点作为应当测试的参数，请问老师，同学是通过什么方法得到最初的k点参数，
外加请问通过什么测试结论，得到最终的k点参数？
（附上k点 3  3  3 和 5  5  5的输入和输出文件）

作者
Author: Eudaimonia 时间: 2022-2-3 11:01
1.这个warning在我之前的一个关于Ni(OH)2的帖子中有提到，对于窄带体系，可以不用管这个问题

2.[CASTEP/Dmol3/MS] MS,VASP等第一性原理能带k点的选择的文献（最全）
k点设置可以参考该帖子给出的文献
粗略一点的话根据你的体系是金属/半导体/绝缘体使得你的k*a(a为相应边长)>一定值即可，具体数据是15-30，我原来的记录在另一台电脑上目前拿不到

3.原则上k点应在满足以上标准的情况下，做一些测试，保证xxx和(x+1)(x+1)(x+1)k点之间能量差距<1meV/pre atom(印象里是卡开发发老师在某个帖子中的结论)

4.对于你给出的这两个输出文件，555是在大概20步的时候完成了GeoOpt，333在相似步数没有完成GeoOpt被你手动停止，个人认为不能算没有收敛。。。。继续算下去可能就收敛了

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-2-3 20:13
本帖最后由卡开发发于 2022-2-4 08:09 编辑

关于4# Eudaimonia提到的第三点，我个人认为其是也不必是1meV/atom，这个值应该是VASP手册建议的，但有些大体系可以适当放宽。一般构型优化中，最为核心的问题就是要保障能量（更严格说是考虑展宽后的电子自由能）与受力能够收敛，这样才能过确保势能面噪声较小，优化结构能顺利进行。另外要注意k网格尺寸选取其是会随着展宽有所变化。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-2-4 04:22

Eudaimonia 发表于 2022-2-3 11:01
1.这个warning在我之前的一个关于Ni(OH)2的帖子中有提到，对于窄带体系，可以不用管这个问题

2.[CASTEP/ ...

谢谢你的建议和发现k点333手动停止的输出文件。
（后来，我又跑了一次k点333的任务，在经历了OPTIMIZATION STEP：100后还是没有收敛，应该是k点333不适合CuFeO2的结构特输入文件）

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-2-4 04:23

卡开发发发表于 2022-2-3 20:13
关于4# Eudaimonia提到的第三点，我个人认为其是也不必是1meV/atom，这个值应该是VASP手册建议的，但有些大 ...

谢谢老师的补充。

作者
Author: Eudaimonia 时间: 2022-2-4 10:14

卡开发发发表于 2022-2-3 20:13
关于4# Eudaimonia提到的第三点，我个人认为其是也不必是1meV/atom，这个值应该是VASP手册建议的，但有些大 ...

但是这里有一个问题学生有一些疑问，由于“收敛限”是 meV/atom 对于越大的体系来说，总体能量变化会越大（atom number * meV/atom），如果继续放宽收敛限是否会导致该因素导致的能量变化影响到实际我们关注的物理/化学过程能量变化的水平限？
例如对于一个吸附能的计算来说，100个原子累计产生的0.1eV能量变化可能对吸附容易与否的判断产生较大影响？（当然，如果归入系统误差就是另一码事）

作者
Author: Eudaimonia 时间: 2022-2-4 10:16

不会扣篮的后卫发表于 2022-2-4 04:22
谢谢你的建议和发现k点333手动停止的输出文件。
（后来，我又跑了一次k点333的任务，在经历了OPTIMIZATI ...

如果你使用的是主楼中的那个原始晶胞（a*b*c=3*3*11），552大概是k点的底线，ab轴上k点可以继续增加，c轴可以相对较为缓慢的增加（ a*a方向的k点与其他两个基本一致即可）

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-2-4 10:23
本帖最后由卡开发发于 2022-2-4 10:40 编辑

Eudaimonia 发表于 2022-2-4 10:14
但是这里有一个问题学生有一些疑问，由于“收敛限”是 meV/atom 对于越大的体系来说，总体能量变化会越大 ...

