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标题: 求助：Gromacs模拟离子液体气液体系，出现气体分子聚成团现象 [打印本页]

作者
Author: onlyzgkx 时间: 2022-4-15 14:13
标题: 求助：Gromacs模拟离子液体气液体系，出现气体分子聚成团现象
各位老师好，我在模拟离子液体气液体系的时候出现了气体分子聚集成团的现象。
我已经计算过很多不同的离子液体，每次计算的各种参数都是相同的，改变的只有阴阳离子的种类。
其他的离子液体结果都很正常，气体分子的运动看起来都很均匀。

只有在阴离子是“NTf2”的时候，会出现这种奇怪现象。
我还尝试过调整阴阳离子数目，混入其他离子液体，但是结果都没有变化。

itp文件使用sob老师的sobtop程序生成的，分子用的都是gaff力场，电荷分布是用Multiwfn计算的RESP电荷。

想请教一下各位老师这是不是正常现象？有没有可能是gromacs的程序bug？

两张图片分别为初始状态和模拟结束状态。

(, 下载次数 Times of downloads: 36) (, 下载次数 Times of downloads: 43)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-15 18:53
不像是bug
检查原子电荷和范德华参数的合理性，并且尝试更高的模拟温度

作者
Author: gromacser 时间: 2022-8-30 21:15
请问楼主解决了嘛，我也遇到同样的问题了

作者
Author: onlyzgkx 时间: 2022-9-2 09:13

gromacser 发表于 2022-8-30 21:15
请问楼主解决了嘛，我也遇到同样的问题了

没有，我不做ntf2的数据了，sob老师说的方法都试过了，效果不是很明显，你可以尝试更换力场试试。

作者
Author: gromacser 时间: 2022-9-2 19:34

onlyzgkx 发表于 2022-9-2 09:13
没有，我不做ntf2的数据了，sob老师说的方法都试过了，效果不是很明显，你可以尝试更换力场试试。

作者
Author: L-jun 时间: 2023-2-23 20:13
你好，gromacs学习小白，想要请教一下是用构造离子液体的力场文件是直接将离子液体结构文件放进sobtop里，还是将离子液体的阴阳离子分别放进sobtop生成top与itp文件吗，若是后者请问怎么写离子液体的top文件呢

作者
Author: 牧生 时间: 2023-2-23 20:55

L-jun 发表于 2023-2-23 20:13
你好，gromacs学习小白，想要请教一下是用构造离子液体的力场文件是直接将离子液体结构文件放进sobtop里， ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop/

看FAQ 4：离子液体的拓扑文件怎么产生？阴阳离子合在一起处理还是分开处理？

作者
Author: L-jun 时间: 2023-2-23 21:23

牧生发表于 2023-2-23 20:55
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

看FAQ 4：离子液体的拓扑文件怎么产生？阴阳离子合在一起处理还是 ...

分开处理了之后，合并的时候出现了一大串的warning,说合并的top文件和pdb文件不匹配

作者
Author: 牧生 时间: 2023-2-24 06:01

L-jun 发表于 2023-2-23 21:23
分开处理了之后，合并的时候出现了一大串的warning,说合并的top文件和pdb文件不匹配

http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

我以前类似的错误

作者
Author: L-jun 时间: 2023-2-24 11:42

牧生发表于 2023-2-24 06:01
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

我以前类似的错误

那请问怎么解决的呀，谢谢

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