求助如何将两种小分子的itp文件include 到一个top文件里面，并进行能量最小化

牧生

做两种小分子的混合，在http://bio2byte.be/acpype/生成SDS和CTAB结构文件，得到如下几个文件

CTAB_GMX.gro，CTAB_GMX.itp，CTAB_GMX.top

SDS_GMX.gro，SDS_GMX.itp，SDS_GMX.top

第一步：

gmx insert-molecules -ci SDS_GMX.gro -nmol 10 -box 5 5 10 -o SDS_box.gro               ;向5×5×10的盒子中，插入10个SDS分子，命名为SDS_box.gro  

第二步：

gmxinsert-molecules -f SDS_box.gro -ci CTAB_GMX.gro -nmol 10 -o out_box.gro    ;向SDS_box.gro盒子中，继续插入10个CTAB分子，输出命名为out_box.gro

第三步：

gmx solvate -cp out_box.gro -cstip4p.gro -p SDS_GMX.top -o SDS_solv.gro      ;向out_box.gro盒子中加入tip4p.gro的水

第四步：修改SDS的top文件


; SDS_GMX.top created by acpype (v: 2020-09-02T11:49:19CEST) on Thu Oct  8 03:28:17 2020

;[ defaults ]                                                                           ；注释
; nbfunc        comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ fudgeQQ    ；注释
;1               2               yes             0.5     0.8333                          ；注释
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"                    ；加入力场
; Include SDS_GMX.itp topology
#include "SDS_GMX.itp"                                            ；本来就有的SDS
#include "CTAB_GMX.itp"                                           ；CTAB的类型
#include "amber99sb-ildn.ff/tip4p.itp"                          ；水的类型

[ system ]
SDS in water

[ molecules ]
; Compound        nmols
SDS              10                              ；修改为10个
CTAB            10                               ；修改为10个
SOL              3956




第五步能量最小化：
gmx grompp -f em.mdp -c SDS_solv.gro -p SDS_GMX.top -o SDS.tpr -maxwarn 1      ;应该是这里使用的top文件有错。。

em.mdp文件如下

define          = -DFLEXIBLE   

integrator      = steep

emtol           = 250.0

nsteps          = 5000

nstenergy       = 1

energygrps      = System     ;整个体系为一体

nstlist         = 10         

ns_type         = grid

coulombtype     = PME;   （软件认为PME更好）

rlist           = 1.0

rcoulomb        = 1.0

rvdw            = 1.0

constraints     = none     ;不限制

pbc             = xyz     ;盒子

cutoff-scheme= Verlet

这一步就报错了

Program:     gmx grompp, version 2019.3
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\topio.cpp (line 607)

Fatal error:
Syntax error - File CTAB_GMX.itp, line 3                        ；我觉得是itp文件include的操作有错了，请教如何修正这个错误。
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors




如上几个文件

Lacrimosa

你需要把acpype中生成的itp文件内的[atomtypes]以下的内容剪切到amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp中[atomtypes]中即可

牧生

Lacrimosa 发表于 2020-10-11 13:00
你需要把acpype中生成的itp文件内的[atomtypes]以下的内容剪切到amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp中[atom ...

请教一下具体的做法，我一直没琢磨透这一点。
一直在循环这个错误。

liuyuje714

把CTAB_GMX.itp最前边的atomtypes那一部分剪到sds_gmx.itp中的atomtypes后面，记得删掉一个[ atomtypes]，只能保留一个。

牧生

liuyuje714 发表于 2020-10-11 18:14
把CTAB_GMX.itp最前边的atomtypes那一部分剪到sds_gmx.itp中的atomtypes后面，记得删掉一个[ atomtypes]， ...

万分感谢。终于走通两组份了

zwl

牧生 发表于 2020-10-11 17:54
请教一下具体的做法，我一直没琢磨透这一点。
一直在循环这个错误。

链接：https://pan.baidu.com/s/1qMR4BZDFkgAYFpN6o_LZvw
提取码：1234

zwl

牧生 发表于 2020-10-11 18:51
万分感谢。终于走通两组份了

您好，根据您的建议，我更改了下，重新跑又出错了，还请您指教下，谢谢
链接：https://pan.baidu.com/s/1WqOrE5r9Tzz8ra9HOZhZLw
提取码：1234

牧生

zwl 发表于 2021-11-27 16:39
您好，根据您的建议，我更改了下，重新跑又出错了，还请您指教下，谢谢
链接：https://pan.baidu.com/s/ ...

你重新压缩了以后，上传蓝奏云吧。。。点进去链接不存在

zwl

牧生 发表于 2021-11-27 17:05
你重新压缩了以后，上传蓝奏云吧。。。点进去链接不存在

zwl

zwl 发表于 2021-11-27 17:56

您好，由于不会传压缩包，所以就把修改后的文件及相关报错截图传上来了，麻烦您了

牧生

将ljba_GMX的atomtypes那一部分剪到prl_gmx.itp中的atomtypes后面，记得删掉一个[ atomtypes]，只能保留一个。ljba_GMX.top实际上就用不着了。

zwl

牧生 发表于 2021-11-27 18:17
将ljba_GMX的atomtypes那一部分剪到prl_gmx.itp中的atomtypes后面，记得删掉一个[ atomtypes]，只能保留一 ...

请问意思是就不用include了吗？

zwl

您好，我尝试将#include "ljba_GMX.itp"这一项删除，重新跑提示如图的错误，如果将TOP中的[ molecules ] 下的"ljba            20  "这一项删除，那么就是单组分了吧 。。。还请指教下，谢谢

牧生

zwl 发表于 2021-11-27 22:14
请问意思是就不用include了吗？

我没有说过，也没有表达“不用include”的意思

划重点：
将ljba_GMX的atomtypes那一部分剪到prl_gmx.itp中的atomtypes后面，记得删掉一个[ atomtypes]，只能保留一个。ljba_GMX.top实际上就用不着了。不是ljba_GMX.itp用不着

casea

牧生 发表于 2021-11-28 08:19
我没有说过，也没有表达“不用include”的意思

划重点：

还有一点，只是单纯的atomtypes 剪切过去也可能会报错。需要检查两个拓扑文件中的atomtypes是否有重复的地方，如果有重复的，需要删除。