1meV/atom其实也是人为定出来的（因为VASP手册也提到放宽精度这个事情），但是真要说这个为啥要收敛到这样的标准下其实也说不出什么实际意义。你上面的说法是对的，一方面是不应当“我们关注的物理/化学过程能量变化”，一方面是从数值的角度说，所产生的噪声不应影响到计算的稳定性。

你举得例子中，按照1meV/atom来说，确实100原子所产生的误差0.1eV，但是
1、这0.1eV其实是绝对误差，实际上我们考查吸附能的时候还是很可能会被抵消到更低。
2、虽然绝对能量的偏差是0.1eV，但是对于构型优化而言，势能面的距离真实情形定性完全能够描述，且较为光滑，不会产生虚假驻点，那这对于构型优化过程足够了。
3、在（2的基础之上）构型优化完成后，可以适当再提升精度。

比如说，势能面上两个结构所对应的驻点能量接近，且从一个转变到另一个也比较容易，比如水簇，这种计算对精度的要求自然会比较高；再比如说声子（振动频率）计算，其实一开始对构型优化和后续声子频率分析都应该保证足够的精度。

当然，手册说一般用1meV/atom有一定的道理，绝对能量再高的精度对DFT计算意义也没那么大，而且可能1meV/atom都能保证大部分体系算算单点优化一下结构能得到可靠结果。

作者
Author: Eudaimonia 时间: 2022-2-4 10:41

卡开发发发表于 2022-2-4 10:23
1meV/atom其实也是人为定出来的（因为VASP手册也提到放宽精度这个事情），但是真要说这个为啥要收敛到这 ...

是的，考虑到系统误差的话，产生的绝对误差很可能被抵消到更低的水平；

在老师您反复强调的“说产生噪声不应影响到计算稳定性”中，不推荐使用很烂的k点/收敛限去完成“预优化”也是类似的原因，结合之前sob社长的帖子，如果试图完成预优化可以考虑降低基组的档次？（对于周期性体系而言，可能只对cp2k有意义，如果是VASP等程序，是否有相关的“预优化”方法呢？比如赝势的选择或者其他的？

此外，对于同一类问题的相互比较（比如不同表面对于某分子的吸附），理论来说只要经过k点测试在某一收敛限度下，在不同表面使用不同k点应该没有问题？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-2-4 10:59
本帖最后由卡开发发于 2022-2-4 11:09 编辑

Eudaimonia 发表于 2022-2-4 10:41
是的，考虑到系统误差的话，产生的绝对误差很可能被抵消到更低的水平；

在老师您反复强调的“说产生噪 ...

1、其实不管对cp2k还是别的程序也都存在这个问题，例如LCAO，卢老师的帖子也提到至少是DZP级别的基组，而尽可能不要使用更低等级的基组。奏效一些的方式应该是用低等级的方法来做，例如力场、机器学习势、半经验/紧束缚近似甚至是例如HF/DFT-3c等方法来做，虽然也有可能出问题（所以对你的体系选择什么方法最好要做好调研），但数值稳定性理论上说会更好。反过来说，其实可以思考一下，更大的体系为啥一些人用上述如力场或半经验方法，而不是用一个更粗糙能算得动的DFT方法？

2、不同尺寸（比如不同覆盖度的研究）、性质（比如半导体和金属的研究）的表面之间相互比较时，对于k点来说确实没必要完全一致。

为啥反复强调呢，因为早期我也那么想过并那么做过也被那么坑过

，当然，弄清楚这些理论有助于我们快速根据结果判断出问题出在哪；同时发现问题提出问题，也有助于方法研究的进展。

作者
Author: Eudaimonia 时间: 2022-2-4 12:28

卡开发发发表于 2022-2-4 10:59
1、其实不管对cp2k还是别的程序也都存在这个问题，例如LCAO，卢老师的帖子也提到至少是DZP级别的基组，而 ...

老师这么一提就懂了，不过初次使用低等级的方法可能还会带来更多的学习成本

多踩坑是学习的必要过程

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-2-4 12:50

Eudaimonia 发表于 2022-2-4 10:16
如果你使用的是主楼中的那个原始晶胞（a*b*c=3*3*11），552大概是k点的底线，ab轴上k点可以继续增加，c轴 ...

老师，请问你是怎么从（a*b*c=3*3*11）结合能带k点选择文献推断出，552大概是k点的底线的？
可以再详细的说明一下吗？

作者
Author: Eudaimonia 时间: 2022-2-4 15:59

不会扣篮的后卫发表于 2022-2-4 12:50
老师，请问你是怎么从（a*b*c=3*3*11）结合能带k点选择文献推断出，552大概是k点的底线的？
可以再详细 ...

