计算化学公社

标题: 请问已经找到过渡态TS，计算自由能还需要对其进行opt freq优化吗？ [打印本页]

作者
Author: 王婷婷 时间: 2022-3-8 14:56
标题: 请问已经找到过渡态TS，计算自由能还需要对其进行opt freq优化吗？
请问，我已经用opt=TS找到了过渡态，并且做出了IRC曲线，我现在需要计算这个过渡态的自由能，需要对IRC曲线的峰值出的TS过渡态进行opt+freq构型优化吗？

作者
Author: RAL 时间: 2022-3-8 15:30
你做opt=TS的时候没有顺手把freq写上吗

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-3-8 15:34

RAL 发表于 2022-3-8 15:30
你做opt=TS的时候没有顺手把freq写上吗

确实， opt=TS freq 之后 IRC 还可以直接 RCFC

作者
Author: 王婷婷 时间: 2022-3-8 15:43

RAL 发表于 2022-3-8 15:30
你做opt=TS的时候没有顺手把freq写上吗

是的，想着找过渡态就没有+freq。我后面又单独计算了freq，看的虚频只有一个

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-3-8 15:50

王婷婷发表于 2022-3-8 15:43
是的，想着找过渡态就没有+freq。我后面又单独计算了freq，看的虚频只有一个

过渡态优化之后理应算一下freq，一方面确认是否有且仅有1个虚频、这个虚频的振动模式是否符合预期，另一方面也为IRC提供初始的二阶导矩阵。

作者
Author: 王婷婷 时间: 2022-3-8 15:52

北大-陶豫发表于 2022-3-8 15:50
过渡态优化之后理应算一下freq，一方面确认是否有且仅有1个虚频、这个虚频的振动模式是否符合预期，另一 ...

是的，我分了三步做的，第一步用的opt=TS，然后算了freq, 然后再做的IRC

作者
Author: 王婷婷 时间: 2022-3-8 15:57

北大-陶豫发表于 2022-3-8 15:50
过渡态优化之后理应算一下freq，一方面确认是否有且仅有1个虚频、这个虚频的振动模式是否符合预期，另一 ...

请问一下log文件里的Thermal correction to Gibbs Free Energy：后面的hartee值的正负代表什么意思，如果计算自由能需要这个值，直接取其绝对值对吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-8 16:01

王婷婷发表于 2022-3-8 08:57
请问一下log文件里的Thermal correction to Gibbs Free Energy：后面的hartee值的正负代表什么意思，如果 ...

不能取绝对值，必须带符号运算。
量化计算里凡是可正可负的量，基本永远都是不能取绝对值的，除非公式明确告诉你这么做。

作者
Author: RAL 时间: 2022-3-8 16:01

王婷婷发表于 2022-3-8 15:57
请问一下log文件里的Thermal correction to Gibbs Free Energy：后面的hartee值的正负代表什么意思，如果 ...

直接用这个就好了，讲究一点的话可以参考《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》http://sobereva.com/327和《使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据》http://sobereva.com/552
负的就是负的

作者
Author: 王婷婷 时间: 2022-3-8 16:12

wzkchem5 发表于 2022-3-8 16:01
不能取绝对值，必须带符号运算。
量化计算里凡是可正可负的量，基本永远都是不能取绝对值的，除非公式明 ...

好的，那么想请教您一个别的问题，请问一下环硫三元环化合物环硫乙烷带有吸电子基团的侧基，阴离子开环时，会进攻带有吸电子基团的碳吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-3-8 16:19

王婷婷发表于 2022-3-8 09:12
好的，那么想请教您一个别的问题，请问一下环硫三元环化合物环硫乙烷带有吸电子基团的侧基，阴离子开环时 ...

这个取决于取代基的位阻，如果位阻足够小，应该会的；如果位阻足够大，位阻效应可能会大于电子效应，导致进攻另一个碳。至于位阻多大算大，取决于基团的吸电子效应有多强，除非实际做计算或者查实验文献，否则无法判断多大算大。
另外，以后如果是和主题帖无关的问题，应该新开帖提问，即便你指定想问一个特定的人也要这样做，不然不利于别人看帖子学习知识

作者
Author: 王婷婷 时间: 2022-3-8 20:47

wzkchem5 发表于 2022-3-8 16:19
这个取决于取代基的位阻，如果位阻足够小，应该会的；如果位阻足够大，位阻效应可能会大于电子效应，导致 ...

好的，非常感谢您的回答

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-8 21:55

王婷婷发表于 2022-3-8 16:12
好的，那么想请教您一个别的问题，请问一下环硫三元环化合物环硫乙烷带有吸电子基团的侧基，阴离子开环时 ...

和帖子主题无关的简单性问题去专门的专贴http://bbs.keinsci.com/thread-806-1-1.html里回帖问

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