计算化学公社

标题: 计算环糊精和对硝基苯甲酸阴离子复合物的相互作用能？ [打印本页]

作者
Author: Labber 时间: 2022-2-18 21:58
标题: 计算环糊精和对硝基苯甲酸阴离子复合物的相互作用能？
各位大佬好，如图，中性环糊精分子+对硝基苯甲酸阴离子复合物体系比较大，希望研究他们之间的相互作用：

1、请问这种是否带负电荷的复合物可以归结为弱相互作用范围？尤其是箭头处羧酸根阴离子和羟基直接的作用可以算是氢键作用吗？

2、这里的相互作用能是否等同于结合能？是否可以论坛里说的单点能之差，计算结合能BE呢？

3、大体系阴离子复合物算SP推荐用什么方法和基组？M062X/ma-TZVP是否足够？需要BSSE校正吗？前期算opt+freq时用M062X/6-311+g**很难收敛

4、这种体系里面的氢键能够利用您的2019，JCC文中的BCP方法算吗？或者说只能做IRI定性分析，而不能定量？
@sobereva

问题有点多，感谢各位不吝赐教！！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-19 12:24
1 是。可
2 通常结合能是考虑变形能的，而相互作用能一般不考虑变形能
3 够。最好考虑counterpoise。优化用B3LYP-D3(BJ)，没事甭用M06-2X优化。优化用6-311G*足矣（羧基部分可以带弥散）
4 可以考虑用下文的带电荷氢键的式子根据BCP属性估计
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

作者
Author: Labber 时间: 2022-2-19 14:11

sobereva 发表于 2022-2-19 12:24
1 是。可
2 通常结合能是考虑变形能的，而相互作用能一般不考虑变形能
3 够。最好考虑counterpoise。优化 ...

但是社长我看您的JCC文章里面说， relatively large mono-mers, contribution of other parts of the monomers (particularly if these parts are polar or charged) will contribute prominently to the overall BE; as a result, the evaluated BE value cannot solely be pinpointed to the particular HB interaction

1、这种方式只适合两个小分子单体之间的？我这个体系这么大也适合BCP方法吗？而且还有电荷作用的，此时BE是否就不能看成是HB能量？
2、另外看之前的帖子，您不是有讨论说，BE=单点计算的电子能量之差吗？不需要考虑热力学校正和变形能？不是相互作用能才考虑变形能吗？

作者
Author: Labber 时间: 2022-2-19 15:01

sobereva 发表于 2022-2-19 12:24
1 是。可
2 通常结合能是考虑变形能的，而相互作用能一般不考虑变形能
3 够。最好考虑counterpoise。优化 ...

另外您说的给羧基带上弥散函数即可，这种混合基组该怎么写呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-19 20:02

Labber 发表于 2022-2-19 15:01
另外您说的给羧基带上弥散函数即可，这种混合基组该怎么写呢？

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

用原子序号指定

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-19 20:05

Labber 发表于 2022-2-19 14:11
但是社长我看您的JCC文章里面说， relatively large mono-mers, contribution of other parts of the mon ...

1 看你想讨论什么。如果你就拿这么估计出的氢键键能当做总的结合能，显然不合理，因为还有其它明显的相互作用。JCC那篇文章的做法对这种情况只适合用于把氢键作用能给孤立出来

2 看具体怎么定义的，不通文章用词不同，文章里直接给清楚定义

作者
Author: Labber 时间: 2022-2-23 11:06

sobereva 发表于 2022-2-19 12:24
1 是。可
2 通常结合能是考虑变形能的，而相互作用能一般不考虑变形能
3 够。最好考虑counterpoise。优化 ...

@sobereva 老师，还想请教您几个问题，基于这篇论文里面的计算细节：

1、应用您论文的计算方法必须要使用B3LYP-D3(BJ)/ma-TZVPP这个级别算单点能吗？对我这种150个原子以上的大体系是否适用呢?
2、基于您的AIM/BCP计算氢键能，如果要分析成分贡献，是否还有必要再用PSI4做(SAPT)能量分解？或者说体系太大用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析比较好呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-23 18:43

Labber 发表于 2022-2-23 11:06
@sobereva 老师，还想请教您几个问题，基于这篇论文里面的计算细节：

1、应用您论文的计算方法必须要 ...

1 最好是。适用。算不动的话就去掉弥散，影响不会太大

2 下文里说了，JCC的文章里给出了一个SAPT能量成分和氢键总能量的近似关系，直接就能估计各个物理成分的贡献
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

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