搜了半天给你找到了
d区金属，ka ~ 30 Å
普通金属，ka ~ 25 Å
半导体，ka ~ 20 Å
绝缘体，ka ~ 15 Å
以上是大概的测试底线，实际使用最好做过测试再说
自洽计算的K点选取和 KPOINTS 文件生成方法

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-2-4 23:19

Eudaimonia 发表于 2022-2-4 15:59
搜了半天给你找到了
d区金属，ka ~ 30 Å
普通金属，ka ~ 25 Å

谢谢老师！

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-2-5 11:10

卡开发发发表于 2022-1-29 16:50
还有一点要小心，最好空带数目到时候检查下占据数的情况，并不是说随便设置个30就行。因为加了自旋极化之 ...

请问老师，空带数目和占据数指的是什么？在跑3个chemical unit的CuFeO2的输入结构文件时，遇到了All alpha MOs are occupied的报错。
感觉和之前的老师提到的“自旋极化之后alpha或beta上可能会排更多的电子数”现象类似。
（附上3个chemical unit的CuFeO2输入和输出文件）

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-2-5 11:42

不会扣篮的后卫发表于 2022-2-5 11:10
请问老师，空带数目和占据数指的是什么？在跑3个chemical unit的CuFeO2的输入结构文件时，遇到了All alph ...

占据数目指的就是电子在轨道上占据了多少，按道理是一个轨道占据1电子（不考虑自旋极化是2），由于使用了展宽，在Fermi能级附近的轨道占据数可能是分数，Fermi能级以上没有电子填充的轨道就是空轨道（或者叫空带）。

一般大体系计算做Fock矩阵对角化都是做子空间的，只需要求解比较低的几个占据态即可。对于无磁性的绝缘体，电子全部配对，需要的展宽也不大，这种情况对空轨道需求比较少；反之则需要稍多一些的空轨道。如果要增加空轨道，可以用ADDED_MOS（https://manual.cp2k.org/trunk/CP ... /SCF.html#ADDED_MOS）。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-2-6 11:05

卡开发发发表于 2022-2-5 11:42
占据数目指的就是电子在轨道上占据了多少，按道理是一个轨道占据1电子（不考虑自旋极化是2），由于使用了 ...

好的，谢谢老师！

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-2-13 14:02

卡开发发发表于 2022-2-5 11:42
占据数目指的就是电子在轨道上占据了多少，按道理是一个轨道占据1电子（不考虑自旋极化是2），由于使用了 ...

请教老师，关于电子和轨道数的问题
3个chemical unit CuFeO2组成的AFM结构。在这个结构中，Fe是+3价，Cu是+1价，O是 -2价

如图所示，Spin 1 和 Spin 2 的电子数总和，可以通过
（0价的铁valence electrons为16）
（0价的铜valence electrons为11）
（0价的氧valence electrons为6）得到，16*3+11*3+6*6=117=61+56（红色箭头标注的）

根据老师之前的回复，一个轨道占据1电子（不考虑自旋极化是2），加上我设置的参数 ADDED_MOS 50 50
可以理解了蓝色箭头标的111（61+50）和106（56+50）。

在输入文件里，我设置了MULTIPLICITY 6 #Spin multiplicity 和 FIXED_MAGNETIC_MOMENT 5

第一个问题：
请问老师，黄色箭头标的number of orbitals是怎么得到的？
比如说Spin 1 部分只有61个电子，却占据了64个轨道，基于一个轨道占据1电子，另外3个占据轨道，是怎么被占据的？

第二个问题：
请问老师，图片中最后两行 Number of orbital functions: 231 和Number of independent orbital functions:231
这两个数字是怎么得到的？
(附上OPTIMIZATION STEP 1的图片，输入文件和我停止的输出文件）

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-2-13 16:35
本帖最后由卡开发发于 2022-2-13 16:44 编辑

不会扣篮的后卫发表于 2022-2-13 14:02
请教老师，关于电子和轨道数的问题
3个chemical unit CuFeO2组成的AFM结构。在这个结构中，Fe是+3价，Cu ...

