计算化学公社

标题: 柔性扫描的键角该如何设置？ [打印本页]

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Author: 日暮知心 时间: 2022-2-12 12:06
标题: 柔性扫描的键角该如何设置？
本帖最后由日暮知心于 2022-2-12 12:07 编辑

比如说1、2、3原子构成一个环，我想让1逐渐远离键2-3，按照标准输入格式应该无法实现吧？怎样才能像GV里面那样可以固定2、3原子不动而改变键角∠213？谢谢各位老师。

作者
Author: 日暮知心 时间: 2022-2-12 15:18
本帖最后由日暮知心于 2022-2-12 15:50 编辑

我想过用冻结，可是实际上2-3键长会缩短一点点。或者我让1同时远离2和3？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-2-12 17:31
“固定2、3原子不动而改变键角∠213”这个定义不明确，单固定2、3的位置和∠213键角不能唯一确定原子1的位置。
先得明确定义你的需求，确定你给的限制可以唯一确定原子1的位置

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-13 03:21
画个示意图，说清楚到底想要干嘛

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: 日暮知心 时间: 2022-2-13 15:38

sobereva 发表于 2022-2-13 03:21
画个示意图，说清楚到底想要干嘛

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过 ...

好的，我以后注意。
如图，我想作一个反应中心为过氧环氧化物解吸过程的柔性扫描，以验证过渡态的存在性。最初的想法是固定两个碳原子，改变O的键角来使O远离

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作者
Author: 共和国面壁者 时间: 2022-2-13 18:36
本帖最后由共和国面壁者于 2022-2-13 18:42 编辑

http://sobereva.com/474对你可能有帮助。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-14 04:55

日暮知心发表于 2022-2-13 15:38
好的，我以后注意。
如图，我想作一个反应中心为过氧环氧化物解吸过程的柔性扫描，以验证过渡态的存在性 ...

先直接用opt=TS找过渡态，试几个过渡态初猜，如果都找不到，再考虑柔性扫描
可以用G16的GIC，要求两个部分的几何中心距离逐渐远离，详见下文GIC部分
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

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Author: 日暮知心 时间: 2022-2-14 11:05

sobereva 发表于 2022-2-14 04:55
先直接用opt=TS找过渡态，试几个过渡态初猜，如果都找不到，再考虑柔性扫描
可以用G16的GIC，要求两个部 ...

ts试过很多遍了，都找不到，而且此体系吸附反应剧烈。

我们这目前只有G09，是不是用不了GIC了

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Author: sobereva 时间: 2022-2-15 05:58

日暮知心发表于 2022-2-14 11:05
ts试过很多遍了，都找不到，而且此体系吸附反应剧烈。

我们这目前只有G09，是不是用不了GIC了

是

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