计算化学公社

标题: 询问一下AMBER14SB下模拟效果好的力场包 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-5-6 21:04
标题: 询问一下AMBER14SB下模拟效果好的力场包
本帖最后由 uenh1998 于 2022-5-6 21:09 编辑

老师们好，我想求助一个AMBER14SB下模拟效果很好的力场包，进入社长的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-15094-1-1.html 里下载第三个力场时，显示页面不存在，也可能随着时间更新，力场会有更好一点的。特在此求助一下各位老师一份该力场下模拟效果好的力场包文件！谢谢各位老师！

另外，请问社长，培训ppt里提到的OL15与parmbsc1都是AMBER14SB力场的吧。模拟蛋白和带正电配体，效果也都不错吧？如果是的话，就不用求助大家了，培训有给。。。谢谢大家！

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-7 10:54
http://bbs.keinsci.com/thread-15094-1-1.html 看第11和12楼。

培训给的那个parmbsc1挺好的。在amber19sb的包出来之前，它还是我的首选

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-5-7 13:58

牧生发表于 2022-5-7 10:54
http://bbs.keinsci.com/thread-15094-1-1.html 看第11和12楼。

培训给的那个parmbsc1挺好的。在am ...

这链接你打开没问题吧？我这貌似用Google还是显示找不到页面

作者
Author: 牧生 时间: 2022-5-7 14:59

uenh1998 发表于 2022-5-7 13:58
这链接你打开没问题吧？我这貌似用Google还是显示找不到页面

链接已经失效。gmx的论坛上也有人在抱怨这个问题

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-5-7 17:17

牧生发表于 2022-5-7 14:59
链接已经失效。gmx的论坛上也有人在抱怨这个问题

emm..太难了，谢谢你的分享!

作者
Author: HZW 时间: 2022-5-7 20:34
本帖最后由 HZW 于 2022-5-8 08:47 编辑

amber14SB是用于蛋白模拟的Amber力场；而Parmbsc1和OL15是适用于核酸模拟的力场，尤其是DNA，目前Amber官方是建议模拟DNA用OL15，模拟RNA用OL3。如果你要使用Amber力场的14SB和19SB，直接自己用anaconda3安装一个预编译好的AmberTools，然后利用它准备体系的力场文件，再用acpype转换成gmx格式即可。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-8 10:12
北京科音分子动力学与GROMACS培训班里给的GROMACS的AMBER14SB力场包就是那个页面里的，根本不用自己下。也不需要借助AmberTools折腾

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-5-8 20:11
本帖最后由 uenh1998 于 2022-5-8 20:12 编辑

sobereva 发表于 2022-5-8 10:12
我培训里给的GROMACS的AMBER14SB力场包就是那个页面里的，根本不用自己下。也不需要借助AmberTools折腾

谢谢社长，这两个力场包哪个更适合模拟酶蛋白-底物复合物呢，底物带1正电荷。

作者
Author: aeroblues 时间: 2022-5-9 00:21

sobereva 发表于 2022-5-8 10:12
我培训里给的GROMACS的AMBER14SB力场包就是那个页面里的，根本不用自己下。也不需要借助AmberTools折腾

老师，请问一下我直接用amber14sb_parmbsc1这个包当蛋白-配体的蛋白力场是可以的吧？我看楼上说parmbsc1主要用于核酸

作者
Author: aeroblues 时间: 2022-5-9 09:32

牧生发表于 2022-5-7 10:54
http://bbs.keinsci.com/thread-15094-1-1.html 看第11和12楼。

培训给的那个parmbsc1挺好的。在am ...

老师你好！请问培训给的parmbsc1里包括了蛋白质力场吧？我把这个包用在蛋白质模拟是可以的吧？因为我看楼下说，parmbsc1是用于核酸的。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-9 12:01

aeroblues 发表于 2022-5-9 00:21
老师，请问一下我直接用amber14sb_parmbsc1这个包当蛋白-配体的蛋白力场是可以的吧？我看楼上说parmbsc1 ...

amber14sb_parmbsc1用于蛋白质模拟显然就是AMBER14SB
搞清楚蛋白质力场版本和核酸方面参数的补丁之间的关系
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里讲分子力场中的AMBER力场部分对此讲得极其清楚，注意复习讲义

这哪里有什么歧义

(, 下载次数 Times of downloads: 61)

作者
Author: aeroblues 时间: 2022-5-9 12:39

sobereva 发表于 2022-5-9 12:01
amber14sb_parmbsc1用于蛋白质模拟显然就是AMBER14SB
搞清楚蛋白质力场版本和核酸方面参数的补丁之间的 ...

谢谢老师！

作者
Author: lyj714 时间: 2022-5-9 14:00

sobereva 发表于 2022-5-9 12:01
amber14sb_parmbsc1用于蛋白质模拟显然就是AMBER14SB
搞清楚蛋白质力场版本和核酸方面参数的补丁之间的 ...

请问下amber19sb和amber14这些力场形式是一样的不？我网上有看到gromacs可用的amber19sb.ff，也查看了区别主要就是在amber14sb_parmbsc1基础上给每一个氨基酸残基库增加了一个[ cmap ]项。如果正确的话那就说明直接可以用了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-9 21:35

lyj714 发表于 2022-5-9 14:00
请问下amber19sb和amber14这些力场形式是一样的不？我网上有看到gromacs可用的amber19sb.ff，也查看了区 ...

形式的差异就是在于AMBER19SB加入了cmap项，拟合蛋白质骨架参数的时候(phi,psi)做二维扫描，因而考虑了它们的耦合。估计你看到的那个能用

作者
Author: azero 时间: 2022-9-25 11:25

lyj714 发表于 2022-5-9 14:00
请问下amber19sb和amber14这些力场形式是一样的不？我网上有看到gromacs可用的amber19sb.ff，也查看了区 ...

能否提供一下19sb.ff的下载连接？谢谢

作者
Author: DSMelody 时间: 2023-6-13 17:55

azero 发表于 2022-9-25 11:25
能否提供一下19sb.ff的下载连接？谢谢

目前官方网站没有上线19sb吧？现在还是只有14sb一系列的力场。但是看到有老师类似于重新“编译”了gromacs来使用19sb，不清楚有没有老师同学使用过呢http://jerkwin.github.io/2022/09 ... %E5%8A%9B%E5%9C%BA/

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