计算化学公社

标题: molclus调用出错 [打印本页]

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Author: blankb 时间: 2022-3-18 22:39
标题: molclus调用出错
在使用molclus调用xtb和gaussian进行计算的时候不能正常进行，具体表现就是，g16和xtb都能分别正常运行，但是在molclus进行调用的时候不能正常使用，gaussian会直接卡住，xtb则会显示下面的报错信息 (, 下载次数 Times of downloads: 49) (, 下载次数 Times of downloads: 36) ，烦请各位老师赐教

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Author: sobereva 时间: 2022-3-19 06:36
提示写了，xtb: not found，显然就是xtb没配置好，否则不可能按照当前屏幕上提示的命令运行时无法调用xtb。截图里没有体现调用Gaussian的情况，没法说。
molclus调用所有外部程序时候用的命令都显示得清清楚楚，结合提示必然能解决。

作者
Author: blankb 时间: 2022-3-20 20:20
本帖最后由 blankb 于 2022-3-20 20:22 编辑

sobereva 发表于 2022-3-19 06:36
提示写了，xtb: not found，显然就是xtb没配置好，否则不可能按照当前屏幕上提示的命令运行时无法调用xtb。 ...

感谢sob老师回复，xtb按照您之前的教程是没有办法正常运行的，所以我按照网上找的其他教程加了两句，之后xtb可以在外面正常运行，但是就是无法调用，设置还有xtb的运行情况如下，至于gaussian也没有报错就是在一个位置一直卡着，也不知道是不是在计算但是没有反应我就终止了， (, 下载次数 Times of downloads: 47) (, 下载次数 Times of downloads: 55)

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Author: snljty 时间: 2022-3-20 21:06

blankb 发表于 2022-3-20 20:20
感谢sob老师回复，xtb按照您之前的教程是没有办法正常运行的，所以我按照网上找的其他教程加了两句，之 ...

那两行alias没用，source了那个config_env.bash即可，xtb会被自动加入PATH。换一个没有中文名的路径再试试。强烈不推荐把这些环境变量都写进.bashrc一起加载，冲突概率极大。我记得你写的这些里面就有冲突。
ulimit不要写两遍。要么用Environment Module管理，要么改成一堆bash脚本，每次用哪个source哪个，用完了退出重新登录。要么你把这一堆全都注释掉，每次用哪个就取消哪个的注释，退出重新登录，算完了在注释掉，退出重新登录。

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Author: blankb 时间: 2022-3-20 22:07

snljty 发表于 2022-3-20 21:06
那两行alias没用，source了那个config_env.bash即可，xtb会被自动加入PATH。换一个没有中文名的路径再试 ...

谢谢老师我刚刚试了一下，把source----config_env.bash这一行去掉之后运行就正常了，莫名其妙的错误，可能是有冲突吧，删掉之后我特意重启了一下验证没有输入source之类的命令就能正常运行

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Author: sobereva 时间: 2022-3-21 07:03

blankb 发表于 2022-3-20 20:20
感谢sob老师回复，xtb按照您之前的教程是没有办法正常运行的，所以我按照网上找的其他教程加了两句，之 ...

我的教程不可能有错误，只看你没严格按照教程做，或者干了多余的事

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

此文里哪让你用alias了？没有严格照着教程做，就别赖教程。你但凡知道PATH环境变量干什么的、我的教程里为什么那么设置PATH环境变量，就自然知道为什么按我的教程配置完了之后xtb命令一定能用。
alias对于程序里面的调用又不可能生效，怎么可能通过设alias令molclus能调用成功xtb？
别随便乱看网上其它地方的教程，很都有明显错误或者不合理性。

另外，你的Gaussian安装方法也不当，做了多余的事。该怎么装看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

作者
Author: blankb 时间: 2022-3-21 14:15

sobereva 发表于 2022-3-21 07:03
我的教程不可能有错误，只看你没严格按照教程做，或者干了多余的事

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用 ...

现在就是把那个alias删除还有source那一句删除之后就正常了，gaussian把gv换到主目录之后删除alias就是正常得了，现在已经排除问题了，gaussian没有问题就是计算的很慢之前关闭太早了，在自己电脑运行的应该是配置低导致的，

作者
Author: blankb 时间: 2022-3-21 14:28

sobereva 发表于 2022-3-21 07:03
我的教程不可能有错误，只看你没严格按照教程做，或者干了多余的事

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用 ...

sob老师还想再请教一下按照教程调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能，这个erro正常吗，在外面测试orca是正常的，可以运行 (, 下载次数 Times of downloads: 48)

作者
Author: snljty 时间: 2022-3-21 14:58

blankb 发表于 2022-3-21 14:28
sob老师还想再请教一下按照教程调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能，这个erro正常吗，在外 ...

明显有问题，检查你的输出文件。另外如果你的orca不是单核运算，应该orca指定完整路径，加入PATH是不够的。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-22 08:14

blankb 发表于 2022-3-21 14:28
sob老师还想再请教一下按照教程调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能，这个erro正常吗，在外 ...

量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html）

此文说了ORCA并行运算必须写绝对路径

作者
Author: blankb 时间: 2022-3-23 19:23

sobereva 发表于 2022-3-22 08:14
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451（http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html ...

感谢老师回复，现在已经找到问题了，重装openmpi就可以了，原因应该是在编译之前没有fortan那个程序，现在已经能正常计算了，另外想要请教sob老师一下，在调用gaussian的时候molclus文件夹中template.gif如果使用混合基组该怎么写啊，在外面正常运行的写法template这里就不能正常运行，格式是按照您在详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入一文中看到输入的，是不是template有其他的输入方法呢
# B3LYP/gen  em=GD3BJ opt freq

Template file

0 1
[GEOMETRY]







C H N 0
6-31G*
****
Pd    0
S 1 1.00
   4.8298298780D+05    1.0
S 1 1.00

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-24 14:58

blankb 发表于 2022-3-23 19:23
感谢老师回复，现在已经找到问题了，重装openmpi就可以了，原因应该是在编译之前没有fortan那个程序，现 ...

写法和普通输入文件没有任何差异，仅仅把坐标部分替换成[GEOMETRY]就行了

作者
Author: blankb 时间: 2022-3-24 16:41

sobereva 发表于 2022-3-24 14:58
写法和普通输入文件没有任何差异，仅仅把坐标部分替换成[GEOMETRY]就行了

好的好的谢谢sob老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)