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标题: 如何建立Ir卟啉环的top结构 [打印本页]

作者
Author: shiny 时间: 2022-3-19 23:58
标题: 如何建立Ir卟啉环的top结构
想请教一下，如何建立金属卟啉环的top结构，先利用高斯画出卟啉结构，进行结构优化，在分别对不同自选多重度的Ir进行单点能计算，选择能量最低的利用sobtop或acpype建立top文件？那么有一个问题是，这里并没有表示卟啉分子与蛋白的连接关系。新手，请各位老师指点指点

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-20 18:58
acpype根本没法搞带Ir的，必须用Sobtop
怎么弄结构显然看你的具体目的，纯粹的金属卟啉直接按下文的做法搞就行了
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

对于用于金属蛋白模拟的情况，看Sobtop当前主页http://sobereva.com/soft/Sobtop上的FAQ部分我描述的步骤。

作者
Author: shiny 时间: 2022-3-20 22:45

sobereva 发表于 2022-3-20 18:58
acpype根本没法搞带Ir的，必须用Sobtop
怎么弄结构显然看你的具体目的，纯粹的金属卟啉直接按下文的做法搞 ...

好的，谢谢sob老师

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