1、61个电子占据64轨道，那说明有电子数占据是<1的，这种引起的原因是使用了展宽，也合理。
2、这个体系建议用RELAX_MULTIP替代MULTIPLICITY让磁矩弛豫，一般最终的磁矩可能不是正好是5。
3、AFM的结构应该不会是3 chemical unit，这样应该不符合化学计量数，应该是某个偶数倍，spin up和spin down的电子数目应当是一样的才是符合AFM的。需要小心的是如果你拿到的结构是实验结构，这个结构可能是不区分磁性的，因此实际考虑磁性区分后的结构可能比这个结构大2N倍。我不确定你做的是表面还是块体，如果是表面也得注意这个问题，最好先找到AFM下考虑区分磁矩的单胞结构再来做表面。
4、小的表面也应当考虑多k点，但是我不确定现在的版本DFT+U能否同时设置k点（n年没用过这程序，某些设计一直认为比较离谱），如果不能使用多k点你还得造大的表面。
5、SCF没收敛，虽然程序继续跑了下去

，建议从上面的问题先下手。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-2-14 13:01

卡开发发发表于 2022-2-13 16:35
1、61个电子占据64轨道，那说明有电子数占据是

谢谢老师的建议。因为最终会造大表面，所以小结构就先不考虑k点问题了。

老师，我根据您的建议，采取了6个chemcial unit CuFeO2的结构，用CP2K跑了两个新的输入文件，
一个自旋多重度参数设置为是RELAX_MULTIP 1，想要让磁矩弛豫，由于在计算过程中发现了报错，我终止这个运行过程，
出现了以下类似的报错：
*** WARNING in qs_mo_occupation.F:357 :: Multiplicity changed from 141 to ***
*** 139 ----- 报错1

另一个自选多重度参数设置为是MULTIPLICITY 1，成功跑出输出文件，但出现一个
*** WARNING in s_square_methods.F:99 :: Found non-uniform occupation ***-----报错2

-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
我把FIXED_MAGNETIC_MOMENT的这个参数设置加入3个chemcial unit CuFeO2结构的输入文件中，
（MULTIPLICITY 16），因为把3个Fe 都当成是+5的磁矩，MULTIPLICITY =2* （15/2) + 1 =16,
想测试是否可以把
*** WARNING in s_square_methods.F:99 :: Found non-uniform occupation ***避免,

没有FIXED_MAGNETIC_MOMENT 15的这个参数设置的话，
*** WARNING in s_square_methods.F:99 :: Found non-uniform occupation ***又出现了。

但是有FIXED_MAGNETIC_MOMENT 15的这个参数设置的话，
*** WARNING in s_square_methods.F:99 :: Found non-uniform occupation ***就不会出现。

请问老师,报错1，报错2为什么会出现呢？
（附上输入和输出文件)

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-2-14 15:21

不会扣篮的后卫发表于 2022-2-14 13:01
谢谢老师的建议。因为最终会造大表面，所以小结构就先不考虑k点问题了。

后面那个警告

WARNING in s_square_methods.F:99 :: Found non-uniform occupation

对固体计算应该可以不用管，这个uniform occupation大概指的是是否为整数占据，开了展宽并且做磁矩优化确实有可能出现分数占据的情况。

但是，需要注意的是RELAX_MULTIP_1

WARNING in qs_mo_occupation.F:357 :: Multiplicity changed from 1 to 103

，在SCF迭代过程磁矩一下子翻上去肯定是有点问题。小结构应该才要考虑k点，到了大结构用Gamma点就可以，否则可能算出来的结果都不对。但是是不是就是因为k点的原因我暂时不好说，建议先排查这个，如果你觉得实在解决不了也只好在小的表面先不要用DFT+U看看。这个结构磁序应该是什么样我建议可以参考一下Materials Project网站上怎么设置的，我不确定你为啥一定要是三单位高度的。当然，如果使用多个k点还出现这样的情况再去调整迭代参数，现在姑且先不提避免混淆。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-2-15 11:13

卡开发发发表于 2022-2-14 15:21
后面那个警告对固体计算应该可以不用管，这个uniform occupation大概指的是是否为整数占据，开了展宽并且 ...

好的，谢谢老师的建议！

因为我老板也是刚接触CP2K，可能他也需要时间来把理论与CP2K完美结合。
我会转告他来自于论坛上老师，同学讲解的CP2K新知识。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-2-16 12:43
本帖最后由不会扣篮的后卫于 2022-2-16 22:21 编辑

卡开发发发表于 2022-2-14 15:21
后面那个警告对固体计算应该可以不用管，这个uniform occupation大概指的是是否为整数占据，开了展宽并且 ...

