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标题: 如何生成gromacs中oplsaa力场下的氧化碳纳米管的力itp文件 [打印本页]

作者
Author: tangzi_via 时间: 2022-5-2 16:47
标题: 如何生成gromacs中oplsaa力场下的氧化碳纳米管的力itp文件
各位大佬，小弟请教一个问题。最近阅读了sob老师一篇gromacs中利用x2top命令生成碳纳米管的itp文件的方法（附上sob老师的原链接：使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)）。小弟仿照此方法想生成了一个羟基氧化的碳纳米管的oplsaa力场的itp文件。通过写n2t文件寻找成键的对应关系，通过已知蛋白中含有苯环和-OH的itp文件设置羟基氧化的碳纳米管中的碳原子类型和-OH原子类型。使用的命令为gmx x2top -f x2top -f CNT-OH.gro -o CNT-OH.top -nopbc -ff oplsaa -name CNTOH -nice 0。提示总是报错，氧原子和氢原子无法找到力场。（这里简单起见只加了一个-OH验证）。请教一下各位大佬这是什么原因？是opls力场中没有这个成键信息吗，还是说n2t文件的书写不对？

作者
Author: tangzi_via 时间: 2022-5-2 17:07
各位大佬不好意思，小弟知道错误了，最后的OH我的距离输错了，应该是nm的单位要除以10，打扰各位了。

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