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标题: 求助：带有硼原子的LiDFOB锂盐的OPLSAA力场文件生成 [打印本页]

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Author: wuyanzhou 时间: 2022-2-21 13:41
标题: 求助：带有硼原子的LiDFOB锂盐的OPLSAA力场文件生成
各位老师好，我最近在做含有LiDFOB这类锂盐添加剂的电解液的分子动力学模拟，具体结构式如下。但是我在查找文献的过程中并没有发现关于这类盐的力场参数文件，用LigParGen生成该体系中阴离子的拓扑文件时也会报错。所以特来求助有没有什么方法能够得到DFOB阴离子在OPLSAA下的力场参数文件呢？万分感谢。
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作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-21 13:54
建议用GROMACS跑，速度比lammps快得多
用Sobtop可以轻易产生这种体系的基于UFF/GAFF力场的GROMACS的拓扑文件
看http://sobereva.com/soft/Sobtop/

可以直接套用下文的例子的做法
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

不要拘泥用OPLS-AA，根本就不支持硼

作者
Author: wuyanzhou 时间: 2022-2-21 14:24

sobereva 发表于 2022-2-21 13:54
建议用GROMACS跑，速度比lammps快得多
用Sobtop可以轻易产生这种体系的基于UFF/GAFF力场的GROMACS的拓扑文 ...

老师您好，非常感谢您的回复，目前尴尬的在于我没有用过GROMACS。
还有一个问题是，您说OPLSAA不支持硼，但是我看文献也是有人利用OPLSAA力场来计算带有BF4阴离子的离子液体体系呢。所以老师，我有些不理解。

作者
Author: hdmd 时间: 2022-2-21 15:16

wuyanzhou 发表于 2022-2-21 14:24
老师您好，非常感谢您的回复，目前尴尬的在于我没有用过GROMACS。
还有一个问题是，您说OPLSAA不支持硼 ...

找相似文献，看modeling部分，找到原始参数，没给的发邮件问作者

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-21 20:13

wuyanzhou 发表于 2022-2-21 14:24
老师您好，非常感谢您的回复，目前尴尬的在于我没有用过GROMACS。
还有一个问题是，您说OPLSAA不支持硼 ...

那个是专门用于离子液体的OPLS-2009IL里才直接支持的离子的类型，硼并不是原本OPLS-AA考虑的元素范畴

作者
Author: wuyanzhou 时间: 2022-2-22 01:55

sobereva 发表于 2022-2-21 20:13
那个是专门用于离子液体的OPLS-2009IL里才直接支持的离子的类型，硼并不是原本OPLS-AA考虑的元素范畴

卢老师，关于您回复的第一条信息，我还有几个问题想问您。
1：我参考您给的链接利于Subtop生成了LiDFOB的一些top,gro相关文件。我是否能把它转化成lammps可用的输入文件呢？
2: gaff力场文件里面也没有硼原子的参数呢？在我把它转换成lammps格式的拓扑结构文献时显示，没有对应的原子。
非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-22 10:19

wuyanzhou 发表于 2022-2-22 01:55
卢老师，关于您回复的第一条信息，我还有几个问题想问您。
1：我参考您给的链接利于Subtop生成了LiDFOB ...

1 记住Sobtop的拼写
有第三方程序可以实现GROMACS->Lammps拓扑文件的转换，见
https://github.com/hernanchavezthielemann/GRO2LAM
https://github.com/shirtsgroup/InterMol
但这俩我没实际用过，我也不是lammps的用户

2 GAFF不支持硼，而当前的测试版Sobtop能够对这种情况自动分配UFF原子类型。这正是为什么Sobtop可以用于含有任何元素分子的关键原因

作者
Author: wuyanzhou 时间: 2022-2-22 10:28

sobereva 发表于 2022-2-22 10:19
1 记住Sobtop的拼写
有第三方程序可以实现GROMACS->Lammps拓扑文件的转换，见
https://github.com/hern ...

好的，好的。真是抱歉，是我大意了，拼写错误。
卢老师，我还有最后一个问题，请问从哪里可以获取UFF参数文件呢？

作者
Author: wuyanzhou 时间: 2022-2-22 11:25

hdmd 发表于 2022-2-21 15:16
找相似文献，看modeling部分，找到原始参数，没给的发邮件问作者

老师，您好。我有查到硼的参数。按照我以往的力场书写方式，建立好输入文件后。在运行过程中，会出现Bond atom missing in image check的错误。自己学艺不精，好崩溃呀

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-22 11:40

wuyanzhou 发表于 2022-2-22 10:28
好的，好的。真是抱歉，是我大意了，拼写错误。
卢老师，我还有最后一个问题，请问从哪里可以获取UFF参 ...

sobtop自动就指定了，根本不需要你自己找
成键相关参数sobtop直接基于Hessian就算出来了
完全傻瓜化

仔细把此文看了
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

作者
Author: wuyanzhou 时间: 2022-2-22 23:29

sobereva 发表于 2022-2-22 11:40
sobtop自动就指定了，根本不需要你自己找
成键相关参数sobtop直接基于Hessian就算出来了
完全傻瓜化

好的，好的，非常感谢您的回复。

作者
Author: hdmd 时间: 2022-2-23 09:55

wuyanzhou 发表于 2022-2-22 11:25
老师，您好。我有查到硼的参数。按照我以往的力场书写方式，建立好输入文件后。在运行过程中，会出现Bond ...

信息太少了，这个错误出现有很多可能，可以贴一贴data、in和log

作者
Author: wuyanzhou 时间: 2022-2-24 11:00
本帖最后由 wuyanzhou 于 2022-2-24 11:01 编辑

hdmd 发表于 2022-2-23 09:55
信息太少了，这个错误出现有很多可能，可以贴一贴data、in和log

老师，您好。非常感谢您的回复。我贴几张LiDFOB跑MD的相关的图片，还有劳您给分析分析。
file:///C:/Users/2019620960/Desktop/LiDFOB-lt.png[/img]
file:///C:/Users/2019620960/Desktop/in.png
file:///C:/Users/2019620960/Desktop/error.png

作者
Author: hdmd 时间: 2022-2-25 11:20

wuyanzhou 发表于 2022-2-24 11:00
老师，您好。非常感谢您的回复。我贴几张LiDFOB跑MD的相关的图片，还有劳您给分析分析。
file:///C:/Use ...

这也不是data文件啊，这应该是moltemplate的输入文件吧，in文件也不全

作者
Author: slxc920113 时间: 2022-6-8 13:42
有人拟合过DFOB的力场参数，你可以按照OPLS-AA的数学形式做一下换算。

作者
Author: Chang2021 时间: 2022-6-24 14:41
lammps-interface也可以一键分配UFF力场参数，仅供参考。

作者
Author: Curtis94 时间: 2022-11-24 17:57

wuyanzhou 发表于 2022-2-22 11:25
老师，您好。我有查到硼的参数。按照我以往的力场书写方式，建立好输入文件后。在运行过程中，会出现Bond ...

您好，你这个问题怎么解决？我也是用硼原子的oplsaa力场，出现了和你一样的问题。

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