老师，我又尝试了新的磁矩组合，来自您之前给的link：https://materialsproject.org/tasks/mp-510281#mp-1292681，

新的磁矩结合6个chemcial unit CuFeO2 组成的AFM的结构

Cu_up_x       Cu_up_y       Cu_up_z    :  0.014
Cu_down_a    Cu_down_b Cu_down_c : -0.014
Fe_up_x       Fe_up_y       Fe_up_z    : 4.297
Fe_down_a Fe_down_b    Fe_down_C  :  -4.297

O_up_one    O_up_two O_up_three
O_up_four    O_up_five O_up_six    : 0.075

O_down_one O_down_two O_down_three
O_down_four O_down_five O_down_six :-0.075

运行CP2K后，跑出来的输出文件，显示Decrease_in_energy = NO
然后Spin moment都为0。

关于磁矩，有两个问题。
1.请问老师，这是说明新的磁矩不合理吗？
2.如果继续在Materials Project网站上想要找到更多的磁矩，请问老师有什么建议吗？

价电子问题内容：
老师，我老板根据我之前三单位（Fe Fe Fe +5 +5 +5的磁矩）的输入和输出文件给了建议，

我尝试着按照老板的建议(把Cu +1 原先11个价电子改为 10个价电子)，
用&CDFT TARGET  10 ! Constraint target is the number of valence electrons – 1
   &ATOM_GROUP
        ATOMS 1 ！原子序号第一位是Cu_up_x
      COEFF 1

来把Cu的价电子变成10。
但是通过输出文件检查，发现Cu的valence electrons还是11，就终止了输出文件。
请问老师，有什么方法可以实现Cu原子的价电子变为10的参数设置呢？
（附上相关的图片和输入，输出文件的压缩文件夹）

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-2-16 13:29

不会扣篮的后卫发表于 2022-2-16 12:43
老师，我又尝试了新的磁矩组合，来自您之前给的link：https://materialsproject.org/tasks/mp-510281#mp- ...

1、设置的应该没问题，但操作上太繁琐，事实上所有spin up的Fe和spin down的Fe分别额外设置这两种即可，其余原子要么不是d价层要么是d满层，基本上不会带局域磁矩，因此不进行初猜也没关系，自洽迭代后应该能得到正确结果，MP网站上给出的结果带很少的磁矩是因为布居分析的时候划分到上面的。
2、我没明白你所谓的找到更多磁矩是什么意思。
3、最好不要去修改元素的价电子数目吧，而且那个也不是改价电子数目，而是进行constraint DFT来约束SCF中原子的布居电荷。
4、那个Decrease in energy我检查下来你体系的能量是一直上升的，仔细一看其实SCF也没收敛，那个多k点的事情是没办法避免，要么就直接用超晶格算，否则根本不可能得到合理的结果。另外你的DFT+U的参数也没正确设置上去，即便用了多k点因为（半）局域交换-关联泛函自作用的问题也会导致低估磁矩。你体系若不牵扯到要优化块体（虽然我还是很建议那么做一下），那直接去算大一些的表面再通过工具或者手工换算到小的表面也没什么。

另注：以后发邮件截图还是慎重一些，避免带个人信息，免得造成不必要的麻烦。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-2-17 13:57

卡开发发发表于 2022-2-16 13:29
1、设置的应该没问题，但操作上太繁琐，事实上所有spin up的Fe和spin down的Fe分别额外设置这两种即可， ...

谢谢老师的建议！
关于第2条，我是想请问老师，Material Projects会不会有类似的AFM结构，可以用来参考磁矩，然后应用到我的输入文件?
如果有的话，请问老师该如何搜索？
关于第4条，请问老师，用超晶格算的话，在CP2K中的输入关键词是什么？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-2-17 14:11

不会扣篮的后卫发表于 2022-2-17 13:57
谢谢老师的建议！
关于第2条，我是想请问老师，Material Projects会不会有类似的AFM结构，可以用来参考 ...

2、应该也有，你可以按照化学式来检索，然后再mag order那一行里面有显示磁序。
4、建模的时候修改xyz和你的cell就行，或者也可以通过先转换为其他格式用可视化程序修改好再转换回来，可视化程序可选的有ase的gui，或者你也可以用M$处理好导出cif。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2022-2-17 22:06

卡开发发发表于 2022-2-17 14:11
2、应该也有，你可以按照化学式来检索，然后再mag order那一行里面有显示磁序。
4、建模的时候修改xyz和 ...

好的，谢谢老师！

作者
Author: lwang2016 时间: 2023-9-20 17:46

Eudaimonia 发表于 2022-2-4 10:16
如果你使用的是主楼中的那个原始晶胞（a*b*c=3*3*11），552大概是k点的底线，ab轴上k点可以继续增加，c轴 ...

老师您好

请问晶胞长度3 3 11
k点5 5 2 是怎么得到的呀

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)